Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F86 I0 R1
|
593 |
297.4 |
9515568 |
94.4% |
8982696 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,744,506 |
C→A |
7.8% |
G241G (GGG→GGT) |
yiaT ← |
putative outer membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,744,506 | 0 | C | A | 7.8%
| 1175.3
/ 53.6
| 314 | G241G (GGG→GGT) | yiaT | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (175/114); new base A (12/13); total (187/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.88e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
AAGGCAAGGGATTGTTCAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCACCCAGGC > CP009273/3744357‑3744655
|
aaGGCAAGGGATTGTTCAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCAcc > 1:3800024/1‑150 (MQ=255)
ggCAAGGGATTGTTCAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCAcccc > 2:1028226/1‑150 (MQ=255)
aaGGGATTGTTCAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGt > 2:435613/1‑150 (MQ=255)
ggATTGTTCAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGAc > 1:703484/1‑150 (MQ=255)
aTTGTTCAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACCTCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACaa > 2:2484875/1‑150 (MQ=255)
gTTCAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAgg > 2:2302381/1‑150 (MQ=255)
ttCAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGt > 1:2563714/1‑150 (MQ=255)
tCAGCAATATGATCTTTTTTCTGCCGCCTGGTTCCCGTTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAAAAACCTTTGTGGAATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCCCCGGTTAATAAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTa < 2:510258/150‑1 (MQ=255)
tCAGCAATAAGATCCTTATTCAGACGCCTGGTTCCCGGTATGAAAAGAGAAATCAAGAGCAACAACCTTTGTGGATTTACGACGGAGCACCCGCCGCACCTACATCCACCGGTTAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTa < 2:4064358/150‑1 (MQ=255)
cAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTaa > 2:525076/1‑150 (MQ=255)
cAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTaa > 1:956204/1‑150 (MQ=255)
aaTAAGATCTTTATTCAGACGCCTGGTTCCCGTTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACGGGTTAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAAct < 2:3975181/149‑1 (MQ=255)
aTAAGATCCTTATTCAGACGCCTGGTTCCGGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAActc < 2:2554117/150‑1 (MQ=255)
tAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAActct > 1:3750503/1‑150 (MQ=255)
aaGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGAATTACGACGTAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGTTTAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACtctc < 2:3011245/150‑1 (MQ=255)
gATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCAt > 2:1666863/1‑150 (MQ=255)
gATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCAt > 2:2508509/1‑150 (MQ=255)
aTCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCAtt > 1:2665282/1‑150 (MQ=255)
gATTCAGACGCCAGGTTCCCGTTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGat < 2:1139923/150‑1 (MQ=255)
acaCGCCAGGTTCCCGGAAAGAACAGAGCAATCCACAGCAACAACATGTCTGCCATTACCACGGAGCACCAGCCGCACCGAAATCCAACCGACAATTAAAAACGCCACCACACACCTGAGCCAAAAGAAAAACACTCAATACGatcaaac > 2:716279/3‑148 (MQ=255)
aGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGatcaatc > 2:447117/1‑150 (MQ=255)
cGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAatcatc > 1:327940/1‑150 (MQ=255)
aGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGATCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGc > 1:115177/1‑150 (MQ=255)
aGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGc > 1:152283/1‑150 (MQ=255)
cccGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCg > 1:2716337/1‑150 (MQ=255)
ccGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCgg < 2:1808065/150‑1 (MQ=255)
tATCAACAGACCAATCCAGATAAACAACCTGTGTGTAATTACCCCGGACCACCAGCCCCCCCGACACCCCCCGTTCAATAACACACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAAt < 1:3644168/150‑1 (MQ=255)
aTGAACAGAGCAAACCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGAAAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAAtc > 1:3103539/1‑150 (MQ=255)
tGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAAtct > 1:1815342/1‑150 (MQ=255)
aaCAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATctct > 2:4154487/1‑150 (MQ=255)
cAGAGCAATCAAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTc > 2:1509617/1‑150 (MQ=255)
gagaAATCCAGAGCAACAACCTTTGGGGCATAACGACGGAGCACCCGCCGCACCGAAAACCACCGGTGAATTACACACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCg < 2:1284660/150‑1 (MQ=255)
accAATCAAGACAAACAACCTTTGGGTCATTACGCCGGCCCCCCCGCCGCACCCACAACCCCCGTTTAATTAAACACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCgg < 1:1222965/148‑1 (MQ=255)
cAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCa > 2:79349/1‑150 (MQ=255)
cAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCa > 2:4518848/1‑150 (MQ=255)
cAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGAAATCCACGGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCa < 2:287358/150‑1 (MQ=255)
aaTCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAg > 1:2967208/1‑150 (MQ=255)
aaTCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAg > 2:3662500/1‑150 (MQ=255)
tCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCt > 1:3446521/1‑150 (MQ=255)
tCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCt > 2:4728114/1‑150 (MQ=255)
tCCAGAGAAACAACGTTTGTGGAATAACGCCGGCGCACCCGCCGCACCGACAGCCCCGGTTTAATTAACCACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCt < 1:1795277/150‑1 (MQ=255)
cAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCg > 1:1000330/1‑150 (MQ=255)
cAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCg > 2:1602641/1‑150 (MQ=255)
agagCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGc > 2:2180473/1‑150 (MQ=255)
aacaacCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTAt > 1:1461126/1‑150 (MQ=255)
aacaacCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACACCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTAt > 1:571101/1‑150 (MQ=255)
ccaacCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACACAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATc > 2:2257360/2‑150 (MQ=255)
caacCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATcc > 2:4253093/1‑150 (MQ=255)
caacCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATcc > 2:1730107/1‑150 (MQ=255)
caacCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACACCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATcc > 1:3729712/1‑150 (MQ=255)
tttGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTgcgc > 1:668021/1‑150 (MQ=255)
tgtgGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTc > 2:2831694/1‑150 (MQ=255)
gtgGAATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTTAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCg < 1:4469134/150‑1 (MQ=255)
ggaaTTCCGACGGAGCCCCAGCCGCACCGAAAACCACCGGTTAATAAAACACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGcc < 1:4085137/147‑1 (MQ=255)
ggCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGcc > 1:2341101/1‑150 (MQ=255)
gCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCa > 2:547942/1‑150 (MQ=255)
aTTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATc > 1:3840333/1‑150 (MQ=255)
aTTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATc > 2:1862582/1‑150 (MQ=255)
aTTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACACCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATc < 2:3865047/150‑1 (MQ=255)
ttccgacgGAGCACCAGCCGCACCTACACCCACCGGTTAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCa < 1:2658865/147‑1 (MQ=255)
ttACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCa > 2:2498937/1‑150 (MQ=255)
gacgGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATac < 1:4345512/150‑1 (MQ=255)
aCCAGCCGCACCTCCATCCCCCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGct < 2:3322314/150‑1 (MQ=255)
ccAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGctc > 1:2957708/1‑150 (MQ=255)
aGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCtctc < 2:1100838/150‑1 (MQ=255)
cGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTa < 2:2355564/150‑1 (MQ=255)
cGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTAAGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATCCGACGTGCTCTCCTa > 1:1575132/1‑150 (MQ=255)
gCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTAt > 1:2914645/1‑150 (MQ=255)
ccACCTACATCCACGTTTTAATAAAACACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTAt < 1:832429/149‑1 (MQ=255)
cACCTACATCCACCGGTTAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATc < 1:1122251/150‑1 (MQ=255)
aCCTACATCCCCGGGTTAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCg < 2:4604941/150‑1 (MQ=255)
gACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGt > 1:4668240/1‑150 (MQ=255)
gACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGt > 2:3608841/1‑150 (MQ=255)
ccGGTGAATTAAACACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGcc < 1:4222839/150‑1 (MQ=255)
cGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCg < 1:4709961/150‑1 (MQ=255)
tGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCa > 2:1323007/1‑150 (MQ=255)
tAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTg > 2:347899/1‑150 (MQ=255)
tAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTg > 2:2719182/1‑150 (MQ=255)
aaaaaCGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGa > 2:588784/1‑150 (MQ=255)
aaaaaCGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGGCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCGCGCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGa > 2:3395577/1‑150 (MQ=255)
aacaCGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGAc < 1:2137039/147‑1 (MQ=255)
aacaCGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGAc < 1:1265985/147‑1 (MQ=255)
aaaaCGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGAc > 2:4688375/1‑150 (MQ=255)
aaaaCGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGAc > 2:203014/1‑150 (MQ=255)
aaaaCGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGAc < 2:4367686/150‑1 (MQ=255)
aaaaCGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGAc > 1:1398408/1‑150 (MQ=255)
caCGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACAt < 1:1330804/149‑1 (MQ=255)
caCGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACAt < 1:1002765/149‑1 (MQ=255)
aCGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATa > 2:1235218/1‑150 (MQ=255)
aCGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATa > 2:1473584/1‑150 (MQ=255)
gCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAgg > 1:4591809/1‑150 (MQ=255)
gCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAgg > 2:1931568/1‑150 (MQ=255)
gCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAgg > 1:4591708/1‑150 (MQ=255)
cAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGc < 1:2190177/150‑1 (MQ=255)
cAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGc > 2:1286246/1‑150 (MQ=255)
gCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCAc < 2:327940/150‑1 (MQ=255)
tCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCAccc > 1:200347/1‑150 (MQ=255)
tCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCAccc > 1:425512/1‑150 (MQ=255)
cACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCACCCa < 2:549522/150‑1 (MQ=255)
cACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCACCCa < 2:704070/150‑1 (MQ=255)
|
AAGGCAAGGGATTGTTCAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCACCCAGGC > CP009273/3744357‑3744655
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
