Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F52 I0 R1
|
779 |
320.1 |
10410758 |
96.6% |
10056792 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
731,316 |
A→T |
6.4% |
T71S (ACA→TCA) |
ybfC → |
putative periplasmic protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 731,316 | 0 | A | T | 6.4%
| 905.3
/ 42.2
| 259 | T71S (ACA→TCA) | ybfC | putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (139/102); new base T (11/6); total (151/108) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.21e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.07e-01 |
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
CGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTTCTCGGCGATCGGTT > CP009273/731168‑731464
|
cGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTa < 1:160517/149‑1 (MQ=255)
cGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTa < 2:1863678/149‑1 (MQ=255)
gAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTAc < 2:4809030/149‑1 (MQ=255)
gAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTAc > 2:2132479/1‑149 (MQ=255)
aaaTACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACa < 1:2872230/149‑1 (MQ=255)
aaTACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACAt > 2:1907075/1‑149 (MQ=255)
aaTACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACAt > 2:596868/1‑149 (MQ=255)
aTACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATg > 1:1917327/1‑149 (MQ=255)
aTACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATg > 1:2711505/1‑149 (MQ=255)
aTACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATg < 1:2533941/149‑1 (MQ=255)
tACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGt > 2:148595/1‑149 (MQ=255)
aGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTaaaa > 1:2980552/1‑149 (MQ=255)
aGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTaaaa > 2:2615366/1‑149 (MQ=255)
aGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTaaaa > 1:4037298/1‑149 (MQ=255)
aaaGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAaataa < 2:5183458/149‑1 (MQ=255)
tCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAAt < 2:5098548/149‑1 (MQ=255)
cATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAAtt > 2:4454478/1‑149 (MQ=255)
cATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAAtt < 1:4408094/149‑1 (MQ=255)
tGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTca < 1:2006589/149‑1 (MQ=255)
tGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTca > 1:16281/1‑149 (MQ=255)
ttttACTATTTTCGCTAAGGGTAATATTTGTTCCGCGTTTACTGTATTAAAAAATAAAGCCATGTGGAGTTGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACAccta < 2:2391587/149‑3 (MQ=255)
tttACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAg > 1:1005633/1‑149 (MQ=255)
aCTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCgg < 2:198795/149‑1 (MQ=255)
aCTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCgg < 2:3447127/149‑1 (MQ=255)
cTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACCTCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCggg < 2:2665196/149‑1 (MQ=255)
cTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCggg > 2:463416/1‑149 (MQ=255)
aTTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGc > 2:630197/1‑149 (MQ=255)
aTTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGc > 1:2919507/1‑149 (MQ=255)
ttttCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCg > 2:1548054/1‑149 (MQ=255)
cTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGActc > 2:1949217/1‑149 (MQ=255)
aaGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCtt < 1:252893/149‑1 (MQ=255)
aaGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCtt > 1:135655/1‑149 (MQ=255)
aaGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCtt > 1:1798414/1‑149 (MQ=255)
aGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTa < 1:3441868/149‑1 (MQ=255)
aGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTa < 2:4510973/149‑1 (MQ=255)
aGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTa > 1:4911132/1‑149 (MQ=255)
gggTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTaa < 1:862222/149‑1 (MQ=255)
gggTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTaa < 1:4279015/149‑1 (MQ=255)
ggTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTTCATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAAt < 1:898185/149‑1 (MQ=255)
tACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTc < 2:1724268/149‑1 (MQ=255)
aTTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTTCATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGt < 2:4130337/149‑1 (MQ=255)
aTTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGt < 1:4811723/149‑1 (MQ=255)
aTTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGt < 2:3937614/149‑1 (MQ=255)
ttttttCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTc > 2:2912293/1‑149 (MQ=255)
tttCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCggg > 2:3603092/1‑149 (MQ=255)
cgcgTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCAc < 1:4674029/149‑1 (MQ=255)
cgcgTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCAc < 2:1311981/149‑1 (MQ=255)
cgcgTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCAc < 2:1263121/149‑1 (MQ=255)
gcgTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTTCATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACt > 1:3531923/1‑149 (MQ=255)
gcgTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACt < 1:1857955/149‑1 (MQ=255)
gcgTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACt < 2:3563427/149‑1 (MQ=255)
gTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTAc > 1:370355/1‑149 (MQ=255)
tCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGcc > 1:649150/1‑149 (MQ=255)
tCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGcc < 1:2952620/149‑1 (MQ=255)
tCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGcc > 1:4844589/1‑149 (MQ=255)
cTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCtt < 2:2839428/149‑1 (MQ=255)
taataaAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGACAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATc > 2:4690156/1‑149 (MQ=255)
aataaAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCa < 1:3191/149‑1 (MQ=255)
aataaAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCa < 1:2279217/149‑1 (MQ=255)
ataaAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCAt < 2:74457/149‑1 (MQ=255)
ataaAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCAt > 1:5035054/1‑149 (MQ=255)
ataaAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCAt > 1:2432849/1‑149 (MQ=255)
aaGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGcc > 2:4169087/1‑149 (MQ=255)
aaGCCATGAGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGcc > 2:2046232/1‑149 (MQ=255)
aGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCa > 1:2666947/1‑149 (MQ=255)
gCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCAt > 2:58226/1‑149 (MQ=255)
gCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCAt > 2:3748723/1‑149 (MQ=255)
ggAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGa < 2:3110679/149‑1 (MQ=255)
ggAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGa < 2:3102298/149‑1 (MQ=255)
gagaTGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGaa > 2:4076622/1‑149 (MQ=255)
agaTGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAAc < 1:1774854/149‑1 (MQ=255)
ggTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTg > 1:4179040/1‑149 (MQ=255)
aTCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAg < 2:4990157/149‑1 (MQ=255)
gAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGt > 2:483703/1‑149 (MQ=255)
gAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGt > 2:2284085/1‑149 (MQ=255)
aaTGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGtt < 1:5143797/149‑1 (MQ=255)
aaTGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGtt < 1:1547684/149‑1 (MQ=255)
aaTGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGtt < 2:120565/149‑1 (MQ=255)
aTGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTTCATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTg > 1:4856135/1‑149 (MQ=255)
gAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGAt > 2:4575263/1‑149 (MQ=255)
aGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATa < 2:2980552/149‑1 (MQ=255)
aGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATa > 1:128182/1‑149 (MQ=255)
aGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATa > 1:128153/1‑149 (MQ=255)
ggACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATaa > 1:3799829/1‑149 (MQ=255)
cATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATa > 1:4651297/1‑149 (MQ=255)
aTCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATAc < 2:2468743/149‑1 (MQ=255)
tCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATAca > 1:4308741/1‑149 (MQ=255)
attGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACg > 1:4545159/1‑149 (MQ=255)
ttGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACgg > 2:3807327/1‑149 (MQ=255)
ttGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACgg > 2:3806854/1‑149 (MQ=255)
cAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGtt < 1:3357016/149‑1 (MQ=255)
aaaCAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGttt > 1:515877/1‑149 (MQ=255)
aaCAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTtc > 2:1764881/1‑149 (MQ=255)
aaCAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTtc < 1:265308/149‑1 (MQ=255)
aCAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTtct > 1:3893908/1‑149 (MQ=255)
aGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTTCTCg > 1:611762/1‑149 (MQ=255)
gAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTTCTCgg > 2:4018267/1‑149 (MQ=255)
tACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTTCTCGGCGATCGGt < 1:1092163/149‑1 (MQ=255)
tACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTTCTCGGCGATCGGt < 2:1090525/149‑1 (MQ=255)
aCATTTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTATTTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTTCTCGGCGATCGGtt < 2:891593/149‑1 (MQ=255)
|
CGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTTCTCGGCGATCGGTT > CP009273/731168‑731464
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
