Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F56 I0 R1
|
543 |
285.0 |
9366284 |
95.7% |
8963533 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
158,967 |
C→A |
8.7% |
H126N (CAT→AAT) |
hrpB → |
putative ATP‑dependent helicase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 158,967 | 0 | C | A | 8.7%
| 1130.5
/ 60.8
| 300 | H126N (CAT→AAT) | hrpB | putative ATP‑dependent helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (130/144); new base A (15/11); total (145/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 |
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
AGGCGATACCGTTGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGT > CP009273/158819‑159112
|
gCGATACCGTTGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAAt < 2:4097758/149‑1 (MQ=255)
gCGATACCGTAGGCTACCGGATGAGTGCGCAAAACTGCGTCGGTAAGAATACCCGCATGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTTCTGACGCTCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGAGATCCTTGATGAATTTCAt > 2:4269200/1‑149 (MQ=255)
gATACCGTTGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGa < 2:92373/149‑1 (MQ=255)
gATACCGTTGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGAGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGa < 1:2219319/149‑1 (MQ=255)
aTACCGTTGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAg > 2:548958/1‑149 (MQ=255)
ccGTTGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAgcgc > 1:326381/1‑149 (MQ=255)
cGTTGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCa < 1:1341045/149‑1 (MQ=255)
ttGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGc < 1:667482/149‑1 (MQ=255)
tGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGTAGTGGTTACCGTAGGCGTGCTGACGCGCATGCTCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCt < 2:3962693/149‑1 (MQ=255)
tGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCt > 1:1167442/1‑149 (MQ=255)
tACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCa > 2:485963/1‑149 (MQ=255)
ccGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAgg < 1:4560822/149‑1 (MQ=255)
gcAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATttggcgt < 2:3324180/149‑1 (MQ=255)
gcAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATttggcgt > 1:4029196/1‑149 (MQ=255)
cAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATttggcgtt < 1:3631494/149‑1 (MQ=255)
cAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATttggcgtt > 1:4225978/1‑149 (MQ=255)
aaCTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATttggcgttggc < 1:3202031/149‑1 (MQ=255)
aaCTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATttggcgttggc < 1:2312270/149‑1 (MQ=255)
aCTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATttggcgttggcg > 1:1729163/1‑149 (MQ=255)
gTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGtt < 1:738689/149‑1 (MQ=255)
cGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGTGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTAc < 2:813008/149‑1 (MQ=255)
ggCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTc > 1:792665/1‑149 (MQ=255)
gAATACCCGCCTGGAAGTGGGTCCCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATGTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGAtg < 2:4197132/149‑1 (MQ=255)
aaTACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGAtgt > 2:2966439/1‑149 (MQ=255)
tACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGc > 2:2251940/1‑149 (MQ=255)
cccGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGcaa < 2:3870724/149‑1 (MQ=255)
cccGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGcaa > 2:3151315/1‑149 (MQ=255)
ccGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGcaac < 1:397490/149‑1 (MQ=255)
gCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGcaacaa < 1:176514/149‑1 (MQ=255)
ccTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAg < 1:3002606/149‑1 (MQ=255)
cTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAgg < 1:3076389/149‑1 (MQ=255)
cTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAgg < 1:2606598/149‑1 (MQ=255)
cTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAgg < 2:4296863/149‑1 (MQ=255)
tGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGt > 2:121250/1‑149 (MQ=255)
tGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGt < 1:2667433/149‑1 (MQ=255)
ggAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTc < 2:913030/149‑1 (MQ=255)
gAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCt < 1:3270602/149‑1 (MQ=255)
gTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCg > 2:2645476/1‑149 (MQ=255)
gTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGtga < 1:2851103/149‑1 (MQ=255)
gTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGtga < 1:4305347/149‑1 (MQ=255)
ttACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGAGTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGtgat > 2:2472026/1‑149 (MQ=255)
tACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGtgatg > 1:2998976/1‑149 (MQ=255)
aCCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGtgatga < 2:4601422/149‑1 (MQ=255)
aCCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGtgatga > 1:1892022/1‑149 (MQ=255)
ccGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATTCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGAc < 2:3554839/149‑1 (MQ=255)
cGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGCTTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGAcc > 2:2859345/1‑149 (MQ=255)
cGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGAcc > 1:567202/1‑149 (MQ=255)
gAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCt < 2:1989677/149‑1 (MQ=255)
gAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCt < 2:3691613/149‑1 (MQ=255)
aaGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCtt > 1:1978990/1‑149 (MQ=255)
aGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTa > 2:4345927/1‑149 (MQ=255)
gCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTaaa < 2:217309/149‑1 (MQ=255)
tGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAActg > 2:3751968/1‑149 (MQ=255)
cATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGTGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGt < 1:1775534/149‑1 (MQ=255)
cATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGTGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGt < 1:1775579/149‑1 (MQ=255)
cATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGt < 2:637396/149‑1 (MQ=255)
cATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGt < 1:1685454/149‑1 (MQ=255)
gATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCgg > 2:1117347/1‑149 (MQ=255)
gATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCgg < 1:2887505/149‑1 (MQ=255)
aTCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGc > 1:2276992/1‑149 (MQ=255)
tCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCt < 1:1396046/149‑1 (MQ=255)
tCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCt < 1:2395707/149‑1 (MQ=255)
tCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCt < 1:2943070/149‑1 (MQ=255)
tCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCt < 1:954406/149‑1 (MQ=255)
aGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTAcc > 2:1077775/1‑149 (MQ=255)
aGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTAcc < 2:2379605/149‑1 (MQ=255)
gCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTAccc > 2:3289567/1‑149 (MQ=255)
cGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCt < 2:4024434/149‑1 (MQ=255)
gACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGa > 2:2453955/1‑149 (MQ=255)
gACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGa < 1:4662206/149‑1 (MQ=255)
aCCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGAc < 2:1679228/149‑1 (MQ=255)
cGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAAc < 2:2729042/149‑1 (MQ=255)
cGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAAc > 1:2686977/1‑149 (MQ=255)
gAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGa > 1:2552065/1‑149 (MQ=255)
gAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGa > 1:1568904/1‑149 (MQ=255)
tGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGc > 1:373149/1‑149 (MQ=255)
tGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGc < 2:3637337/149‑1 (MQ=255)
tGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGc < 1:2147409/149‑1 (MQ=255)
gAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCt > 1:4151701/1‑149 (MQ=255)
aGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCtt < 2:3058883/149‑1 (MQ=255)
aGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCtt > 2:4388142/1‑149 (MQ=255)
gtgtTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTgcag > 2:1346689/1‑149 (MQ=255)
gtTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTgcagca > 1:351054/1‑149 (MQ=255)
gtTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTgcagca > 2:1820219/1‑149 (MQ=255)
ttGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCaa > 1:3558199/1‑149 (MQ=255)
tGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCaaa < 2:3822612/149‑1 (MQ=255)
tGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCaaa < 2:2139855/149‑1 (MQ=255)
aCTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAAtgc < 2:2809792/149‑1 (MQ=255)
ggTGATCCTTGTTGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTAGGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAAtgctgc < 2:1279668/149‑1 (MQ=255)
tGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCa > 2:3179456/1‑149 (MQ=255)
gATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAg > 2:1001231/1‑149 (MQ=255)
tCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGaa < 1:3356677/149‑1 (MQ=255)
tCCTTGATGAATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGaa > 1:273522/1‑149 (MQ=255)
tgatgaATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAgcgc < 1:1625720/149‑1 (MQ=255)
atgaATTTAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCt < 1:864529/149‑1 (MQ=255)
aaTTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTgtc > 1:3128464/1‑149 (MQ=255)
tttCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTgtcgt > 1:2913953/1‑149 (MQ=255)
tttCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTgtcgt > 2:1670322/1‑149 (MQ=255)
tttCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTgtcgt > 1:4630704/1‑149 (MQ=255)
tttAATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTgtcgt > 2:2607349/1‑149 (MQ=255)
|
AGGCGATACCGTTGGCTACCGGATGCGTGCGCAAAACTGCGTCGGGCCGAATACCCGCCTGGAAGTGGTTACCGAAGGCGTGCTGACGCGCATGATCCAGCGTGACCCGGAACTGAGCGGTGTTGGACTGGTGATCCTTGATGAATTTCATGAGCGCAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGT > CP009273/158819‑159112
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
