Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
730,891 |
G→T |
100% |
pseudogene (1303/1521 nt) |
rhsO → |
pseudogene, Rhs family protein |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 730,891 | 0 | G | T | 97.1%
| 783.6
/ 11.5
| 253 | pseudogene (1303/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/6); new base T (130/115); total (132/121) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
ACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGCCAGCAA > CP009273/730746‑731035
|
aCAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGgattat > 2:1207185/1‑148 (MQ=255)
aaTTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTc > 2:688692/1‑148 (MQ=255)
aaTTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTc > 2:1868563/1‑148 (MQ=255)
aaTTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAAGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTc > 2:69811/1‑148 (MQ=255)
aTTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTcc < 2:3435637/148‑1 (MQ=255)
aTTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTcc < 1:410446/148‑1 (MQ=255)
ttAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTccc > 2:612504/1‑148 (MQ=255)
aGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGt > 2:3539927/1‑148 (MQ=255)
atatCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAggg < 2:1108796/148‑1 (MQ=255)
atatCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGATTCCCAGTATCCAggg < 2:2759819/148‑1 (MQ=255)
atCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggat > 2:3228877/1‑148 (MQ=255)
atCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggat > 1:1738714/1‑148 (MQ=255)
tCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggatg > 2:3318283/1‑148 (MQ=255)
tCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggatg < 1:3166544/148‑1 (MQ=255)
ccTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCCAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggatgg < 1:1173420/148‑1 (MQ=255)
ccTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggatgg < 1:3506700/148‑1 (MQ=255)
cTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAACACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTTCGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggatgga < 2:1627260/148‑1 (MQ=255)
cTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggatgga < 2:3013565/148‑1 (MQ=255)
cTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggatgga < 2:264189/148‑1 (MQ=255)
tATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggatggat < 2:2062697/148‑1 (MQ=255)
aTTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATa > 1:3030668/1‑148 (MQ=255)
ttGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATAc > 1:1719836/1‑148 (MQ=255)
gACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACaa < 1:1397775/148‑1 (MQ=255)
gACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACaa < 2:904509/148‑1 (MQ=255)
aCCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCTCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACaaa > 2:980127/1‑148 (MQ=255)
aCCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACaaa > 2:2174808/1‑148 (MQ=255)
aCCAGGCCAGTAGTGCGCCT‑ATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAg > 2:2564571/1‑148 (MQ=255)
ccAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCAAGGGATGGATACAAAg > 1:1121823/1‑148 (MQ=255)
cAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGa < 2:201276/148‑1 (MQ=255)
cAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGGATCCAGGGATGGATACAAAGa < 2:1292258/148‑1 (MQ=255)
ggCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACa > 2:2639057/1‑148 (MQ=255)
ggCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACa > 2:1443745/1‑148 (MQ=255)
ggCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACa > 2:3207296/1‑148 (MQ=255)
ggCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACa > 2:3402655/1‑148 (MQ=255)
ggCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACa > 2:377365/1‑148 (MQ=255)
gCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAg > 1:215442/1‑148 (MQ=255)
gCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAg > 2:2192783/1‑148 (MQ=255)
gCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAg > 2:1664198/1‑148 (MQ=255)
gtagtGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGATTCCCAGTATACAGGGATGGATACAAAGACAGCAAg > 1:2940327/1‑148 (MQ=255)
tagtGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGt > 1:3296468/1‑148 (MQ=255)
gtGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGa > 2:1055975/1‑148 (MQ=255)
tAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTg > 1:1139914/1‑148 (MQ=255)
tAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTg < 1:1400260/148‑1 (MQ=255)
gTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCcac > 2:402094/1‑148 (MQ=255)
gTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCcac < 2:1947311/148‑1 (MQ=255)
tttCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAg > 1:1078336/1‑148 (MQ=255)
aaaaCATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACaa < 2:3170649/148‑1 (MQ=255)
aaCATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAAt > 2:1921536/1‑148 (MQ=255)
aCATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAAtt > 1:1901158/1‑148 (MQ=255)
aTTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTgg < 1:338722/148‑1 (MQ=255)
cttcAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCca < 1:2181349/148‑1 (MQ=255)
cttcAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCca > 2:2538356/1‑148 (MQ=255)
cATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCa < 2:608123/148‑1 (MQ=255)
aTTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCaa < 1:2998879/148‑1 (MQ=255)
aTTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCaa > 1:2006001/1‑148 (MQ=255)
aTTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCaa < 2:1604232/148‑1 (MQ=255)
tAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAAtt > 1:2694652/1‑148 (MQ=255)
tAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAAtt < 2:1553260/148‑1 (MQ=255)
aGCCATTACGACTACACACTGTATTGAAGGAAGTTGGTAAAACCAATTCTGATTTGTACGCCACAGGATTATTCACAGTTTCCTGGGATGGATACATAGACAGCATGTGATTAACTGCCACTGAAAATTTGGACAACAACTATATTac < 2:857901/148‑1 (MQ=255)
gCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTacc < 1:2325762/148‑1 (MQ=255)
cccTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTacca < 2:2037361/148‑1 (MQ=255)
cTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTaccacc < 1:2615138/148‑1 (MQ=255)
ttACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTAccacca < 1:1572946/148‑1 (MQ=255)
ttACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTAccacca < 2:3494977/148‑1 (MQ=255)
tACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCACTTACCACCAg > 2:2330641/1‑148 (MQ=255)
tACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAg > 1:71938/1‑148 (MQ=255)
tACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAg > 2:2809523/1‑148 (MQ=255)
cGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGa > 2:2939578/1‑148 (MQ=255)
gACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGat < 1:2783148/148‑1 (MQ=255)
cTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGatat < 2:520313/148‑1 (MQ=255)
tACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGAtata > 1:2102707/1‑148 (MQ=255)
acacacTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATAc < 1:1317543/148‑1 (MQ=255)
acTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTtgt > 1:3525441/1‑148 (MQ=255)
gTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCa > 1:1944289/1‑148 (MQ=255)
gCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAAcc < 1:1019573/148‑1 (MQ=255)
gCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAAcc < 1:330785/148‑1 (MQ=255)
ggAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCta < 1:2856159/148‑1 (MQ=255)
aGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCtattt > 2:3049130/1‑148 (MQ=255)
gTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCtattta < 2:2740841/148‑1 (MQ=255)
ggTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTc > 2:174476/1‑148 (MQ=255)
gTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTcc < 1:2636585/148‑1 (MQ=255)
tAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTccc < 2:101599/148‑1 (MQ=255)
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aCCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGAc > 1:3241655/1‑148 (MQ=255)
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CTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAG > SRR19973067.72772/1‑150 (MQ=60)
CTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAG < SRR19973067.2632107/150‑1 (MQ=60)
TTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGG < SRR19973067.1583826/150‑1 (MQ=60)
TTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGG < SRR19973067.1583708/150‑1 (MQ=60)
ACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGAT > SRR19973067.2500293/1‑150 (MQ=60)
GACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATAT < SRR19973067.2801112/150‑1 (MQ=60)
ACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATA < SRR19973067.3066858/150‑1 (MQ=60)
ACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATA > SRR19973067.2116658/1‑150 (MQ=60)
CTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATAC > SRR19973067.1134841/1‑150 (MQ=60)
TACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACT < SRR19973067.672771/150‑1 (MQ=60)
ACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTT < SRR19973067.1326538/150‑1 (MQ=60)
ACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTT < SRR19973067.1326419/150‑1 (MQ=60)
CACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTG > SRR19973067.1960732/1‑150 (MQ=60)
CACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTG > SRR19973067.1382062/1‑150 (MQ=60)
CACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTG > SRR19973067.1561055/1‑150 (MQ=60)
ACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGT > SRR19973067.3547743/1‑150 (MQ=60)
CTCTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTG < SRR19973067.3557071/150‑1 (MQ=60)
CACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTG < SRR19973067.1354874/150‑1 (MQ=60)
ACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGC < SRR19973067.2968279/150‑1 (MQ=60)
CTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCA > SRR19973067.1957546/1‑150 (MQ=60)
CTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCA < SRR19973067.1675671/150‑1 (MQ=60)
CTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCA < SRR19973067.1672941/150‑1 (MQ=60)
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GCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCT < SRR19973067.1026573/150‑1 (MQ=60)
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CAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTA < SRR19973067.2090150/150‑1 (MQ=60)
AGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTAT < SRR19973067.3303871/150‑1 (MQ=60)
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GAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTT < SRR19973067.1152386/150‑1 (MQ=60)
TGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTC < SRR19973067.3522636/150‑1 (MQ=60)
GGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCC < SRR19973067.3243709/150‑1 (MQ=60)
GTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCA < SRR19973067.2653642/150‑1 (MQ=60)
TAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACACATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAG > SRR19973067.2641372/1‑150 (MQ=60)
AAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGAC > SRR19973067.851893/1‑150 (MQ=60)
AAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGAC > SRR19973067.3261972/1‑150 (MQ=60)
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AACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACA > SRR19973067.1615013/1‑150 (MQ=60)
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ACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACAT < SRR19973067.3296762/150‑1 (MQ=60)
CAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTA > SRR19973067.568081/1‑150 (MQ=60)
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CTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAA > SRR19973067.2076785/1‑150 (MQ=60)
TGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAAC > SRR19973067.3199111/1‑150 (MQ=60)
TGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAAC < SRR19973067.1360532/150‑1 (MQ=60)
ACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCC > SRR19973067.2049816/1‑150 (MQ=60)
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CGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGC > SRR19973067.3302158/1‑150 (MQ=60)
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CCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGCCA < SRR19973067.2585349/150‑1 (MQ=60)
CAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGCCAACA > SRR19973067.734893/1‑150 (MQ=60)
GGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGCCAGCAAC > SRR19973067.604392/1‑150 (MQ=60)
GATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGCCAGCAACA < SRR19973067.3563461/150‑1 (MQ=60)
TATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGCCAGCAACAGCA < SRR19973067.16188/150‑1 (MQ=60)
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GAAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGCCAGCAACAGCA > CP009273/730743‑731040
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |