Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F204 I0 R1
|
1155 |
255.8 |
8356456 |
95.7% |
7997128 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,540,526 |
C→A |
43.4% |
intergenic (‑241/+19) |
yddL ← / ← yddG |
putative lipoprotein;putative membrane; Not classified; putative outer membrane porin protein/aromatic amino acid exporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,540,526 | 0 | C | A | 43.4%
| 221.4
/ 278.7
| 232 | intergenic (‑241/+19) | yddL/yddG | putative lipoprotein;putative membrane; Not classified; putative outer membrane porin protein/aromatic amino acid exporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (74/57); new base A (73/27); total (147/85) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
TGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCAAGCGCTGAGGAAAGTACAGGCGTA > CP009273/1540379‑1540674
|
gTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAg > 1:3675179/1‑150 (MQ=255)
gATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGAc < 2:296773/150‑1 (MQ=255)
aaaCAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCa < 1:2917121/150‑1 (MQ=255)
aaaCAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTAATGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTAGGAATTTATCTGATTAAATACCGGGAAGTAGACCCTGCa > 1:742612/1‑150 (MQ=255)
tGAGAAAAATAGATGACATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACAGGGCCGTAGACCCGGCAGTTAtt > 1:2536532/1‑150 (MQ=255)
gaAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGGAGACCCGGCAGTTATTTTa < 2:1220823/150‑1 (MQ=255)
aaaaaTAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTaa > 1:2058372/1‑150 (MQ=255)
aaaTAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAAcc < 2:539664/150‑1 (MQ=255)
aaaTAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAAcc > 1:1474649/1‑150 (MQ=255)
aaaTAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAAcc > 2:2529728/1‑150 (MQ=255)
tAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCacg > 1:251816/1‑150 (MQ=255)
tAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCGGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCacg > 2:3577977/1‑150 (MQ=255)
aGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCacga < 1:3356266/150‑1 (MQ=255)
gATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGANCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCacgac > 1:3853746/1‑150 (MQ=255)
tGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACgt < 1:1263882/150‑1 (MQ=255)
aaaTAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACgtgt > 2:1662233/1‑150 (MQ=255)
aataatATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTc < 1:2533032/150‑1 (MQ=255)
atatTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCgcca < 1:1018968/150‑1 (MQ=255)
attattTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCgccagc > 2:132993/1‑150 (MQ=255)
ttatCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCcagca > 1:2379738/1‑150 (MQ=255)
atCGATATGTGATCGACGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCCCGACGTGTCGCCAGCCagcaga < 2:663594/150‑1 (MQ=255)
atCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCagcaga < 2:3591636/150‑1 (MQ=255)
atCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCagcaga < 2:3591804/150‑1 (MQ=255)
tCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCagcagag > 1:4149709/1‑150 (MQ=255)
cGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCagcagagc < 1:2653583/150‑1 (MQ=255)
atatGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCagcagagcag > 1:2267160/1‑150 (MQ=255)
atGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAggg < 2:1390024/150‑1 (MQ=255)
atGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAggg > 2:3406695/1‑150 (MQ=255)
gATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTATACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAAcc > 1:98454/1‑150 (MQ=255)
aTCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAAccg > 1:1027871/1‑150 (MQ=255)
aTCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAAccg > 1:1839394/1‑150 (MQ=255)
tCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAAccgc > 1:2501914/1‑150 (MQ=255)
gAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAAccgccg > 2:2614277/1‑150 (MQ=255)
gAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAAccgccg < 2:3045599/150‑1 (MQ=255)
aaGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACcgccgc < 2:588053/150‑1 (MQ=255)
aaGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACcgccgc > 2:1723581/1‑150 (MQ=255)
aGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATCTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCCGCAGAGCAGGGAACCGCCGCa > 2:1270233/1‑150 (MQ=255)
gTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAg > 1:535904/1‑150 (MQ=255)
aaTGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCAt > 2:3410967/1‑150 (MQ=255)
tGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCa < 2:4112962/150‑1 (MQ=255)
agaTATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAgc < 1:1409489/150‑1 (MQ=255)
agaTATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAgc > 2:4047361/1‑150 (MQ=255)
ataAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAgcgcgc > 2:3376472/1‑150 (MQ=255)
taAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGcc > 1:3082005/1‑150 (MQ=255)
aaGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCt > 2:2659450/1‑150 (MQ=255)
aGGTGAATTTCTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCtt < 1:628289/150‑1 (MQ=255)
gTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGc > 2:4132540/1‑150 (MQ=255)
aaTTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTATACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCag > 2:3109435/1‑150 (MQ=255)
tGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCagaacgag > 1:1798005/1‑150 (MQ=255)
ggTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCagaacgaga > 2:2235751/1‑150 (MQ=255)
tATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCagaacgagaac < 2:2135088/150‑1 (MQ=255)
tATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCagaacgagaac > 1:1835435/1‑150 (MQ=255)
aTTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCagaacgagaacg > 2:3825752/1‑150 (MQ=255)
ttGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGAc < 1:4159194/150‑1 (MQ=255)
ttGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGAc < 1:2976322/150‑1 (MQ=255)
tGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACa > 1:153682/1‑150 (MQ=255)
tGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGACCGAGAACGACa > 2:2752002/1‑150 (MQ=255)
tGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACa > 2:2751852/1‑150 (MQ=255)
tGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACa < 1:2880181/150‑1 (MQ=255)
aaTTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCAACAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCg > 2:379922/1‑150 (MQ=255)
tttatttTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCggg > 1:3574078/1‑150 (MQ=255)
atttTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGgcg > 1:2269189/1‑150 (MQ=255)
ttttAATTTTGTCTTAATTTTTCTGATTAACAACGGGGCCGTAGACCCGGCATTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGACCCGCCGCAGACCATCAGCGGGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGa < 1:1759995/150‑1 (MQ=255)
tttAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGag > 1:10321/1‑150 (MQ=255)
ttAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGagc > 2:3953548/1‑150 (MQ=255)
tAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGagca < 1:3339643/150‑1 (MQ=255)
aaTATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGagcag > 2:1505702/1‑150 (MQ=255)
tatTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAgcagca > 2:1405019/1‑150 (MQ=255)
tatTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAgcagca > 2:4025405/1‑150 (MQ=255)
tatTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAgcagca > 2:1782096/1‑150 (MQ=255)
atTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCAc > 1:1869013/1‑150 (MQ=255)
ttGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCTTAGACCCGGCAGTTATTTTACCCCCGCCGTGTCGCCCCCCAGCAGAGCCGGGAACCGCCGCATACCATCAGCGCGCCTTGCCACAACGCCAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACg < 1:3873375/150‑1 (MQ=255)
tGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACgg > 2:1143428/1‑150 (MQ=255)
tGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACgg > 1:1360965/1‑150 (MQ=255)
tGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACgg > 2:3275504/1‑150 (MQ=255)
gTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTACCCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGc < 1:3650635/150‑1 (MQ=255)
tCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCt > 1:2211081/1‑150 (MQ=255)
tCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCt < 1:608430/150‑1 (MQ=255)
ggAATTTANCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGc > 1:3427993/1‑150 (MQ=255)
gAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCa < 2:1533006/150‑1 (MQ=255)
aaTTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCaa < 1:3778756/150‑1 (MQ=255)
aTTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCAAg > 1:3262029/1‑150 (MQ=255)
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gggCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCAAGCGCTGAGGAAAGTACAGGc > 1:3163025/1‑150 (MQ=255)
|
TGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCAAGCGCTGAGGAAAGTACAGGCGTA > CP009273/1540379‑1540674
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
