Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,415,702 |
T→A |
7.8% |
L340Q (CTG→CAG) |
yhdY → |
putative amino‑acid transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,415,702 | 0 | T | A | 7.8%
| 663.9
/ 35.0
| 214 | L340Q (CTG→CAG) | yhdY | putative amino‑acid transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (113/84); new base A (11/6); total (124/90) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
GCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACGTCA > CP009273/3415556‑3415849
|
gCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTg < 1:1073771/148‑1 (MQ=255)
cTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGa < 1:3435969/148‑1 (MQ=255)
cTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGa > 2:2810892/1‑148 (MQ=255)
tGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGAt < 2:2328379/148‑1 (MQ=255)
ggTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAAACGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATc > 2:2462036/1‑148 (MQ=255)
gTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCt > 1:1719018/1‑148 (MQ=255)
gTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCt > 2:371065/1‑148 (MQ=255)
tAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTa > 2:2381836/1‑148 (MQ=255)
aaaTACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTAc < 2:2095496/148‑1 (MQ=255)
aaaTACCATCAACGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTAGTTCGATCTATTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGATGATCCCGCCTGGATCGGAATGACGACGGAAGGGTATGTTATCTCCGCGCAGATCTAc > 2:1454821/1‑148 (MQ=255)
ccATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAt > 1:1071395/1‑148 (MQ=255)
ccATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAt < 1:641117/148‑1 (MQ=255)
catcGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAtcttc > 1:2813674/1‑148 (MQ=255)
tcGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTg > 2:3256131/1‑148 (MQ=255)
gCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGtt < 1:1706908/148‑1 (MQ=255)
aCTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTc > 1:2628344/1‑148 (MQ=255)
ctctTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCa > 2:799810/1‑148 (MQ=255)
ctctTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCa < 2:3456706/148‑1 (MQ=255)
ctTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGc > 1:2756038/1‑148 (MQ=255)
aaaGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGt > 1:100594/1‑148 (MQ=255)
aaGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTc > 1:1785129/1‑148 (MQ=255)
aGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTcg > 1:3157929/1‑148 (MQ=255)
ccAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCta > 1:2466270/1‑148 (MQ=255)
ccAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCta > 1:2466518/1‑148 (MQ=255)
cAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCtat < 1:398669/148‑1 (MQ=255)
cAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCtat < 1:2189476/148‑1 (MQ=255)
cAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCtat > 2:3254754/1‑148 (MQ=255)
ccTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGc < 2:414319/148‑1 (MQ=255)
tGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCa > 1:544615/1‑148 (MQ=255)
tGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTa < 2:3522080/148‑1 (MQ=255)
gATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTAt > 1:3444906/1‑148 (MQ=255)
gATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTAt > 1:493190/1‑148 (MQ=255)
aTCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATc > 2:3113249/1‑148 (MQ=255)
tCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCt > 2:1901069/1‑148 (MQ=255)
tCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCt > 2:2629206/1‑148 (MQ=255)
tCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCt < 1:1505041/148‑1 (MQ=255)
cATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTg > 2:2234244/1‑148 (MQ=255)
tATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGaa > 1:3475235/1‑148 (MQ=255)
tgttCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGttt < 2:1662688/148‑1 (MQ=255)
ttCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTa > 1:2131160/1‑148 (MQ=255)
tCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTaa > 2:1880034/1‑148 (MQ=255)
tCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTaa < 1:469913/148‑1 (MQ=255)
aTCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAacac > 1:428190/1‑148 (MQ=255)
tCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACAcc > 1:1399773/1‑148 (MQ=255)
tCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACAcc < 1:2546313/148‑1 (MQ=255)
tCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACAcc < 1:2546678/148‑1 (MQ=255)
ttttCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCgg > 1:1309405/1‑148 (MQ=255)
tttCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCggg > 2:832883/1‑148 (MQ=255)
cAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAATCGTTTTAACACCGGGCGt > 1:604752/1‑148 (MQ=255)
aGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTa < 1:2047163/148‑1 (MQ=255)
gTAGAGTTCAGCAGGCTACCGTTGATCGCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTac < 1:1454821/148‑1 (MQ=255)
tAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTaca > 1:1594827/1‑148 (MQ=255)
tAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTaca > 2:11752/1‑148 (MQ=255)
tAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTaca < 1:799810/148‑1 (MQ=255)
gTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGc < 2:1790369/148‑1 (MQ=255)
ttCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCa > 2:615178/1‑148 (MQ=255)
agcagGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTg < 1:1664202/148‑1 (MQ=255)
ggCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGa < 2:1558201/148‑1 (MQ=255)
gCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGac > 2:967895/1‑148 (MQ=255)
aaCCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGacac < 1:2810555/148‑1 (MQ=255)
aCCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACt > 2:2838094/1‑148 (MQ=255)
ccGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTa > 2:1738071/1‑148 (MQ=255)
gTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATg > 2:3326316/1‑148 (MQ=255)
tGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAg > 2:3144651/1‑148 (MQ=255)
ccTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAAttt > 2:1619539/1‑148 (MQ=255)
cTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAAtttt > 1:3084067/1‑148 (MQ=255)
tGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTa < 2:2228802/148‑1 (MQ=255)
ggTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTAc > 2:13937/1‑148 (MQ=255)
gTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACt > 2:2606081/1‑148 (MQ=255)
tGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGc > 1:2364635/1‑148 (MQ=255)
gggTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCa < 2:513507/148‑1 (MQ=255)
gTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAAc < 2:1257805/148‑1 (MQ=255)
gTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGc > 2:922373/1‑148 (MQ=255)
cGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTa < 2:1535404/148‑1 (MQ=255)
gACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTaa < 1:3393848/148‑1 (MQ=255)
gACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTaa < 1:30562/148‑1 (MQ=255)
gACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTaa < 1:3326316/148‑1 (MQ=255)
aCGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAAc > 1:2502764/1‑148 (MQ=255)
aaGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCga < 1:852161/148‑1 (MQ=255)
aGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCgat < 2:73290/148‑1 (MQ=255)
gggTCTGTGTTCGCCGCGCTGCTCGACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGACAACCGTTGTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCgatg < 2:2999958/148‑1 (MQ=255)
gggTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCgatg < 2:745412/148‑1 (MQ=255)
ggTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCgatga < 1:3256131/148‑1 (MQ=255)
ggTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCgatga < 1:1922319/148‑1 (MQ=255)
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cTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCACTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACGTc > 2:1954582/1‑148 (MQ=255)
tGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACGTCa > 1:13716/1‑148 (MQ=255)
|
GCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACGTCA > CP009273/3415556‑3415849
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
