Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,415,702 |
T→A |
28.4% |
L340Q (CTG→CAG) |
yhdY → |
putative amino‑acid transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,415,702 | 0 | T | A | 28.4%
| 505.9
/ 252.2
| 310 | L340Q (CTG→CAG) | yhdY | putative amino‑acid transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (125/97); new base A (56/32); total (181/129) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.53e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 |
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
TGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACGTCAAT > CP009273/3415553‑3415851
|
ggCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGAGACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGa > 1:390946/1‑150 (MQ=255)
tGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCt > 2:4606111/1‑150 (MQ=255)
tGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCt < 1:2257223/150‑1 (MQ=255)
ggTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTa < 1:3411850/150‑1 (MQ=255)
gTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTAc > 1:1139589/1‑150 (MQ=255)
tAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCTTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACt > 1:1990915/1‑150 (MQ=255)
tAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACt < 1:122461/150‑1 (MQ=255)
aaTACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTgg < 1:2923830/150‑1 (MQ=255)
aaTACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTgg < 2:2136429/150‑1 (MQ=255)
tACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAt < 2:1256159/150‑1 (MQ=255)
tACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAt < 1:3825192/150‑1 (MQ=255)
aCCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAtc > 2:2983754/1‑150 (MQ=255)
catcatCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAtctt < 2:1977893/150‑1 (MQ=255)
catcatCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAtctt > 2:4747339/1‑150 (MQ=255)
tcatcGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAtcttct < 2:4010524/150‑1 (MQ=255)
catcGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTCTTCGATCTTTTCAGAAGCGATAAGCATTCAACCGTAGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAATGGTATGTTTTCGCCGCGCAGAACAACTGGATCTTCTg > 1:1455977/1‑150 (MQ=255)
atcGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGt > 1:5219983/1‑150 (MQ=255)
cGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGttt > 2:928341/1‑150 (MQ=255)
cGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGttt < 1:80724/150‑1 (MQ=255)
cACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCa < 1:1035750/150‑1 (MQ=255)
ctctTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGc > 2:816114/1‑150 (MQ=255)
aaaGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTcg > 1:380202/1‑150 (MQ=255)
aaaGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTACTGTTTCAGCATGTcg > 1:4598185/1‑150 (MQ=255)
aaGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTcgc > 2:1842/1‑150 (MQ=255)
aGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTcgcg > 1:4933352/1‑150 (MQ=255)
aTACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCt > 1:4986504/1‑150 (MQ=255)
aTACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCt < 1:4233699/150‑1 (MQ=255)
aGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGc > 1:4190848/1‑150 (MQ=255)
ccTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCa > 1:4086652/1‑150 (MQ=255)
cTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAg < 1:5112575/150‑1 (MQ=255)
cTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAg > 2:4267447/1‑150 (MQ=255)
tGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGt > 1:4842369/1‑150 (MQ=255)
ggTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTa < 1:2395729/150‑1 (MQ=255)
gTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTAt < 1:155990/150‑1 (MQ=255)
gTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTAt < 1:755321/150‑1 (MQ=255)
gTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTAt > 1:119955/1‑150 (MQ=255)
gATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTTGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCAAGTATCt > 2:1535199/1‑150 (MQ=255)
gATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCt < 2:1073292/150‑1 (MQ=255)
gATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCt < 2:4100013/150‑1 (MQ=255)
gATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCt > 2:4179687/1‑150 (MQ=255)
aTCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTg > 2:16428/1‑150 (MQ=255)
aTCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTg > 2:16195/1‑150 (MQ=255)
aTCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTg > 2:4949021/1‑150 (MQ=255)
aTTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGaa > 2:5172754/1‑150 (MQ=255)
aTTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGaa > 2:1735514/1‑150 (MQ=255)
ttATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGATGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTTTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGaaa > 2:3681241/1‑150 (MQ=255)
tCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAAc < 2:2439864/150‑1 (MQ=255)
gttgttCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGttt > 1:2834696/1‑150 (MQ=255)
ttgttCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGtttt < 1:2098669/150‑1 (MQ=255)
tgttCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTa < 2:3658480/150‑1 (MQ=255)
ttCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAac < 2:4447281/150‑1 (MQ=255)
tCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAaca < 1:1299044/150‑1 (MQ=255)
tCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAaca < 1:5107438/150‑1 (MQ=255)
gATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACAcc > 2:2627621/1‑150 (MQ=255)
gATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTAAAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACAcc > 1:433945/1‑150 (MQ=255)
gATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACAcc < 2:3341524/150‑1 (MQ=255)
tCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCgg < 2:849472/150‑1 (MQ=255)
ttttCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGc > 2:3605177/1‑150 (MQ=255)
tCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTa > 1:354290/1‑150 (MQ=255)
tAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACAcc < 1:3160840/150‑1 (MQ=255)
aGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCg > 2:2282584/1‑150 (MQ=255)
cGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCa > 2:4499774/1‑150 (MQ=255)
cGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCa > 2:532524/1‑150 (MQ=255)
tCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTg < 1:2491113/150‑1 (MQ=255)
agcagGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAg > 1:322931/1‑150 (MQ=255)
agcagGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAg > 1:4263382/1‑150 (MQ=255)
gcagGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAgg > 1:3457993/1‑150 (MQ=255)
agGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGac > 1:989013/1‑150 (MQ=255)
agGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGAATCTGGAAAATCTTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGac > 2:3399245/1‑150 (MQ=255)
ggCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGaca < 2:390946/150‑1 (MQ=255)
cAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACt > 1:4370291/1‑150 (MQ=255)
aaCCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTa < 1:6311/150‑1 (MQ=255)
gATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCa > 2:691187/1‑150 (MQ=255)
gATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCa > 2:3503947/1‑150 (MQ=255)
gATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCa < 2:4808489/150‑1 (MQ=255)
aTCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCTCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCaa > 1:1905857/1‑150 (MQ=255)
aTCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCaa > 1:1877238/1‑150 (MQ=255)
cGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAAttt < 1:1388773/150‑1 (MQ=255)
ccTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTa > 2:4852974/1‑150 (MQ=255)
gTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCt > 2:2892440/1‑150 (MQ=255)
tATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTg < 1:3741009/150‑1 (MQ=255)
cGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAAc < 2:4087081/150‑1 (MQ=255)
gACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAAcg > 1:207441/1‑150 (MQ=255)
gACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAAcg > 1:3040209/1‑150 (MQ=255)
cGGACGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTCCTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCAGTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAAcgcg > 2:752130/1‑150 (MQ=255)
cGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAAcgcg > 2:1453933/1‑150 (MQ=255)
gAAGGGTATTTTTTAGCCGCTCTGATCTACTTGATATTCTGTTTCAGCATTTCGCTCTATAGCCTTTATCTGGTAAAAAGTTTTAACACCTTGCGTACACCGCTTTGAGGACACGATGATACAACTTTTACTGCAACCTGCTAACGCgat < 2:5115191/150‑1 (MQ=255)
gAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCgat > 1:3019198/1‑150 (MQ=255)
aaGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCgatg > 1:3693270/1‑150 (MQ=255)
aaGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCgatg > 2:2866647/1‑150 (MQ=255)
aGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCgatga > 2:1959077/1‑150 (MQ=255)
gggTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCgatgat > 1:2703327/1‑150 (MQ=255)
gggTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCgatgat < 1:4487306/150‑1 (MQ=255)
tGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGc < 2:5046331/150‑1 (MQ=255)
cgccgcGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGaaa > 2:3160307/1‑150 (MQ=255)
gccgcGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGaaaa < 1:4892542/150‑1 (MQ=255)
ccgcGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAAc < 1:479677/150‑1 (MQ=255)
cgcgCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACg > 1:3310574/1‑150 (MQ=255)
cgcAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACGTc > 1:173333/1‑150 (MQ=255)
tGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACGTCAAt < 1:3097722/150‑1 (MQ=255)
|
TGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACGTCAAT > CP009273/3415553‑3415851
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
