Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F204 I0 R1
|
1155 |
255.8 |
8356456 |
95.7% |
7997128 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,132,098 |
G→T |
43.5% |
M123I (ATG→ATT) |
flgI → |
putative flagellar basal body protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,132,098 | 0 | G | T | 43.5%
| 240.6
/ inf
| 253 | M123I (ATG→ATT) | flgI | putative flagellar basal body protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (73/70); new base T (45/65); total (118/135) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
CCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGTTATTGAACG > CP009273/1131949‑1132247
|
ccGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTtgatg < 1:3552642/150‑1 (MQ=255)
gggCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACAcc < 1:1006749/150‑1 (MQ=255)
gggCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACAcc < 1:632865/150‑1 (MQ=255)
ggCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCg < 1:1001008/150‑1 (MQ=255)
ccAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTa > 1:4068627/1‑150 (MQ=255)
cAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTaa > 1:2668796/1‑150 (MQ=255)
cAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTaa > 1:3901203/1‑150 (MQ=255)
cAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTaa > 2:3207167/1‑150 (MQ=255)
atatGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAgg < 2:127844/150‑1 (MQ=255)
tatGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAggg < 1:1556828/150‑1 (MQ=255)
atGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGc > 1:578898/1‑150 (MQ=255)
atGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGc > 2:4030062/1‑150 (MQ=255)
gCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGt < 2:582657/150‑1 (MQ=255)
gCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGt < 2:1281927/150‑1 (MQ=255)
cAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGtt > 1:1660706/1‑150 (MQ=255)
cAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGtt < 2:1889538/150‑1 (MQ=255)
cAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGtt < 2:2891015/150‑1 (MQ=255)
cAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGtt > 2:3939999/1‑150 (MQ=255)
aGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTg < 1:309859/150‑1 (MQ=255)
gCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGa > 2:1140245/1‑150 (MQ=255)
gCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGa > 1:2496243/1‑150 (MQ=255)
cTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGAc < 1:2928623/150‑1 (MQ=255)
cTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGAc < 2:3076107/150‑1 (MQ=255)
cTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGAc < 2:2462428/150‑1 (MQ=255)
tAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACa > 1:1166606/1‑150 (MQ=255)
tAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACa < 1:2175579/150‑1 (MQ=255)
aaaaaaCGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAg > 2:3428390/1‑150 (MQ=255)
aaaCGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCa > 1:135572/1‑150 (MQ=255)
aaCGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAg < 2:1598111/150‑1 (MQ=255)
cGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGGTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGgt > 1:540403/1‑150 (MQ=255)
gTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGgtg > 2:1994204/1‑150 (MQ=255)
cTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATg < 2:2592929/150‑1 (MQ=255)
cTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATg < 1:2642589/150‑1 (MQ=255)
tGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATgc < 2:348281/150‑1 (MQ=255)
ggTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCt > 2:802854/1‑150 (MQ=255)
ggTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCt > 1:865357/1‑150 (MQ=255)
ggTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTGAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCt > 2:171395/1‑150 (MQ=255)
gTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTg > 1:376153/1‑150 (MQ=255)
ggTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCa < 2:2307578/150‑1 (MQ=255)
ggTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCa < 2:169584/150‑1 (MQ=255)
gACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAggg > 2:3588806/1‑150 (MQ=255)
aCAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGc < 2:2132132/150‑1 (MQ=255)
aCAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGc > 2:3044707/1‑150 (MQ=255)
cAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCa < 2:1414696/150‑1 (MQ=255)
cACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTc < 1:154780/150‑1 (MQ=255)
aCTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCt > 1:3788329/1‑150 (MQ=255)
aCTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCAACGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGGTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCt > 2:643736/1‑150 (MQ=255)
cctccGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGtt > 1:2448710/1‑150 (MQ=255)
ctccGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTg < 1:921484/150‑1 (MQ=255)
tccGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTgg > 1:2580790/1‑150 (MQ=255)
ggACGTCAGTGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAATCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCa < 1:3330613/150‑1 (MQ=255)
gACGTCAGGGGCAAACCATCGATGGGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAg < 2:1254905/150‑1 (MQ=255)
aCGTCAGGGGCAAACCATCGATGGGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAgg < 1:97227/150‑1 (MQ=255)
gTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAg > 1:2116559/1‑150 (MQ=255)
cAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGACATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGcc > 2:147651/1‑150 (MQ=255)
ggggCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTc > 2:4024318/1‑150 (MQ=255)
ggCATAACATCGATGGGGTGGTTTCTTACATGGGAAATGCCAAAAGCTTGGGTGGTTGTACGTTGTTGAGGTAACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCTGGTGTATGCTCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCg < 2:948118/150‑1 (MQ=255)
cAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCt > 1:2509990/1‑150 (MQ=255)
cAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCt < 2:336138/150‑1 (MQ=255)
cAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCt < 1:3262468/150‑1 (MQ=255)
cAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCt < 1:424056/150‑1 (MQ=255)
cAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCt > 1:2857095/1‑150 (MQ=255)
aaaCCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTg > 2:3169318/1‑150 (MQ=255)
aaaCCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTg > 1:969750/1‑150 (MQ=255)
aaaCCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTg > 2:3195266/1‑150 (MQ=255)
aaCCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTgg > 2:1134087/1‑150 (MQ=255)
aCCATCGATGGGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGc < 1:2100326/150‑1 (MQ=255)
aTCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCCATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGt > 1:660190/1‑150 (MQ=255)
aTGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCa > 1:1945792/1‑150 (MQ=255)
aTGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCa < 2:3830373/150‑1 (MQ=255)
gtggtgGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAgt > 1:2142518/1‑150 (MQ=255)
ggggtggtTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAgt < 2:739491/148‑1 (MQ=255)
tttCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAgg > 2:2893885/1‑150 (MQ=255)
tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAAc > 1:574912/1‑150 (MQ=255)
tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAAc > 2:3554287/1‑150 (MQ=255)
ccATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAAcc > 2:2665555/1‑150 (MQ=255)
cATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCa > 1:2815289/1‑150 (MQ=255)
gggAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACt < 2:1884778/150‑1 (MQ=255)
ggAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTg > 1:3686951/1‑150 (MQ=255)
aaaTGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGaa < 2:3272489/150‑1 (MQ=255)
ccAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTg > 1:1878440/1‑150 (MQ=255)
aaaaGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGa > 1:2661653/1‑150 (MQ=255)
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CCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGTTATTGAACG > CP009273/1131949‑1132247
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
