Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F224 I0 R1
|
1457 |
284.0 |
9290224 |
95.7% |
8890744 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,793,653 |
G→T |
5.3% |
R225S (CGT→AGT) |
waaY ← |
lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,793,653 | 0 | G | T | 5.3%
| 1033.4
/ 21.5
| 269 | R225S (CGT→AGT) | waaY | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (124/130); new base T (4/11); total (128/141) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
TTTTCAATCAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAA > CP009273/3793504‑3793802
|
cAATCAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgccgc > 1:2948200/1‑150 (MQ=255)
cAATCAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgccgc > 1:629711/1‑150 (MQ=255)
cAATCAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCa > 2:3690854/1‑150 (MQ=255)
cAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATaa < 1:2759087/150‑1 (MQ=255)
cAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATaa < 2:3595799/150‑1 (MQ=255)
ggTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATaaaa < 1:408216/150‑1 (MQ=255)
ggTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATaaaa < 1:2441848/150‑1 (MQ=255)
ggTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATaaaa > 2:551503/1‑150 (MQ=255)
ttttCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAAtt > 2:203285/1‑150 (MQ=255)
ttCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTgc > 2:334085/1‑150 (MQ=255)
aaCATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACTCCGCATAAAATTGCGCa > 1:1787123/1‑150 (MQ=255)
aaCATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCa > 2:3655528/1‑150 (MQ=255)
aCATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCAt < 2:3757348/150‑1 (MQ=255)
aTCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCAttt > 2:666161/1‑150 (MQ=255)
cTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCAttttt > 2:405386/1‑150 (MQ=255)
tttGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTAc < 2:1055445/150‑1 (MQ=255)
tttGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTAc < 2:1610818/150‑1 (MQ=255)
tCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGata < 1:3142424/150‑1 (MQ=255)
aaTGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGAtata > 1:564191/1‑150 (MQ=255)
aaTGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCATTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGAtata > 2:914831/1‑150 (MQ=255)
tGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACt > 1:518189/1‑150 (MQ=255)
gTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTa > 1:1076452/1‑150 (MQ=255)
aTCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTaaa > 2:3204281/1‑150 (MQ=255)
aTCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTaaa > 2:3952579/1‑150 (MQ=255)
aTCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTaaa < 1:4006981/150‑1 (MQ=255)
cTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAg > 1:2378841/1‑150 (MQ=255)
cTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAg > 2:4332724/1‑150 (MQ=255)
tAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGa > 2:972317/1‑150 (MQ=255)
tAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGa < 1:470290/150‑1 (MQ=255)
aaTATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGat < 1:3320650/150‑1 (MQ=255)
aaTATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGat < 2:298715/150‑1 (MQ=255)
atTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGataat < 1:4304986/150‑1 (MQ=255)
ttcATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGcc > 2:2191046/1‑150 (MQ=255)
tcATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCt < 1:1103012/150‑1 (MQ=255)
cATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTa < 1:3813387/150‑1 (MQ=255)
cATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTa < 1:3695390/150‑1 (MQ=255)
aTGATAAACCTGGGAAATATATTACTCCGCTTAAATCTGTCCTGGTGAAGACATGTATTTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAg < 2:2092645/150‑1 (MQ=255)
tGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGa < 2:2809696/150‑1 (MQ=255)
aTAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGAtc < 2:1413161/150‑1 (MQ=255)
aTAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGAtc < 1:2046156/150‑1 (MQ=255)
tAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGAtct < 2:2850897/150‑1 (MQ=255)
aaaCCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGAtctc < 1:3130081/150‑1 (MQ=255)
aaaCCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGAtctc > 2:3331451/1‑150 (MQ=255)
aaaCCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGAtctc > 1:2494753/1‑150 (MQ=255)
cTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAAt < 2:1400407/150‑1 (MQ=255)
cTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAAt < 2:3184278/150‑1 (MQ=255)
tgtgAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAAtc < 1:424971/150‑1 (MQ=255)
gtgAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAAtct < 1:1320708/150‑1 (MQ=255)
gtgAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAAtct < 2:1738848/150‑1 (MQ=255)
aaataaatAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCAt > 2:1039448/1‑150 (MQ=255)
aaataaatAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCAt < 2:3847664/150‑1 (MQ=255)
aaataaatAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCAt < 2:3935298/150‑1 (MQ=255)
aataaataACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACTCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCAtt > 1:2302706/1‑150 (MQ=255)
aataaataACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATG‑AATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACTCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCAttt < 1:1527832/150‑1 (MQ=255)
ataaataaCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑ATTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCAGCATAAAATTGAGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTATATCTCTAATCTCAttt > 2:1710267/1‑150 (MQ=255)
aaataaCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCAttttt > 1:3563521/1‑150 (MQ=255)
aaataaCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCAttttt > 2:445085/1‑150 (MQ=255)
aataaCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTa > 1:4389362/1‑150 (MQ=255)
ataaCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTaa < 1:760647/150‑1 (MQ=255)
ccGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGt < 1:1922561/150‑1 (MQ=255)
ccGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGt > 1:1894943/1‑150 (MQ=255)
ccGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGt < 2:1917172/150‑1 (MQ=255)
ttAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTATCGCGCTGGTTTCACTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCATAGATCTCTAATCTCATTTTTAATAACGTAATg > 2:2534559/1‑150 (MQ=255)
ttAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATg < 1:3221678/150‑1 (MQ=255)
ttAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATg < 1:512161/150‑1 (MQ=255)
ttAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATg > 2:2534005/1‑150 (MQ=255)
aaaaCTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGAc < 2:1317985/150‑1 (MQ=255)
aaCTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTATCGCGCTGGTTTCACTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACTATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATGTTTAATACCGTAATGACGc > 1:2208406/1‑150 (MQ=255)
aaCTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATATCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGc > 2:1256548/1‑150 (MQ=255)
aCTGTCCTGGTGACGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGct > 2:4264967/1‑150 (MQ=255)
tGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTc < 1:1687794/150‑1 (MQ=255)
tGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAAt < 2:4624757/150‑1 (MQ=255)
gAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAAt > 2:2361214/1‑150 (MQ=255)
gAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATa < 1:333961/150‑1 (MQ=255)
gAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATa < 1:334085/150‑1 (MQ=255)
gAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATa > 1:993956/1‑150 (MQ=255)
aGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACg > 2:1268100/1‑150 (MQ=255)
aCATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGAt > 1:729385/1‑150 (MQ=255)
aaTTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTATGTCAATACGATCTTTCg > 2:582040/1‑150 (MQ=255)
aaTTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCg > 1:3910319/1‑150 (MQ=255)
ttGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTGACGATATACTAATAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCt < 2:2907639/150‑1 (MQ=255)
tgtgGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCtt < 1:4468835/150‑1 (MQ=255)
gA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTAcgc > 2:3082069/1‑150 (MQ=255)
ttttttAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTAcgctgcg < 1:2979241/150‑1 (MQ=255)
ttttttAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTAcgctgcg < 1:657936/150‑1 (MQ=255)
tttAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTAcgctgcgctg < 2:4078133/150‑1 (MQ=255)
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TTTTCAATCAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAA > CP009273/3793504‑3793802
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
