Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F202 I0 R1
|
1397 |
275.7 |
9089454 |
95.2% |
8653160 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
4,241,633 |
C→T |
10.5% |
pseudogene (745/1323 nt) |
yjbI → |
pseudogene, SopA‑related, pentapeptide repeats‑containing |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 4,241,633 | 0 | C | T | 10.5%
| 1112.3
/ 92.0
| 354 | pseudogene (745/1323 nt) | yjbI | pseudogene, SopA‑related, pentapeptide repeats‑containing |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (177/139); new base T (19/18); total (197/157) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.04e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.04e-01 |
Only 100 of 359 total aligned reads displayed.
CATTGCCAGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAGATTTAATACGAATAAATGGCTAATTGATAAAAATAACAAT > CP009273/4241484‑4241782
|
aTTGCCAGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACg > 2:1086461/1‑150 (MQ=255)
tGCCAGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCa > 2:288614/1‑150 (MQ=255)
aGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTta < 1:1533809/150‑1 (MQ=255)
gATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTtat > 1:2366499/1‑150 (MQ=255)
gATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTtat > 2:1893819/1‑150 (MQ=255)
tAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTatat < 1:4099750/150‑1 (MQ=255)
aaTGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATc > 2:2623595/1‑150 (MQ=255)
aTGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATATGCAGTTATATcc < 1:1834606/150‑1 (MQ=255)
aaTGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTc > 2:4217965/1‑150 (MQ=255)
tGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCtg > 2:1052229/1‑150 (MQ=255)
tGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCtg < 2:4057288/150‑1 (MQ=255)
gATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCtga < 2:539608/150‑1 (MQ=255)
atatTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATTCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATATGCAGTTATATCCATTCtgat < 2:1355673/150‑1 (MQ=255)
atatTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATTCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATATGCAGTTATATCCATTCtgat < 2:3625744/150‑1 (MQ=255)
atatTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATATGCAGTTATATCCATTCtgat < 2:590431/150‑1 (MQ=255)
ttGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATATGCAGTTATATCCATTCTGATGaa < 1:283360/150‑1 (MQ=255)
tGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAg > 2:3205258/1‑150 (MQ=255)
tGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAg > 2:904130/1‑150 (MQ=255)
tCCGTTCTTGTCTTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAAc < 2:3429144/150‑1 (MQ=255)
tCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAAc > 2:2359953/1‑150 (MQ=255)
tCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAAc > 1:2970046/1‑150 (MQ=255)
ccGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACa > 1:2514709/1‑150 (MQ=255)
tCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGtt < 1:2751521/150‑1 (MQ=255)
cTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTc < 1:3409596/150‑1 (MQ=255)
tGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCg < 2:715534/150‑1 (MQ=255)
tGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCg > 2:1184787/1‑150 (MQ=255)
ggCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCga > 1:276325/1‑150 (MQ=255)
cGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCgatga > 2:2007188/1‑150 (MQ=255)
gTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCgatgat > 1:2905841/1‑150 (MQ=255)
gTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCgatgat > 1:3516340/1‑150 (MQ=255)
gTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCgatgat < 1:1893819/150‑1 (MQ=255)
tAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATATGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGAtt > 2:3559501/1‑150 (MQ=255)
tAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGAtt < 2:2672834/150‑1 (MQ=255)
aaCTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTa < 1:2531883/150‑1 (MQ=255)
aCTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTAt < 2:150557/150‑1 (MQ=255)
cTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATg > 2:339655/1‑150 (MQ=255)
cTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATg < 2:693044/150‑1 (MQ=255)
cTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTAGTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATg > 2:1766726/1‑150 (MQ=255)
gATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATATGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCa > 2:4286065/1‑150 (MQ=255)
gATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCa < 2:2303402/150‑1 (MQ=255)
gCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACa > 2:950409/1‑150 (MQ=255)
gCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACa < 2:3373435/150‑1 (MQ=255)
gCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACa < 1:2049437/150‑1 (MQ=255)
gCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACa < 1:2049220/150‑1 (MQ=255)
gCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGAGTCaaaa > 2:3002356/1‑148 (MQ=255)
ttAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGa < 1:3205258/150‑1 (MQ=255)
tAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGAt > 1:4258840/1‑150 (MQ=255)
tAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGAt > 1:4258726/1‑150 (MQ=255)
aaaaTACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTc > 1:3925454/1‑150 (MQ=255)
aaaTACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCa > 2:3714838/1‑150 (MQ=255)
aaaTACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCa > 2:3715155/1‑150 (MQ=255)
ttAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAgg < 1:3239790/150‑1 (MQ=255)
atatTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGa < 2:4527499/150‑1 (MQ=255)
ttGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAAtt > 1:3309165/1‑150 (MQ=255)
ttGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAAtt < 2:1270806/150‑1 (MQ=255)
tGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAAttt < 1:2703072/150‑1 (MQ=255)
tGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCCTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAAttt < 1:1088834/150‑1 (MQ=255)
gTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTc > 2:3819748/1‑150 (MQ=255)
gTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTc > 1:980755/1‑150 (MQ=255)
ataaAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATa < 1:881331/150‑1 (MQ=255)
aaaaCTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATAccc < 2:2908109/150‑1 (MQ=255)
aaCTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCaa > 1:3944914/1‑150 (MQ=255)
aaCTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCaa > 1:603853/1‑150 (MQ=255)
ttGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAgatga < 2:3423420/150‑1 (MQ=255)
agaATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCg < 2:2970046/150‑1 (MQ=255)
atatGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGAtt > 2:387825/1‑150 (MQ=255)
atatGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGAtt < 1:2289386/150‑1 (MQ=255)
aagaaAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTttatt > 2:152576/1‑150 (MQ=255)
gaaAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTaa > 1:2207318/1‑150 (MQ=255)
aaaaTATTTAGCCTTTGTCCTTATATAAAAGATCACATTATACTCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAAc < 2:781220/150‑1 (MQ=255)
aaaTATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACa > 2:4271470/1‑150 (MQ=255)
aaTATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAg > 1:1219780/1‑150 (MQ=255)
aaTATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAg > 1:1220490/1‑150 (MQ=255)
tatTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAGAt < 1:1047808/150‑1 (MQ=255)
aGCCATTGTCC‑TATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACATATTTAATa > 1:2919163/1‑150 (MQ=255)
ccATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAGATTTAATAc > 1:4302574/1‑150 (MQ=255)
cATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAGATTTAATACg > 1:1982844/1‑150 (MQ=255)
aTTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATATGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAGATTTAATACGa > 2:2031990/1‑150 (MQ=255)
aTTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAGATTTAATACGa < 2:525222/150‑1 (MQ=255)
aTTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAGATTTAATACGa < 2:3316382/150‑1 (MQ=255)
tCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAGATTTAATACGAATaa > 1:1429179/1‑150 (MQ=255)
ccTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAGATTTAATACGAATaaa > 2:1820033/1‑150 (MQ=255)
ttATATAAAAGATCCCATTATATGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAGATTTAATACTAATAAATg > 1:400837/1‑150 (MQ=255)
tatataAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAGATTTAATACGAATAAATgg > 1:1700736/1‑150 (MQ=255)
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atatGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAGATTTAATACGAATAAATGGCTAATTGATAAAAATAAc < 2:2561571/150‑1 (MQ=255)
ataCGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAGATTTAATACGAATAAATGGCTAATTGATAAAAATAAc > 1:3827321/1‑150 (MQ=255)
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CATTGCCAGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAGATTTAATACGAATAAATGGCTAATTGATAAAAATAACAAT > CP009273/4241484‑4241782
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
