Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F52 I0 R1
|
779 |
320.1 |
10410758 |
96.6% |
10056792 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,837,177 |
C→T |
24.9% |
intergenic (‑28/‑147) |
yicO ← / → ade |
putative adenine permease/cryptic adenine deaminase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,837,177 | 0 | C | T | 24.9%
| 696.0
/ 241.3
| 332 | intergenic (‑28/‑147) | yicO/ade | putative adenine permease/cryptic adenine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (106/143); new base T (38/44); total (145/187) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
AAAAAGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAAATAATAATCAAATTGATAAAATCAAAATGAGAAAAATAT > CP009273/3837029‑3837325
|
aaaaaGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATc < 2:1502989/149‑1 (MQ=255)
aaaaaGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATc < 2:2041076/149‑1 (MQ=255)
aaaaGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATcc < 2:1149527/149‑1 (MQ=255)
tGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCTTGc > 2:1100727/1‑149 (MQ=255)
ggTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCAGTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCt > 2:2419786/1‑149 (MQ=255)
gacATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCtt < 1:2865552/147‑1 (MQ=255)
gTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCtt > 1:696475/1‑149 (MQ=255)
aatcaatTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACaa < 2:376926/149‑1 (MQ=255)
atcaatTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACaaa > 1:5201753/1‑149 (MQ=255)
atcaatTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACaaa > 1:3844977/1‑149 (MQ=255)
atTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGac > 1:1062306/1‑149 (MQ=255)
ttCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGaca < 2:2357564/149‑1 (MQ=255)
cTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGacaac > 1:5006252/1‑149 (MQ=255)
cTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGacaac > 2:1557982/1‑149 (MQ=255)
gtgCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGAcaacaa < 1:4479577/149‑1 (MQ=255)
ggACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGt < 1:5124907/149‑1 (MQ=255)
gACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGtt > 2:3323025/1‑149 (MQ=255)
cGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCa < 2:3109965/149‑1 (MQ=255)
cGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCa < 2:4540040/149‑1 (MQ=255)
gtCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGAt < 2:3677131/149‑1 (MQ=255)
tCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATa > 2:4800186/1‑149 (MQ=255)
tCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATa > 1:2426473/1‑149 (MQ=255)
cccATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATaa > 1:1625700/1‑149 (MQ=255)
aTGCTGAGGGAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTa < 2:2804535/149‑1 (MQ=255)
tGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATcac > 2:1940095/1‑149 (MQ=255)
gAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATcaca > 2:1203128/1‑149 (MQ=255)
gAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATcaca < 2:2830789/149‑1 (MQ=255)
gAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGACCCTGATACATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATAATcaca > 2:568849/1‑149 (MQ=255)
aGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACAt < 1:2507406/149‑1 (MQ=255)
ggTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACAtt < 2:5053519/149‑1 (MQ=255)
gTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACAttt > 2:4199277/1‑149 (MQ=255)
gTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACAttt < 2:1753002/149‑1 (MQ=255)
gTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACAttt < 2:689331/149‑1 (MQ=255)
tAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTc > 2:1739953/1‑149 (MQ=255)
tttAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAAt < 2:905384/149‑1 (MQ=255)
tttAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAAt < 1:3157626/149‑1 (MQ=255)
ttAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAAtt < 1:2970550/149‑1 (MQ=255)
taatCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGcaca < 1:167272/149‑1 (MQ=255)
atCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACAtt < 2:3992515/149‑1 (MQ=255)
atCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACAtt < 1:2698638/149‑1 (MQ=255)
atCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACAtt > 2:1714024/1‑149 (MQ=255)
gcgAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAAt < 2:1791336/149‑1 (MQ=255)
aaGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGat < 2:4929469/149‑1 (MQ=255)
aaGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGat < 1:667277/149‑1 (MQ=255)
aaGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGat > 1:3540805/1‑149 (MQ=255)
aGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGata > 1:2797976/1‑149 (MQ=255)
gTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTc > 2:2508208/1‑149 (MQ=255)
cccTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCtt < 1:4864961/149‑1 (MQ=255)
cccTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCtt < 1:1870580/149‑1 (MQ=255)
cccTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAAGTCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAAGTGCACATTAATGGATATTCtt < 2:433996/149‑1 (MQ=255)
ccTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCttt > 2:2559285/1‑149 (MQ=255)
cTGATTCATTACTCACGTAATCGGTTTTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTta < 1:4740427/149‑1 (MQ=255)
tGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTtaa > 1:1342561/1‑149 (MQ=255)
cATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAAtc > 2:5009632/1‑149 (MQ=255)
aTTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAAtct > 2:1337013/1‑149 (MQ=255)
tCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGa < 2:4251504/149‑1 (MQ=255)
cACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGAc < 2:2677057/149‑1 (MQ=255)
cACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGAc < 1:578112/149‑1 (MQ=255)
cGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGt < 1:992645/149‑1 (MQ=255)
cGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGt < 1:4105333/149‑1 (MQ=255)
tAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGttt < 1:2577272/149‑1 (MQ=255)
aaTCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTc < 1:4470503/149‑1 (MQ=255)
aTCGTTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCt < 2:4957885/149‑1 (MQ=255)
aTCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCt < 2:4467907/149‑1 (MQ=255)
cGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCttt < 1:3958755/149‑1 (MQ=255)
cGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCttt < 1:1100727/149‑1 (MQ=255)
ggTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTa < 1:4645514/149‑1 (MQ=255)
tATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATg < 1:3577021/149‑1 (MQ=255)
tATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATg > 1:1178548/1‑149 (MQ=255)
tATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATg > 1:1373229/1‑149 (MQ=255)
aTTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGa < 2:2139086/149‑1 (MQ=255)
aTTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGa < 1:337340/149‑1 (MQ=255)
tGTCATTATTCATTTCTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGata > 2:2897214/1‑149 (MQ=255)
cATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGataaat < 2:3482739/149‑1 (MQ=255)
ttattCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGataaataa > 1:731422/1‑149 (MQ=255)
tCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAaataataat > 2:5173417/1‑149 (MQ=255)
ttttttGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAAATAATAATCaaa < 2:812736/149‑1 (MQ=255)
ttttttGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAAATAATAATCaaa < 1:301414/149‑1 (MQ=255)
ttttttGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAAATAATAATCaaa < 2:2369840/149‑1 (MQ=255)
tttttGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAAATAATAATCAAAt > 1:3323225/1‑149 (MQ=255)
ttttGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAAATAATAATCAAAtt < 1:1145587/149‑1 (MQ=255)
gTCCATTGGAGGATATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAAATAATAATCAAATTGATa < 1:1997721/149‑1 (MQ=255)
ccATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAAATAATAATCAAATTGATaaa > 1:1067988/1‑149 (MQ=255)
aTTGGAGGAGATTTAATTCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAAATAATAATCAAATTGATAAAAt < 1:2146029/149‑1 (MQ=255)
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AAAAAGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAAATAATAATCAAATTGATAAAATCAAAATGAGAAAAATAT > CP009273/3837029‑3837325
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
