Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F218 I0 R1
|
1506 |
278.7 |
9275112 |
94.5% |
8764980 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,540,526 |
C→A |
47.1% |
intergenic (‑241/+19) |
yddL ← / ← yddG |
putative lipoprotein;putative membrane; Not classified; putative outer membrane porin protein/aromatic amino acid exporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,540,526 | 0 | C | A | 47.1%
| 190.1
/ inf
| 280 | intergenic (‑241/+19) | yddL/yddG | putative lipoprotein;putative membrane; Not classified; putative outer membrane porin protein/aromatic amino acid exporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (74/74); new base A (85/47); total (159/121) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.61e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
ATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCAAGCGCTGAGGAAAGTACAGGCGTAA > CP009273/1540378‑1540675
|
aTGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCg < 1:379024/150‑1 (MQ=255)
ggTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTa < 2:4354043/150‑1 (MQ=255)
gTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAg < 1:2332294/150‑1 (MQ=255)
gATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGAc > 2:2019749/1‑150 (MQ=255)
tAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCg < 2:4029577/150‑1 (MQ=255)
aaaaCAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGc > 1:2232113/1‑150 (MQ=255)
aaaCAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCa < 1:554432/150‑1 (MQ=255)
aaCAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAg > 2:2716283/1‑150 (MQ=255)
aaCAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAg > 1:777492/1‑150 (MQ=255)
aCAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGt < 2:2653050/150‑1 (MQ=255)
cAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGTCAGtt > 1:1217808/1‑150 (MQ=255)
aaTGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTa < 2:197760/150‑1 (MQ=255)
aTGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTGATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTAt < 2:2826529/150‑1 (MQ=255)
tGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTAtt > 1:4541110/1‑150 (MQ=255)
tGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTAtt > 1:1690477/1‑150 (MQ=255)
gagaAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTAttt < 2:1114039/150‑1 (MQ=255)
aaaaaTAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTaa > 2:41202/1‑150 (MQ=255)
aaaaaTAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTaa < 2:2205990/150‑1 (MQ=255)
aaTAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCa < 1:3161906/150‑1 (MQ=255)
tAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCacg < 2:2751092/150‑1 (MQ=255)
aGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCacga > 1:2817144/1‑150 (MQ=255)
aGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCacga > 2:3519490/1‑150 (MQ=255)
gATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCacgac > 1:4223825/1‑150 (MQ=255)
aTGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCacgaag < 1:2899332/150‑3 (MQ=255)
tGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACgt > 1:2706605/1‑150 (MQ=255)
ataataTTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCg < 1:1450595/150‑1 (MQ=255)
tatttatCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCgccagcca > 2:1347309/1‑150 (MQ=255)
atttatCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGccagccag < 1:3101237/150‑1 (MQ=255)
atttatCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGccagccag > 2:4178483/1‑150 (MQ=255)
ttatCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCcagca < 2:652636/150‑1 (MQ=255)
tatCGATCTGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCcagcag > 2:2416328/1‑150 (MQ=255)
atCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCagcaga < 1:4418895/150‑1 (MQ=255)
tatGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAgg < 2:471493/150‑1 (MQ=255)
tatGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAgg < 1:520669/150‑1 (MQ=255)
atGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAggg > 2:1279831/1‑150 (MQ=255)
gtgATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGaa < 1:3872231/150‑1 (MQ=255)
tgATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAAc > 2:29595/1‑150 (MQ=255)
gATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAAcc > 2:3573059/1‑150 (MQ=255)
aTCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGGAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAAccg < 2:958509/150‑1 (MQ=255)
cGAAGTCGAAATGAGATATAATGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTATACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAAccgcc > 1:3225754/1‑150 (MQ=255)
cGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAAccgcc > 1:4112947/1‑150 (MQ=255)
cGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACGACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAAccgcc < 2:1862160/150‑1 (MQ=255)
cGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGAc < 2:4325365/150‑1 (MQ=255)
cGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGAc < 2:1796536/150‑1 (MQ=255)
tGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCa < 1:1218993/150‑1 (MQ=255)
gaTATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAgcg < 2:2036456/150‑1 (MQ=255)
atatAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAgcgc > 2:3465857/1‑150 (MQ=255)
taAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGcc < 1:2984120/150‑1 (MQ=255)
aGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCTGACCATCAGCGCGCCtt < 1:3355141/150‑1 (MQ=255)
aaTTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCag < 2:3067067/150‑1 (MQ=255)
tACTGGTATTTGAACTTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCagaac > 2:1367984/1‑150 (MQ=255)
aCTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCagaacg < 2:4048116/150‑1 (MQ=255)
aCTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCagaacg > 2:1737300/1‑150 (MQ=255)
aCTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCagaacg > 2:3620870/1‑150 (MQ=255)
gTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCagaacgagaa > 1:1814136/1‑150 (MQ=255)
gTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCagaacgagaa < 2:241521/150‑1 (MQ=255)
tATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCagaacgagaac < 2:2076120/150‑1 (MQ=255)
aTTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCagaacgagaacg > 2:3205316/1‑150 (MQ=255)
aTTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCagaacgagaacg > 1:2469245/1‑150 (MQ=255)
tttGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAAATACAGGGACGTATACCCGGCAGTAATTTTAACCACGACGGGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAgaacgagaacga > 2:2429287/1‑150 (MQ=255)
gAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGACACGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAg > 1:3208865/1‑150 (MQ=255)
aaaTTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGc > 1:1161301/1‑150 (MQ=255)
aaTTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCg > 1:1064075/1‑150 (MQ=255)
atttatttTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCgg > 2:1266736/1‑150 (MQ=255)
tttatttTTTTAATATTGTCGTAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCggg < 2:915089/150‑1 (MQ=255)
tttatttTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCggg < 2:4162291/150‑1 (MQ=255)
tatttTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGgc > 1:142280/1‑150 (MQ=255)
tttttttAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGgcgc > 1:2968976/1‑150 (MQ=255)
tttttAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGACCGAGAACGACAGCGGGGCGCTg < 2:1615274/150‑1 (MQ=255)
ttAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGagc > 1:3649141/1‑150 (MQ=255)
aaTATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGagcag > 2:84566/1‑150 (MQ=255)
atatTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGagcagc > 1:4357415/1‑150 (MQ=255)
atatTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGagcagc > 1:2033646/1‑150 (MQ=255)
atatTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACAGGGCAGTATACCCGGCAGTTATTTTAACAACTACGTGTCTCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACATCGGGGCGCTGagcaga > 2:2746993/1‑149 (MQ=255)
tGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACgg > 2:449394/1‑150 (MQ=255)
gTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGc > 1:4392275/1‑150 (MQ=255)
gTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGc > 1:4014240/1‑150 (MQ=255)
tCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTGGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCt < 1:2454604/150‑1 (MQ=255)
tCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCt < 1:2216318/150‑1 (MQ=255)
tCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCt < 1:81276/150‑1 (MQ=255)
cGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTg > 1:575828/1‑150 (MQ=255)
cGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTg > 1:3506731/1‑150 (MQ=255)
gAATTTATCTGATTAACTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCa > 2:2363766/1‑150 (MQ=255)
aaTTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCaa < 2:1433322/150‑1 (MQ=255)
aTTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGTCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCAAg < 2:1217808/150‑1 (MQ=255)
aTTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCAAg > 2:4398763/1‑150 (MQ=255)
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aCTACCGGGCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTGGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCAAGCGCTGAGGAAAGt < 2:1512538/150‑1 (MQ=255)
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gggCAGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCAAGCGCTGAGGAAAGTACAGGc > 2:3434461/1‑150 (MQ=255)
cGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCAAGCGCTGAGGAAAGTACAGGCGTaa > 2:167711/1‑150 (MQ=255)
|
ATGGTGATTAAAAACAATGAGAAAAATAGATGAAATAATATTATTTATCGATATGTGATCGAAGTCGAAATGAGATATAAGGTGAATTACTGGTATTTGAAATTTATTTTTTTAATATTGTCGGAATTTATCTGATTAACTACCGGGCCGTAGACCCGGCAGTTATTTTAACCACGACGTGTCGCCAGCCAGCAGAGCAGGGAACCGCCGCAGACCATCAGCGCGCCTTGCCAGAACGAGAACGACAGCGGGGCGCTGAGCAGCACGGCTGCAAGCGCTGAGGAAAGTACAGGCGTAA > CP009273/1540378‑1540675
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
