Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F202 I0 R1
|
1397 |
275.7 |
9089454 |
95.2% |
8653160 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,193,516 |
T→G |
27.0% |
N60H (AAT→CAT) |
ymfE ← |
e14 prophage; putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,193,516 | 0 | T | G | 27.0%
| 135.0
/ 88.1
| 100 | N60H (AAT→CAT) | ymfE | e14 prophage; putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/35); new base G (11/16); total (49/51) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.71e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATTATAAT > CP009273/1193368‑1193665
|
gATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATta > 1:1472818/1‑150 (MQ=255)
aaCGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATtaata < 1:4284562/150‑1 (MQ=255)
aCGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATtaataa < 1:2949140/150‑1 (MQ=255)
ctgTTTTATTATTAGATGCTTATCCCAATGATATCGCTCCCGAAGTAGTTTGGCTGGATTTTTTTGTAGGTCTATCTCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATaaa < 1:2436284/148‑1 (MQ=255)
cGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATaaa < 1:134395/150‑1 (MQ=255)
ggTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAg < 1:4288348/150‑1 (MQ=255)
ttttATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGct > 1:1143065/1‑150 (MQ=255)
ttttATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGct > 1:1143131/1‑150 (MQ=255)
ttttATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGct > 1:4376414/1‑150 (MQ=255)
tttATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGctc > 1:3388269/1‑150 (MQ=255)
ttATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGctct < 1:3886370/150‑1 (MQ=255)
aaTTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATg > 2:768659/1‑150 (MQ=255)
aTGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCttt > 1:2521370/1‑150 (MQ=255)
aTGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCttt > 1:2521377/1‑150 (MQ=255)
tGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCTATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTa > 1:1123542/1‑150 (MQ=255)
gCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTaa > 2:285610/1‑150 (MQ=255)
gCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTaa < 1:3834209/150‑1 (MQ=255)
gCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTaa < 1:3834169/150‑1 (MQ=255)
gCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTaa > 2:285480/1‑150 (MQ=255)
cTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAAt > 2:2052280/1‑150 (MQ=255)
cTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCAGGATCTGTAAt > 2:2050390/1‑150 (MQ=255)
ttATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATa > 2:3351499/1‑150 (MQ=255)
tATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAg > 2:1110346/1‑150 (MQ=255)
aaaGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGa > 2:3481414/1‑150 (MQ=255)
aGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACa > 1:76539/1‑150 (MQ=255)
aGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACa > 1:2379704/1‑150 (MQ=255)
gATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACAt < 2:2514462/150‑1 (MQ=255)
gATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACAt < 2:213874/150‑1 (MQ=255)
atCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACt < 1:2398203/150‑1 (MQ=255)
atCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACt < 1:2983858/150‑1 (MQ=255)
cGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACttg > 1:3410622/1‑150 (MQ=255)
cGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACttg > 1:1136502/1‑150 (MQ=255)
cGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACttg < 2:4106708/150‑1 (MQ=255)
cGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACttg > 1:1136536/1‑150 (MQ=255)
aCCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACttggtt > 1:700555/1‑150 (MQ=255)
cccGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACttggttg < 2:311309/150‑1 (MQ=255)
ccGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACttggttgg < 1:3050318/150‑1 (MQ=255)
cGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTtggttggt > 2:5252/1‑150 (MQ=255)
gAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTa > 2:1604965/1‑150 (MQ=255)
aaGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTaa < 1:1543326/150‑1 (MQ=255)
aaGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTaa < 1:1543269/150‑1 (MQ=255)
aaGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTaa < 1:1543261/150‑1 (MQ=255)
agtagtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAAt > 2:2793746/1‑150 (MQ=255)
gtagtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATg < 2:2554082/150‑1 (MQ=255)
tagtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGt < 1:2554123/150‑1 (MQ=255)
gtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTATCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATTtta > 2:2465531/1‑150 (MQ=255)
cTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAg < 2:1331837/150‑1 (MQ=255)
tGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAgg > 2:3166466/1‑150 (MQ=255)
tGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAgg > 2:3166461/1‑150 (MQ=255)
gCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAggg < 1:620123/150‑1 (MQ=255)
aTTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGAt < 2:529524/150‑1 (MQ=255)
aTTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGAt < 2:529352/150‑1 (MQ=255)
ttGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATg < 1:1743739/150‑1 (MQ=255)
tGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGt < 1:768659/150‑1 (MQ=255)
ttATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTAt < 2:1208777/150‑1 (MQ=255)
cGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAg < 1:540195/150‑1 (MQ=255)
ccGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGt > 1:2375272/1‑150 (MQ=255)
cGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTa < 2:1241111/150‑1 (MQ=255)
cTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATg > 1:1124250/1‑150 (MQ=255)
tAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCTATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAata < 2:1123542/150‑1 (MQ=255)
tAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAata < 2:2521370/150‑1 (MQ=255)
tAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAata < 2:2521377/150‑1 (MQ=255)
aaaTATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAatat > 2:851211/1‑150 (MQ=255)
aaaTATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAatat > 2:851234/1‑150 (MQ=255)
atGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTa < 1:1604965/150‑1 (MQ=255)
aaaaaTCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGt < 1:3422089/150‑1 (MQ=255)
aaaaaTCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGt < 1:3422793/150‑1 (MQ=255)
aaTCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTAtt > 1:824996/1‑150 (MQ=255)
aaTCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTAtt > 1:825030/1‑150 (MQ=255)
aTCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTAttt < 2:1526015/150‑1 (MQ=255)
aTCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTAttt < 2:3783072/150‑1 (MQ=255)
tCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTa < 2:1143131/150‑1 (MQ=255)
tCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTa < 2:1143065/150‑1 (MQ=255)
tCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTa < 2:4376414/150‑1 (MQ=255)
gCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAg > 2:2023839/1‑150 (MQ=255)
aaGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAg < 1:1939079/150‑1 (MQ=255)
aaGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAg < 1:1939323/150‑1 (MQ=255)
aaGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAg < 1:2602219/150‑1 (MQ=255)
acaAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGc > 1:999396/1‑150 (MQ=255)
aaGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCtt > 1:4386989/1‑150 (MQ=255)
aGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCttt > 2:845538/1‑150 (MQ=255)
aGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCttt > 2:1531168/1‑150 (MQ=255)
aaTATCCCAAAATATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTAtta < 2:825684/150‑3 (MQ=255)
aaTATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGa > 2:1037186/1‑150 (MQ=255)
aaTATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGa > 2:1037156/1‑150 (MQ=255)
atatACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGaa < 1:1049655/150‑1 (MQ=255)
tataCCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAg < 1:2068036/150‑1 (MQ=255)
cAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAg > 1:3866581/1‑150 (MQ=255)
aaGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCa < 2:1472818/150‑1 (MQ=255)
gTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACAttt < 2:1434507/150‑1 (MQ=255)
gTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACAttt < 1:2778512/150‑1 (MQ=255)
cccAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGAGTAGTTAAGAAAGTTGATTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCAt > 2:2912913/1‑150 (MQ=255)
aaTTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATtat > 2:1908867/1‑150 (MQ=255)
aTTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATtata > 2:414841/1‑150 (MQ=255)
aTTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATtata > 2:415364/1‑150 (MQ=255)
aTTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATtata > 2:4501715/1‑150 (MQ=255)
ttAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATTATaa > 2:1087152/1‑150 (MQ=255)
ttAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATTATaa > 2:1837037/1‑150 (MQ=255)
taataaAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATTATAAt < 1:3544392/150‑1 (MQ=255)
taataaAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATTATAAt < 1:3544538/150‑1 (MQ=255)
|
GATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATTATAAT > CP009273/1193368‑1193665
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
