Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,209,662 |
G→T |
29.1% |
intergenic (‑147/+58) |
bluR ← / ← bluF |
repressor of blue light‑responsive genes/anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,209,662 | 0 | G | T | 29.1%
| 497.7
/ 174.7
| 257 | intergenic (‑147/+58) | bluR/bluF | repressor of blue light‑responsive genes/anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (99/83); new base T (38/37); total (137/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.80e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
CAATTCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAATTCCTGCGG > CP009273/1209515‑1209808
|
aTTCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacgta < 2:1122281/148‑1 (MQ=255)
aTTCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacgta < 1:478778/148‑1 (MQ=255)
ttCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacgtaa < 1:1292720/148‑1 (MQ=255)
ttCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacgtaa < 1:3069134/148‑1 (MQ=255)
ttCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacgtaa > 1:2957486/1‑148 (MQ=255)
cctcctTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacttaacg > 1:1024628/1‑148 (MQ=255)
tcctTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAacgtaacgta < 1:2377201/148‑1 (MQ=255)
tcctTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAacgtaacgta > 1:3201420/1‑148 (MQ=255)
cctTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTAt < 1:2604635/148‑1 (MQ=255)
ttGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTc > 2:2708109/1‑148 (MQ=255)
ttGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTc < 1:2667654/148‑1 (MQ=255)
ttGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTc < 1:2248465/148‑1 (MQ=255)
tGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCa < 2:1763535/148‑1 (MQ=255)
cGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCAtt < 1:2098740/148‑1 (MQ=255)
tCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTc < 1:2925114/148‑1 (MQ=255)
aaaTCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACga < 1:2044094/148‑1 (MQ=255)
aTCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACgatg > 1:1645566/1‑148 (MQ=255)
aTCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACgatg < 1:1421439/148‑1 (MQ=255)
ctcCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACgatgat < 2:1813704/148‑1 (MQ=255)
ctcCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACgatgat < 2:2285890/148‑1 (MQ=255)
gTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTAc > 2:1203326/1‑148 (MQ=255)
ccTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGaa > 1:1830644/1‑148 (MQ=255)
tttACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAAt < 2:758785/146‑1 (MQ=255)
tGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAAt < 2:691017/148‑1 (MQ=255)
tACACGACCCAATAATACGTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCa < 2:2725839/148‑1 (MQ=255)
cacGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCAtg < 1:1780263/148‑1 (MQ=255)
acGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAGGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCAtgt < 2:1756911/148‑1 (MQ=255)
acGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCAtgt > 2:1318870/1‑148 (MQ=255)
acGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCAtgt < 1:961104/148‑1 (MQ=255)
acGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCAtgt > 1:1870114/1‑148 (MQ=255)
cGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAGTGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCAtgtg < 1:1736508/148‑1 (MQ=255)
aataatACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGaa < 2:2497169/148‑1 (MQ=255)
aataatACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGaa > 2:3190219/1‑148 (MQ=255)
ataataCTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAAt > 2:2003184/1‑148 (MQ=255)
taataCTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAAtg > 1:354094/1‑148 (MQ=255)
ataCTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAAtgtg < 2:3035909/148‑1 (MQ=255)
taCTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGc < 1:1891860/148‑1 (MQ=255)
ttGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGaa > 1:2284271/1‑148 (MQ=255)
ttGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGaa > 1:805828/1‑148 (MQ=255)
tACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAat < 2:3152271/148‑1 (MQ=255)
aCAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAatt > 1:1071971/1‑148 (MQ=255)
cAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTGAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAatta > 2:2217193/1‑148 (MQ=255)
cAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAATAATGTGCTGAAAatta > 2:423689/1‑148 (MQ=255)
cAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAatta > 2:1650154/1‑148 (MQ=255)
cAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAatta < 1:1123467/148‑1 (MQ=255)
cAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAatta < 2:312057/148‑1 (MQ=255)
atatACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAattatt > 1:171182/1‑148 (MQ=255)
ataCGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTAtttt < 1:577575/148‑1 (MQ=255)
aCGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTAtttttt > 1:899696/1‑148 (MQ=255)
gCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTtct < 2:1838224/148‑1 (MQ=255)
cTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTtctc > 2:258993/1‑148 (MQ=255)
tAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTctct < 1:3336737/148‑1 (MQ=255)
tataAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGaa < 1:1936089/148‑1 (MQ=255)
aaataaGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAggg < 2:791707/148‑1 (MQ=255)
aaataaGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATATTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAggg > 2:2118107/1‑148 (MQ=255)
aaataaGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAggg > 1:3456612/1‑148 (MQ=255)
aaGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATAc > 1:2759336/1‑148 (MQ=255)
aaGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATAc < 2:609553/148‑1 (MQ=255)
gATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCa < 2:2934126/148‑1 (MQ=255)
gATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCa > 2:748410/1‑148 (MQ=255)
gATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCa > 2:1351668/1‑148 (MQ=255)
gATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCa > 2:1641872/1‑148 (MQ=255)
aTTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCAt > 2:2980488/1‑148 (MQ=255)
ttCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTc > 2:3488179/1‑148 (MQ=255)
ttCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTc < 1:2200035/148‑1 (MQ=255)
aaaTTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttag < 2:2957486/148‑1 (MQ=255)
aaaTTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttag > 1:3012349/1‑148 (MQ=255)
aaaTTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttag > 2:242374/1‑148 (MQ=255)
aaaTTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttag < 2:130416/148‑1 (MQ=255)
aaTTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttagc < 1:1003152/148‑1 (MQ=255)
tGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttagcttt < 2:1024600/148‑1 (MQ=255)
tGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttagcttt < 1:68408/148‑1 (MQ=255)
ggATGAAACATTATTTTTAATGTTGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttagcttta < 1:3290576/148‑1 (MQ=255)
ggATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttagcttta > 1:33770/1‑148 (MQ=255)
ggATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttagcttta < 1:1522047/148‑1 (MQ=255)
aTGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttagctttagc > 1:402635/1‑148 (MQ=255)
gAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCaa > 2:561422/1‑148 (MQ=255)
gAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCaa > 2:3392119/1‑148 (MQ=255)
aaaCATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCaaa < 2:1071971/148‑1 (MQ=255)
aaaCATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCaaa > 2:2854491/1‑148 (MQ=255)
aaaCATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCaaa < 2:1616711/148‑1 (MQ=255)
cATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAg > 2:3091689/1‑148 (MQ=255)
attattTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGa > 2:3062320/1‑148 (MQ=255)
tttttAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGAtctc > 1:1540490/1‑148 (MQ=255)
ttttAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTcc < 1:2825774/148‑1 (MQ=255)
ttttAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTcc > 1:3146813/1‑148 (MQ=255)
ttttAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTcc < 2:2040774/148‑1 (MQ=255)
aTGTGGATTAAATTTAGACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGaa > 1:2130809/1‑148 (MQ=255)
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tgGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACa < 2:192240/148‑1 (MQ=255)
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tAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAATTCCt > 2:1115534/1‑148 (MQ=255)
aaaCTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAATTCCTg < 1:2416168/148‑1 (MQ=255)
aaaCGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAATTCCTg < 1:1234590/148‑1 (MQ=255)
cgtaacgtaTTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAATTCCTGCgg < 1:227012/148‑1 (MQ=255)
|
CAATTCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAATTCCTGCGG > CP009273/1209515‑1209808
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
