Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F52 I0 R1
|
779 |
320.1 |
10410758 |
96.6% |
10056792 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
158,967 |
C→A |
19.1% |
H126N (CAT→AAT) |
hrpB → |
putative ATP‑dependent helicase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 158,967 | 0 | C | A | 19.1%
| 890.5
/ 163.3
| 302 | H126N (CAT→AAT) | hrpB | putative ATP‑dependent helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (107/137); new base A (25/33); total (132/170) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
AGGCGATACCGTTGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCAT > CP009273/158819‑159115
|
aGGCGATACCGTTGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTc > 2:1710035/1‑149 (MQ=255)
ggCGATACCGTTGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCa > 2:1011964/1‑149 (MQ=255)
gCGATACCGTTGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCAt < 2:2538703/149‑1 (MQ=255)
gCGATACCGTTGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCAt > 2:718599/1‑149 (MQ=255)
aTACCGTTGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGACCTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAg > 2:4802046/1‑149 (MQ=255)
aTACCGTTGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAg > 1:4584826/1‑149 (MQ=255)
tACCGTTGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAgc > 2:391764/1‑149 (MQ=255)
ttGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGc < 2:1005170/149‑1 (MQ=255)
ggCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCtt > 1:1947050/1‑149 (MQ=255)
tACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCa > 1:3435044/1‑149 (MQ=255)
aCCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAg > 1:2691975/1‑149 (MQ=255)
aCCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAg > 2:2941097/1‑149 (MQ=255)
aCCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAg < 1:4087595/149‑1 (MQ=255)
cGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGc > 2:2357667/1‑149 (MQ=255)
gATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCgg > 1:5170772/1‑149 (MQ=255)
gATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCACCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCgg > 2:2636214/1‑149 (MQ=255)
aTGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGa > 2:4646083/1‑149 (MQ=255)
aTGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAAAACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCATGAAGGCGGa > 2:2051874/1‑149 (MQ=255)
tgcgtgcgCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGAt > 1:3385850/1‑149 (MQ=255)
tgcgtgcgCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGAt > 2:2732029/1‑149 (MQ=255)
tgcgtgcgCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGAt > 1:2887708/1‑149 (MQ=255)
gcgtgcgCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGAtt < 2:1117396/149‑1 (MQ=255)
gcgtgcgCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGAtt < 2:4029944/149‑1 (MQ=255)
gcgtgcgCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGAtt < 2:823405/149‑1 (MQ=255)
gtgcgCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATttg < 1:1069210/149‑1 (MQ=255)
aaaaCTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATttggcgttg < 2:3275336/149‑1 (MQ=255)
aaaCTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATttggcgttgg < 1:2903074/149‑1 (MQ=255)
aCTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATttggcgttggcg > 2:453859/1‑149 (MQ=255)
cTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGgcgc > 1:1839529/1‑149 (MQ=255)
tGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCt < 2:3088979/149‑1 (MQ=255)
tGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCt > 1:4994562/1‑149 (MQ=255)
tGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTGGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCt > 1:4410024/1‑149 (MQ=255)
cGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGt < 2:906230/149‑1 (MQ=255)
aaTACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGAtgt > 1:1288128/1‑149 (MQ=255)
tACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGc < 2:1502695/149‑1 (MQ=255)
aCCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGca < 1:4343114/149‑1 (MQ=255)
aCCCGCCTGGAAGGGGTTACCGAAGGCGTGCTGTCGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGca < 2:4361461/149‑1 (MQ=255)
cccGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGcaa > 1:780898/1‑149 (MQ=255)
ccGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGcaac < 1:2849429/149‑1 (MQ=255)
gCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGCTGGCGCTGTTACTCGATGTGcaacaa < 1:5020072/149‑1 (MQ=255)
ccTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAg < 2:1660905/149‑1 (MQ=255)
cTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAgg < 2:3319767/149‑1 (MQ=255)
ggAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTc < 2:1958098/149‑1 (MQ=255)
aaGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTg < 2:3255393/149‑1 (MQ=255)
aaGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTg > 1:3215509/1‑149 (MQ=255)
aGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGc > 2:2093385/1‑149 (MQ=255)
gTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCg < 1:3586288/149‑1 (MQ=255)
ttACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGtgat < 1:5107900/149‑1 (MQ=255)
ccGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGAc > 2:2427718/1‑149 (MQ=255)
cGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGAcc < 2:4300474/149‑1 (MQ=255)
cGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGAcc < 2:4236457/149‑1 (MQ=255)
aGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTa > 2:5067472/1‑149 (MQ=255)
gCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTaaa > 1:621402/1‑149 (MQ=255)
gCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTaaa > 1:4895979/1‑149 (MQ=255)
gCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTaaa < 2:1282973/149‑1 (MQ=255)
gCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTaaa < 2:4575533/149‑1 (MQ=255)
gCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAActgc < 1:2383709/149‑1 (MQ=255)
gACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGa < 1:4477212/149‑1 (MQ=255)
gACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGa > 2:4171219/1‑149 (MQ=255)
gACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGa > 1:38197/1‑149 (MQ=255)
gACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGa < 1:2889416/149‑1 (MQ=255)
gACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGa > 1:4162131/1‑149 (MQ=255)
aCGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGAt < 1:4505016/149‑1 (MQ=255)
gcgcATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTa < 2:1812854/149‑1 (MQ=255)
gcgcATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTa > 2:3489614/1‑149 (MQ=255)
gcgcATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGAGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAAAAAGGTATGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTa < 1:74845/149‑1 (MQ=255)
cATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGt < 1:116221/149‑1 (MQ=255)
cATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGt < 1:3491019/149‑1 (MQ=255)
cATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGt > 2:2014840/1‑149 (MQ=255)
tGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCg > 2:1596512/1‑149 (MQ=255)
gCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTAccc > 2:3732686/1‑149 (MQ=255)
gAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGa > 1:1394405/1‑149 (MQ=255)
aaCTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACTAc > 2:4708763/1‑149 (MQ=255)
aaCTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGAc < 2:498057/149‑1 (MQ=255)
aCTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGAcc > 1:4621776/1‑149 (MQ=255)
aCTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGAcc < 2:3607993/149‑1 (MQ=255)
tGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGc > 1:2305802/1‑149 (MQ=255)
gAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCt > 2:3392762/1‑149 (MQ=255)
aGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCtt < 2:1928574/149‑1 (MQ=255)
gCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTg > 2:2290502/1‑149 (MQ=255)
cGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTgc < 2:4762808/149‑1 (MQ=255)
cGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTATACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTgc < 2:1060959/149‑1 (MQ=255)
ggTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTgca < 1:201456/149‑1 (MQ=255)
gtgtTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTgcag > 2:1615701/1‑149 (MQ=255)
gtgtTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTgcag > 1:2944375/1‑149 (MQ=255)
gtTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTgcagca > 1:4042713/1‑149 (MQ=255)
ttGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCGTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCaa < 1:4838260/149‑1 (MQ=255)
gACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAAtg < 2:4264288/149‑1 (MQ=255)
cTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTTGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAAtgct > 1:3966899/1‑149 (MQ=255)
cTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTCGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAAtgct > 1:5039048/1‑149 (MQ=255)
tGGTGATCCTTGATTAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCTTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTATGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGTCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAAtgctg < 1:3310710/149‑1 (MQ=255)
gTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGcc < 2:1662872/149‑1 (MQ=255)
aTCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGa > 1:1618972/1‑149 (MQ=255)
tCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGaa < 1:1909391/149‑1 (MQ=255)
atgaATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCt < 1:3651218/149‑1 (MQ=255)
tgaATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTg > 1:3150911/1‑149 (MQ=255)
gaATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTgt < 1:3773147/149‑1 (MQ=255)
gaATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTgt > 1:2267991/1‑149 (MQ=255)
tCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCa > 1:1212742/1‑149 (MQ=255)
cATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCAt < 1:2641702/149‑1 (MQ=255)
|
AGGCGATACCGTTGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCAT > CP009273/158819‑159115
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
