Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F56 I0 R1
|
543 |
285.0 |
9366284 |
95.7% |
8963533 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
731,316 |
A→T |
7.3% |
T71S (ACA→TCA) |
ybfC → |
putative periplasmic protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 731,316 | 0 | A | T | 7.3%
| 750.9
/ 41.6
| 220 | T71S (ACA→TCA) | ybfC | putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (120/82); new base T (10/6); total (132/88) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.48e-01 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
CGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTTCTCGGCGATCGGTT > CP009273/731168‑731464
|
cGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTa < 1:3968746/149‑1 (MQ=255)
aTACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATg < 2:1466453/149‑1 (MQ=255)
tACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGt < 2:141986/149‑1 (MQ=255)
tACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGt < 2:1454249/149‑1 (MQ=255)
tACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGt > 1:1279487/1‑149 (MQ=255)
aCAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTa > 2:2583025/1‑149 (MQ=255)
aaGCTAAAGATCATGGTTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTaaa > 2:1015817/1‑149 (MQ=255)
gCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTaaaaa < 2:152333/149‑1 (MQ=255)
gCTAAAGATCAGGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTaaaaa < 2:2572685/149‑1 (MQ=255)
aGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAataata < 2:4431409/149‑1 (MQ=255)
aGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAataata < 2:2763862/149‑1 (MQ=255)
aTCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTTCATGTAAAAATAATaaa < 2:4595760/149‑1 (MQ=255)
aTCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATaaa < 2:4301957/149‑1 (MQ=255)
aTCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATaaa > 2:4230762/1‑149 (MQ=255)
aTCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATaaa < 2:3364639/149‑1 (MQ=255)
tCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAAt > 1:3541126/1‑149 (MQ=255)
aTGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATTGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTc > 1:4200458/1‑149 (MQ=255)
aTGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTc > 1:2778729/1‑149 (MQ=255)
tGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTca > 2:3693200/1‑149 (MQ=255)
ttttACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCaa > 2:843005/1‑149 (MQ=255)
tttACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAg < 2:3664126/149‑1 (MQ=255)
ttACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTTCATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGc < 2:2929525/149‑1 (MQ=255)
tACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCg > 1:1137290/1‑149 (MQ=255)
aCTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCgg > 1:1914916/1‑149 (MQ=255)
cTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCggg > 1:2514074/1‑149 (MQ=255)
cTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCggg < 2:2375829/149‑1 (MQ=255)
tATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCgggg > 1:1535121/1‑149 (MQ=255)
aTTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGc > 1:1200144/1‑149 (MQ=255)
ttttCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCg < 2:2691695/149‑1 (MQ=255)
ttttCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCg > 2:2492634/1‑149 (MQ=255)
ttttCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCg > 2:484604/1‑149 (MQ=255)
ttCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCgag > 1:3342134/1‑149 (MQ=255)
cTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGActc < 1:2449233/149‑1 (MQ=255)
tAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTTCATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGActct > 2:2271123/1‑149 (MQ=255)
aaGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTTCATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCtt > 2:2917072/1‑149 (MQ=255)
aaGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTTCATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCtt > 2:877322/1‑149 (MQ=255)
aaGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCtt > 1:1506910/1‑149 (MQ=255)
gggTACTATTTTGTCCGCGTGTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTaa < 2:1284452/149‑1 (MQ=255)
aTTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTTCATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGt < 1:2917072/149‑1 (MQ=255)
aTTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGt > 1:105499/1‑149 (MQ=255)
aTTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGt > 1:327719/1‑149 (MQ=255)
tttttCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCg < 2:578633/149‑1 (MQ=255)
tttCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCggg > 1:2397326/1‑149 (MQ=255)
ccGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCa > 2:3125807/1‑149 (MQ=255)
gcgTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTTCATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACt < 2:2716876/149‑1 (MQ=255)
gcgTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACt > 2:359734/1‑149 (MQ=255)
cgTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTa < 1:1009971/149‑1 (MQ=255)
cgTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTa < 2:738558/149‑1 (MQ=255)
gTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTAc < 2:1325743/149‑1 (MQ=255)
gTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTAc > 2:2022690/1‑149 (MQ=255)
gTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTAc > 2:159562/1‑149 (MQ=255)
gTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTAc > 2:159505/1‑149 (MQ=255)
tttCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTTCATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACg > 2:1607978/1‑149 (MQ=255)
ttCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGc > 1:732280/1‑149 (MQ=255)
ttCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGc > 2:2406259/1‑149 (MQ=255)
ccTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCt > 1:4314054/1‑149 (MQ=255)
cTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCtt > 2:2847694/1‑149 (MQ=255)
gTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTaa > 1:1158725/1‑149 (MQ=255)
tattAAATAATAAAGCAATGTGGAGATGGTATCATAATGAGGACATCGGTGATTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAAt < 2:2247831/147‑1 (MQ=255)
tAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGaa > 2:1492482/1‑149 (MQ=255)
ataataAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAAt > 2:2133922/1‑149 (MQ=255)
aaaGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGc > 1:213173/1‑149 (MQ=255)
aaGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGcc > 2:592166/1‑149 (MQ=255)
aGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCa > 1:661550/1‑149 (MQ=255)
gagaTGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGaa < 1:894903/149‑1 (MQ=255)
aTGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGt < 2:1092870/149‑1 (MQ=255)
aTGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGt > 1:2281806/1‑149 (MQ=255)
aTGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGt < 1:2751324/149‑1 (MQ=255)
tGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTTCATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGtt > 1:1640313/1‑149 (MQ=255)
tGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGtt > 1:1721808/1‑149 (MQ=255)
gAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGt > 1:962891/1‑149 (MQ=255)
aaTGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGtt > 2:794931/1‑149 (MQ=255)
aaTGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGtt < 2:3342134/149‑1 (MQ=255)
tGAGTACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACATAACTGGTTACTTGTAAAAATAATAAATTCACACCAATCTGGGAGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATAATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGa < 1:3805404/149‑1 (MQ=255)
tGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGa > 2:1870990/1‑149 (MQ=255)
aGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATa > 2:4063214/1‑149 (MQ=255)
aCATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAAt < 1:2118865/149‑1 (MQ=255)
aCATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACAAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAAt < 1:1875337/149‑1 (MQ=255)
ggTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTTCATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATAcagc > 1:1368788/1‑149 (MQ=255)
gTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATAcagca < 1:767544/149‑1 (MQ=255)
gTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATAcagca > 1:1299492/1‑149 (MQ=255)
tGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATAcagcag > 2:65569/1‑149 (MQ=255)
attattGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGaaaaa < 1:4645136/149‑1 (MQ=255)
ttattGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGaaaaaa < 2:1569797/149‑1 (MQ=255)
ttattGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGaaaaaa > 2:2004610/1‑149 (MQ=255)
tattGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAAc < 2:105499/149‑1 (MQ=255)
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gAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTTCTCgg > 1:879148/1‑149 (MQ=255)
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aCATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTTCTCGGCGATCGGtt < 2:1794174/149‑1 (MQ=255)
|
CGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTTCTCGGCGATCGGTT > CP009273/731168‑731464
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
