Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
730,891 |
G→T |
100% |
pseudogene (1303/1521 nt) |
rhsO → |
pseudogene, Rhs family protein |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 730,891 | 0 | G | T | 96.4%
| 760.8
/ 16.8
| 251 | pseudogene (1303/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/3); new base T (129/113); total (135/116) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
ACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGCCAGCA > CP009273/730746‑731034
|
aCAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGgattat > 1:2046922/1‑148 (MQ=255)
aCAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGgattat > 1:3165318/1‑148 (MQ=255)
aaTTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTc < 1:2034671/148‑1 (MQ=255)
aaTTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTc < 1:1132661/148‑1 (MQ=255)
aTTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTcc > 1:2139788/1‑148 (MQ=255)
ttAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTccc > 2:95917/1‑148 (MQ=255)
gACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTa < 1:1046380/148‑1 (MQ=255)
aCTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTAt > 1:1759004/1‑148 (MQ=255)
atatCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAggg < 2:2957049/148‑1 (MQ=255)
atatCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAggg < 2:1825967/148‑1 (MQ=255)
cTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggatgga < 2:3366222/148‑1 (MQ=255)
tATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggatggat < 2:2388629/148‑1 (MQ=255)
aTTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGATTCCCAGTATCCAGGGATGGATa > 1:1875116/1‑148 (MQ=255)
ttGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACCGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATAc < 2:1539114/148‑1 (MQ=255)
cAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGa < 2:3082435/148‑1 (MQ=255)
cAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGa < 2:3184519/148‑1 (MQ=255)
cAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGa < 1:2966143/148‑1 (MQ=255)
cAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGa < 1:2965733/148‑1 (MQ=255)
cAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGa < 1:1152632/148‑1 (MQ=255)
aGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGAc < 2:2567008/148‑1 (MQ=255)
ggCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCAAGGGATGGATACAAAGACa > 2:399905/1‑148 (MQ=255)
gCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAg > 1:2638199/1‑148 (MQ=255)
gCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAg > 1:3010422/1‑148 (MQ=255)
ccAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGc < 2:1637429/148‑1 (MQ=255)
agtagtGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCaa < 2:527402/148‑1 (MQ=255)
gtagtGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAg < 1:2308708/148‑1 (MQ=255)
gtagtGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAg > 1:2356225/1‑148 (MQ=255)
gtagtGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAg > 1:1477461/1‑148 (MQ=255)
tagtGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGt > 1:604603/1‑148 (MQ=255)
gtGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGa > 1:1206427/1‑148 (MQ=255)
gcgcCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGAtt > 1:2713188/1‑148 (MQ=255)
cgcCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTa > 1:1285416/1‑148 (MQ=255)
gcCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTAc < 2:450573/148‑1 (MQ=255)
aTGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGcc > 2:2753054/1‑148 (MQ=255)
aTGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGcc > 1:1485316/1‑148 (MQ=255)
tttCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAg > 1:347973/1‑148 (MQ=255)
tttCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTAAACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAg > 1:2729360/1‑148 (MQ=255)
ttCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGa < 1:3244295/148‑1 (MQ=255)
cAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACa < 1:545697/148‑1 (MQ=255)
aaaaCATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACaa < 2:2798480/148‑1 (MQ=255)
aaCATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAAt < 2:1172995/148‑1 (MQ=255)
aTTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTgg < 1:949436/148‑1 (MQ=255)
ttcttcAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACACATTGGc > 1:1385562/1‑148 (MQ=255)
ttcAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCcaa < 1:482504/148‑1 (MQ=255)
tcAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCcaac > 2:758789/1‑148 (MQ=255)
agagCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCcaacaa < 1:73352/148‑1 (MQ=255)
agCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACt > 1:2001219/1‑148 (MQ=255)
agCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACt > 2:839549/1‑148 (MQ=255)
agCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACt < 2:293302/148‑1 (MQ=255)
aaGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTa < 1:2165578/148‑1 (MQ=255)
aGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTac > 1:2581585/1‑148 (MQ=255)
aCGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACATGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAgg < 2:2123418/148‑1 (MQ=255)
cGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGa > 1:1359319/1‑148 (MQ=255)
cGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGa < 2:1455318/148‑1 (MQ=255)
cGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGa > 1:2511845/1‑148 (MQ=255)
cTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGatat < 1:885179/148‑1 (MQ=255)
tACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGAtata < 2:3481982/148‑1 (MQ=255)
tACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGAtata > 2:3360405/1‑148 (MQ=255)
acacacTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATAc < 2:1159875/148‑1 (MQ=255)
cacTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTtg > 1:19262/1‑148 (MQ=255)
cacTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTtg > 1:1376818/1‑148 (MQ=255)
cTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTtgtg > 1:2871682/1‑148 (MQ=255)
tGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGc < 1:2299356/148‑1 (MQ=255)
gTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCa > 1:845431/1‑148 (MQ=255)
aTTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGa < 2:253475/148‑1 (MQ=255)
ggAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCta > 1:3198610/1‑148 (MQ=255)
gAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACTGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCtat < 2:107101/148‑1 (MQ=255)
gAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCtat > 1:1076990/1‑148 (MQ=255)
gAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCtat < 2:1852678/148‑1 (MQ=255)
gAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCtat > 1:3541564/1‑148 (MQ=255)
tGGGTAAAACCAACTCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCtatttat < 2:2215832/148‑1 (MQ=255)
tGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAAGTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCtatttat > 2:1430308/1‑148 (MQ=255)
ggTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTc < 1:1689596/148‑1 (MQ=255)
ggTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTc > 2:1092393/1‑148 (MQ=255)
gTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTcc < 2:3500553/148‑1 (MQ=255)
aaaaCCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTcaca > 1:390100/1‑148 (MQ=255)
aaaaCCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCa > 1:390561/1‑148 (MQ=255)
aaCCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGa > 2:2640504/1‑148 (MQ=255)
aCCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGAc > 2:2075885/1‑148 (MQ=255)
cAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACAt < 2:1133172/148‑1 (MQ=255)
cAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACAt > 1:3257959/1‑148 (MQ=255)
aaaTCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACAtt > 2:1965261/1‑148 (MQ=255)
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aTCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATtaa > 2:3316977/1‑148 (MQ=255)
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CTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACACATTGGCCAAC > SRR19973066.2044796/1‑150 (MQ=60)
TTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACA < SRR19973066.486127/150‑1 (MQ=60)
CAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAAC > SRR19973066.1792908/1‑150 (MQ=60)
AGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACT > SRR19973066.1319944/1‑150 (MQ=60)
AGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACT < SRR19973066.1256144/150‑1 (MQ=60)
AGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACT > SRR19973066.3228414/1‑150 (MQ=60)
AGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACT < SRR19973066.74221/150‑1 (MQ=60)
AGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACT > SRR19973066.2015278/1‑150 (MQ=60)
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ATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATT > SRR19973066.2336982/1‑150 (MQ=60)
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TTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTA > SRR19973066.2185871/1‑150 (MQ=60)
TAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTAC > SRR19973066.2599087/1‑150 (MQ=60)
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AAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACC < SRR19973066.2478707/150‑1 (MQ=60)
GCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCAC < SRR19973066.912570/150‑1 (MQ=60)
TTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGG < SRR19973066.1618634/150‑1 (MQ=60)
TACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGA > SRR19973066.1369155/1‑150 (MQ=60)
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CTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATAC > SRR19973066.2106064/1‑150 (MQ=60)
CTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATAC < SRR19973066.891443/150‑1 (MQ=60)
CTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATAC < SRR19973066.891472/150‑1 (MQ=60)
TACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACT < SRR19973066.768470/150‑1 (MQ=60)
CACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTG > SRR19973066.1386778/1‑150 (MQ=60)
CACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTG > SRR19973066.1386779/1‑150 (MQ=60)
CACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTG > SRR19973066.19554/1‑150 (MQ=60)
CACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTG > SRR19973066.1388135/1‑150 (MQ=60)
CACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTG > SRR19973066.2890941/1‑150 (MQ=60)
ACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGC > SRR19973066.2943018/1‑150 (MQ=60)
CTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCA > SRR19973066.851564/1‑150 (MQ=60)
TGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAG < SRR19973066.2315116/150‑1 (MQ=60)
ATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAAC > SRR19973066.1307118/1‑150 (MQ=60)
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GTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCACA > SRR19973066.393178/1‑150 (MQ=60)
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CCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATT < SRR19973066.2603382/150‑1 (MQ=60)
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AATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAAT > SRR19973066.248146/1‑150 (MQ=60)
ATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATA < SRR19973066.2842089/150‑1 (MQ=60)
ATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATA < SRR19973066.1395278/150‑1 (MQ=60)
TCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAA < SRR19973066.1860403/150‑1 (MQ=60)
TGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAAC < SRR19973066.110092/150‑1 (MQ=60)
TGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAAC < SRR19973066.110117/150‑1 (MQ=60)
GACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACC < SRR19973066.3265548/150‑1 (MQ=60)
CTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACACATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCG > SRR19973066.577526/1‑150 (MQ=60)
TGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGAT < SRR19973066.2977467/150‑1 (MQ=60)
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CAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGCCAGCA < SRR19973066.313381/150‑1 (MQ=60)
TTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGCCAGCAACAGC > SRR19973066.1863183/1‑150 (MQ=60)
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CGAAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGCCAGCAACAGC > CP009273/730742‑731039
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |