Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F121 I0 R1
|
856 |
273.6 |
9081716 |
94.1% |
8545894 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,193,516 |
T→G |
24.3% |
N60H (AAT→CAT) |
ymfE ← |
e14 prophage; putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,193,516 | 0 | T | G | 24.3%
| 303.7
/ 135.2
| 172 | N60H (AAT→CAT) | ymfE | e14 prophage; putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/80); new base G (17/25); total (67/105) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.57e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
ATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATTATAAT > CP009273/1193369‑1193665
|
aTAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATtaa < 2:1914140/150‑1 (MQ=255)
tAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATtaat < 1:4335197/150‑1 (MQ=255)
cGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATaaa > 1:2395095/1‑150 (MQ=255)
ggTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAg < 2:1501442/150‑1 (MQ=255)
gTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGc > 2:4533086/1‑150 (MQ=255)
tttATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGctc < 2:3340825/150‑1 (MQ=255)
ttATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGctct < 2:3232222/150‑1 (MQ=255)
ttATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGctct < 2:432969/150‑1 (MQ=255)
tataATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCtctc < 1:1014329/150‑1 (MQ=255)
aaTTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATg < 2:677079/150‑1 (MQ=255)
aaTTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATg < 1:3561776/150‑1 (MQ=255)
aTTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGa < 1:2734872/150‑1 (MQ=255)
aTTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGa < 1:2734860/150‑1 (MQ=255)
aTTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGa > 1:3219973/1‑150 (MQ=255)
aTTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGa < 1:546023/150‑1 (MQ=255)
aGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCt < 2:3467785/150‑1 (MQ=255)
aGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCt < 1:284786/150‑1 (MQ=255)
aGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCt > 1:1743989/1‑150 (MQ=255)
gATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCtt < 1:1819257/150‑1 (MQ=255)
aTGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCttt > 1:819024/1‑150 (MQ=255)
tGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTa < 1:3257716/150‑1 (MQ=255)
cTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAAt > 2:2503711/1‑150 (MQ=255)
ttATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATa > 1:383357/1‑150 (MQ=255)
tCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGt < 2:3275166/150‑1 (MQ=255)
cccAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTg > 2:3903353/1‑150 (MQ=255)
ccAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTgg > 2:794579/1‑150 (MQ=255)
ccAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTgg < 1:4278318/150‑1 (MQ=255)
ccAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTgg < 1:4277850/150‑1 (MQ=255)
cAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTggg < 1:1509829/150‑1 (MQ=255)
aGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACa < 1:4483168/150‑1 (MQ=255)
tatCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATAc > 2:3577173/1‑150 (MQ=255)
tCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACtt > 1:4309830/1‑150 (MQ=255)
cGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACttg > 2:1013828/1‑150 (MQ=255)
cccGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAACAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACttggttg < 2:701284/150‑1 (MQ=255)
cGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTtggttggt < 2:2135471/150‑1 (MQ=255)
cGAAGTAGTTGGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTtggttggt < 2:4280156/150‑1 (MQ=255)
gtagtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATg < 2:4063375/150‑1 (MQ=255)
gtagtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATg < 2:2270104/150‑1 (MQ=255)
tagtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGt < 1:1722407/150‑1 (MQ=255)
tagtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGt < 1:224834/150‑1 (MQ=255)
tagtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGt < 1:1097305/150‑1 (MQ=255)
agtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGtt > 1:2045176/1‑150 (MQ=255)
gtTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGtta < 1:1511705/150‑1 (MQ=255)
cATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGa > 2:1710268/1‑150 (MQ=255)
cATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGa < 1:2295573/150‑1 (MQ=255)
cATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGa > 2:2824432/1‑150 (MQ=255)
cATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGa > 2:3025026/1‑150 (MQ=255)
aTTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGAt < 1:2568440/150‑1 (MQ=255)
ttGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATg < 1:4420393/150‑1 (MQ=255)
gTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTa < 2:1482899/150‑1 (MQ=255)
gTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTa < 2:3328599/150‑1 (MQ=255)
tATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTAtt < 1:2981298/150‑1 (MQ=255)
aTGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTc < 1:3827431/150‑1 (MQ=255)
aTGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTc < 1:3743311/150‑1 (MQ=255)
gTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACCTACTGGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGt > 2:1532784/1‑150 (MQ=255)
tAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTa > 1:1812302/1‑150 (MQ=255)
tAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTa > 1:3316890/1‑150 (MQ=255)
ggTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTaaa > 2:918424/1‑150 (MQ=255)
gTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAAt < 1:3979328/150‑1 (MQ=255)
aCGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTa < 1:1940741/150‑1 (MQ=255)
cGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAg > 2:2782820/1‑150 (MQ=255)
ccGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACGTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGt > 2:3072953/1‑150 (MQ=255)
cTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATg > 2:4167455/1‑150 (MQ=255)
cTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATg < 2:2170109/150‑1 (MQ=255)
cTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAAGAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATg < 2:204193/150‑1 (MQ=255)
tAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGc < 2:219520/150‑1 (MQ=255)
aaTTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCa > 1:1642996/1‑150 (MQ=255)
tAAATATGCAAAAATCTCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAata < 1:3287405/150‑1 (MQ=255)
aaaTATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAatat < 2:4423299/150‑1 (MQ=255)
aaaTATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAatat < 2:560139/150‑1 (MQ=255)
atatGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAatatat < 2:2599199/150‑1 (MQ=255)
atatGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAatatat < 1:3982370/150‑1 (MQ=255)
atGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTa < 2:2410729/150‑1 (MQ=255)
atGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTATAATAGGTGGGACATACTTGGGTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAAATAGAAGTATGCAATATATTa > 2:1997698/1‑150 (MQ=255)
atGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTa < 2:2876669/150‑1 (MQ=255)
atGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTa < 2:2878341/150‑1 (MQ=255)
gCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGc < 2:1743989/150‑1 (MQ=255)
aaaaTCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTa < 2:1912796/150‑1 (MQ=255)
aaTCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTCTTCGTAAATAACTAGACGTCTGCAATATATTAGCGTAtt > 2:3907544/1‑150 (MQ=255)
aaTCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCACAATGACTAAAGCTATCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTAtt < 1:1377449/150‑1 (MQ=255)
cGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTaa < 1:3319707/150‑1 (MQ=255)
cGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTaa > 2:3394250/1‑150 (MQ=255)
cAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGa > 1:4138838/1‑150 (MQ=255)
aaaGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGaaa > 1:730460/1‑150 (MQ=255)
aGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGt > 2:1233541/1‑150 (MQ=255)
gCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGAACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGtt > 2:633952/1‑150 (MQ=255)
aGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCttt > 2:2305524/1‑150 (MQ=255)
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tAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATg < 1:1439811/150‑1 (MQ=255)
aaTATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGa < 2:108966/150‑1 (MQ=255)
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aaTATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGa > 1:1142348/1‑150 (MQ=255)
atatACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGaa > 1:2939207/1‑150 (MQ=255)
ataCCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGt < 1:3074009/150‑1 (MQ=255)
aCCAAAAGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGttt < 2:4340123/150‑1 (MQ=255)
ccAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTa < 2:1492014/150‑1 (MQ=255)
aaaGATAGTTCAAAATTAATAAATCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGc < 2:3702175/150‑1 (MQ=255)
aGATAGTGCCCAATGAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCaa > 1:1042680/1‑150 (MQ=255)
taataaAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATTATAAt > 1:3785939/1‑150 (MQ=255)
|
ATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATTATAAT > CP009273/1193369‑1193665
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
