Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F159 I0 R1
|
879 |
305.9 |
9588012 |
96.6% |
9262019 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,193,516 |
T→G |
15.4% |
N60H (AAT→CAT) |
ymfE ← |
e14 prophage; putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,193,516 | 0 | T | G | 15.4%
| 219.9
/ 41.3
| 91 | N60H (AAT→CAT) | ymfE | e14 prophage; putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/42); new base G (3/11); total (38/53) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.41e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
GTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATTATAAT > CP009273/1193375‑1193665
|
gTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGc > 1:125345/1‑150 (MQ=255)
ttttATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGct < 2:2489242/150‑1 (MQ=255)
ttttATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGct < 2:2771682/150‑1 (MQ=255)
tttATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGctc > 1:1309600/1‑150 (MQ=255)
tttATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGctc > 1:2610612/1‑150 (MQ=255)
taATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCAt < 2:2402079/150‑1 (MQ=255)
taATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCAt < 2:2402083/150‑1 (MQ=255)
aaTTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATg > 2:3276027/1‑150 (MQ=255)
aaTTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATg > 2:216245/1‑150 (MQ=255)
gATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCtt < 2:4476936/150‑1 (MQ=255)
gATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCtt < 2:4475385/150‑1 (MQ=255)
tGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTa < 1:2058773/150‑1 (MQ=255)
tATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAg > 1:4080822/1‑150 (MQ=255)
cccAAAGATTTCGCACCCGTAGTAGTTTTGCTGCTTTTTTTTGTAGGTCTAACGCACCGGTAATTAAATATGCAAAAATCGCTAAAGCACATGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTg < 1:3567190/150‑1 (MQ=255)
cccAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTg > 1:1571727/1‑150 (MQ=255)
cccAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTg > 2:1083514/1‑150 (MQ=255)
cAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTggg > 2:3088196/1‑150 (MQ=255)
cAAAGATATCGCACACGAAGTATTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTggg < 2:2134858/150‑1 (MQ=255)
aaaGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGa > 2:1579775/1‑150 (MQ=255)
aaaGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGa > 2:1579779/1‑150 (MQ=255)
aaaGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGa > 2:1580589/1‑150 (MQ=255)
aaaGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGa > 1:3403237/1‑150 (MQ=255)
aaGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGAc > 2:294573/1‑150 (MQ=255)
aaGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGAc < 2:3754799/150‑1 (MQ=255)
gATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACAt > 2:4527508/1‑150 (MQ=255)
tCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACtt > 1:2386512/1‑150 (MQ=255)
cGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACttg > 1:302373/1‑150 (MQ=255)
cGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACttg < 1:288250/150‑1 (MQ=255)
gCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACttgg < 2:4170197/150‑1 (MQ=255)
gCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACttgg < 2:4166494/150‑1 (MQ=255)
gCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACttgg < 2:754394/150‑1 (MQ=255)
gAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTa < 2:2913374/150‑1 (MQ=255)
aaGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATATGTGGGACATACTTGGTTGGTaa < 1:2101267/150‑1 (MQ=255)
agtagtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAAt < 1:3448683/150‑1 (MQ=255)
gtagtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACACGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATg > 1:4702709/1‑150 (MQ=255)
gtagtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCCTGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATg < 2:716324/150‑1 (MQ=255)
gtagtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATg < 2:716513/150‑1 (MQ=255)
tagtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGt > 2:1334334/1‑150 (MQ=255)
gtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGtta < 2:195241/150‑1 (MQ=255)
gtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGtta < 1:2949278/150‑1 (MQ=255)
gtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGtta < 2:1070431/150‑1 (MQ=255)
gtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGtta < 2:194068/150‑1 (MQ=255)
tttGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGttat < 2:1158977/150‑1 (MQ=255)
ttGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGttatt < 2:3372646/150‑1 (MQ=255)
tGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGttatta < 1:3634645/150‑1 (MQ=255)
cTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAg < 2:2543963/150‑1 (MQ=255)
tGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAgg > 2:4599898/1‑150 (MQ=255)
gCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAggg < 1:3410567/150‑1 (MQ=255)
tGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACCTACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGt > 1:3438806/1‑150 (MQ=255)
gTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTa < 2:3177397/150‑1 (MQ=255)
gTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTa > 1:349253/1‑150 (MQ=255)
tGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCg < 1:688281/150‑1 (MQ=255)
gTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGt < 1:1616928/150‑1 (MQ=255)
tAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTAGTa > 2:4501487/1‑150 (MQ=255)
aGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTaa < 1:2534770/150‑1 (MQ=255)
aGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTaa < 1:2534754/150‑1 (MQ=255)
cTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATaa > 2:3180003/1‑150 (MQ=255)
cTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACGTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATaa > 2:3179358/1‑150 (MQ=255)
cTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATAATTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATaa < 2:599551/150‑1 (MQ=255)
aaCGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACt > 2:4000242/1‑150 (MQ=255)
aCGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTa < 2:1309600/150‑1 (MQ=255)
gCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGa < 2:4515811/150‑1 (MQ=255)
gCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGa < 2:4515993/150‑1 (MQ=255)
gCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGa > 1:787551/1‑150 (MQ=255)
gCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTCGAAGTAt > 1:3110419/1‑150 (MQ=255)
cTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATg > 2:1810069/1‑150 (MQ=255)
tAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAata < 2:1571727/150‑1 (MQ=255)
atatGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAatatat < 1:3353760/150‑1 (MQ=255)
atatGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAatatat < 1:957579/150‑1 (MQ=255)
cAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCg < 1:2673396/150‑1 (MQ=255)
aaTCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTAtt > 1:2465901/1‑150 (MQ=255)
aaTCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTAtt > 1:2464795/1‑150 (MQ=255)
tCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTa < 1:2136153/150‑1 (MQ=255)
cAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGa > 1:993014/1‑150 (MQ=255)
gCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGtt > 2:357508/1‑150 (MQ=255)
cacaAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTg < 1:2433321/150‑1 (MQ=255)
cacaAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTg < 1:397406/150‑1 (MQ=255)
cacaAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTg < 1:397110/150‑1 (MQ=255)
aaGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCtt > 1:3571247/1‑150 (MQ=255)
ggTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTa < 1:294573/150‑1 (MQ=255)
gTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTAt > 2:2638315/1‑150 (MQ=255)
tAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATg < 1:2460564/150‑1 (MQ=255)
tAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATg < 1:4754761/150‑1 (MQ=255)
tAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATg < 1:61889/150‑1 (MQ=255)
atatACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGaa > 2:195100/1‑150 (MQ=255)
tAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACAt < 2:1006839/150‑1 (MQ=255)
tAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACAt < 2:4309324/150‑1 (MQ=255)
tAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACAt < 2:4307253/150‑1 (MQ=255)
cccAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCAt > 2:2845876/1‑150 (MQ=255)
ccAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCAtt < 1:216245/150‑1 (MQ=255)
cAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATta > 1:4297141/1‑150 (MQ=255)
ttAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATTATaa < 1:4599898/150‑1 (MQ=255)
taataaAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATTATAAt > 2:3576893/1‑150 (MQ=255)
taataaAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATTATAAt < 1:4503820/150‑1 (MQ=255)
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GTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATTATAAT > CP009273/1193375‑1193665
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
