Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F224 I0 R1
|
1457 |
284.0 |
9290224 |
95.7% |
8890744 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,540,526 |
C→A |
20.0% |
intergenic (‑241/+19) |
yddL ← / ← yddG |
putative lipoprotein;putative membrane; Not classified; putative outer membrane porin protein/aromatic amino acid exporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,540,526 | 0 | C | A | 20.0%
| 816.7
/ 139.4
| 290 | intergenic (‑241/+19) | yddL/yddG | putative lipoprotein;putative membrane; Not classified; putative outer membrane porin protein/aromatic amino acid exporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (153/79); new base A (38/20); total (191/99) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 |
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
AATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCAAGCGCTGAGGAAAGTACAGGCGTAA > CP009273/1540377‑1540675
|
aaTGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGcc > 1:485180/1‑150 (MQ=255)
tGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGa > 1:3792824/1‑150 (MQ=255)
tGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGa > 2:3768572/1‑150 (MQ=255)
tGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGa > 2:2856910/1‑150 (MQ=255)
gATTAAAAACAATGAGGAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGAc < 2:2158841/150‑1 (MQ=255)
gATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGAc > 1:3675862/1‑150 (MQ=255)
ttAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGAccc < 1:3156731/150‑1 (MQ=255)
aaaaaCAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCgg < 1:1450014/150‑1 (MQ=255)
aaaaCAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGc > 1:4179315/1‑150 (MQ=255)
aaaaCAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGc > 1:1632297/1‑150 (MQ=255)
aaaCAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTTGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCa < 1:2376977/150‑1 (MQ=255)
aaaCAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCa < 1:3121635/150‑1 (MQ=255)
aaCAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAg > 1:2236554/1‑150 (MQ=255)
aCAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATCTAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTATACCCGGCAGt > 1:1029045/1‑150 (MQ=255)
tGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTAtt > 2:1933515/1‑150 (MQ=255)
aaaaaTAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTaa > 1:401824/1‑150 (MQ=255)
aaaaaTAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTaa > 1:1302474/1‑150 (MQ=255)
aaaTAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAAcc < 2:163864/150‑1 (MQ=255)
aaTAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCa < 1:2110716/150‑1 (MQ=255)
tAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCacg > 1:2028959/1‑150 (MQ=255)
gATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCacgac < 1:2584542/150‑1 (MQ=255)
gATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCacgac < 1:268355/150‑1 (MQ=255)
gATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCacgac < 1:3321420/150‑1 (MQ=255)
gAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACgtg > 2:1833753/1‑150 (MQ=255)
gAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACgtg > 1:3430277/1‑150 (MQ=255)
aataTTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCgcc > 1:424030/1‑150 (MQ=255)
ttatttatCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCgccagcc < 1:1064171/150‑1 (MQ=255)
atttatCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGccagccag > 2:3158899/1‑150 (MQ=255)
gATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCagcagagca > 2:1758626/1‑150 (MQ=255)
gATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCagcagagca > 2:1111111/1‑150 (MQ=255)
tatGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAgg < 2:2296076/150‑1 (MQ=255)
atGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAggg > 2:3555340/1‑150 (MQ=255)
tgtgATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGa > 2:1517258/1‑150 (MQ=255)
gtgATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGaa > 1:3579192/1‑150 (MQ=255)
gtgATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGaa < 1:1782040/150‑1 (MQ=255)
gATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAAcc > 1:3034669/1‑150 (MQ=255)
gATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAAcc > 1:4071897/1‑150 (MQ=255)
aTCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAAccg > 2:3648037/1‑150 (MQ=255)
cGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTTTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCATCCAGCAGAGCAGGGAAccgcc > 2:967265/1‑150 (MQ=255)
cGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAAccgcc > 2:1336487/1‑150 (MQ=255)
aGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCa < 1:1207743/150‑1 (MQ=255)
cGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGAc > 2:4129486/1‑150 (MQ=255)
aaaTGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCa > 1:4508763/1‑150 (MQ=255)
aaTGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCAt > 2:2395545/1‑150 (MQ=255)
aTGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATc < 2:2664714/150‑1 (MQ=255)
aTGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATc < 1:844616/150‑1 (MQ=255)
tGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCa < 1:847189/150‑1 (MQ=255)
tGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCa > 2:3686658/1‑150 (MQ=255)
gagaTATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAg > 2:2443326/1‑150 (MQ=255)
gagaTATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAg > 2:4439975/1‑150 (MQ=255)
taAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGcc > 2:2206480/1‑150 (MQ=255)
tGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGTAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTATACCCGGCAGTTATTTTAACCACCACGTGACGCCAGCCAGCAGAGCAAGGACCCGCCTCAGACCATAAGCGCGCCtagac > 1:412655/1‑146 (MQ=255)
gAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCTGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCa > 2:1393202/1‑150 (MQ=255)
ttACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCagaa > 2:2514803/1‑150 (MQ=255)
tACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCagaac < 2:3794260/150‑1 (MQ=255)
aCTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCagaacg < 1:2679287/150‑1 (MQ=255)
cTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCagaacga > 1:2311851/1‑150 (MQ=255)
ttGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGAc > 2:2537289/1‑150 (MQ=255)
tGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACa > 1:2840637/1‑150 (MQ=255)
aaaTTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGc > 2:4218447/1‑150 (MQ=255)
aaaTTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGc > 2:3316868/1‑150 (MQ=255)
tttatttTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCggg < 1:1482374/150‑1 (MQ=255)
tttatttTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCggg < 1:2607553/150‑1 (MQ=255)
ttatttTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCgggg < 1:3080853/150‑1 (MQ=255)
ttatttTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCgggg < 1:2550663/150‑1 (MQ=255)
tttttAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTg < 1:804603/150‑1 (MQ=255)
ttttAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGa > 1:3591755/1‑150 (MQ=255)
tttAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGag > 2:4425133/1‑150 (MQ=255)
atatTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTTGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGagcagc > 1:737700/1‑150 (MQ=255)
atatTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGagcagc < 1:1933515/150‑1 (MQ=255)
tatTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAgcagca > 2:4029768/1‑150 (MQ=255)
tatTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAgcagca > 2:4316219/1‑150 (MQ=255)
atTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCAc > 2:1460921/1‑150 (MQ=255)
atTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCAc > 1:3214879/1‑150 (MQ=255)
tGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACgg > 1:4406028/1‑150 (MQ=255)
tCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCt > 1:240193/1‑150 (MQ=255)
ggAATTTATCTGATTAACTCCCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGCACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGc < 1:380853/150‑1 (MQ=255)
ggAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGc > 1:909120/1‑150 (MQ=255)
aaTTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCaa > 1:2959573/1‑150 (MQ=255)
ttATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCAAgcg > 2:1378081/1‑150 (MQ=255)
aTCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCAAGCGCt > 1:1168743/1‑150 (MQ=255)
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|
AATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCAAGCGCTGAGGAAAGTACAGGCGTAA > CP009273/1540377‑1540675
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
