Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,209,662 |
G→T |
39.8% |
intergenic (‑147/+58) |
bluR ← / ← bluF |
repressor of blue light‑responsive genes/anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,209,662 | 0 | G | T | 39.8%
| 233.2
/ 209.8
| 208 | intergenic (‑147/+58) | bluR/bluF | repressor of blue light‑responsive genes/anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (71/54); new base T (39/44); total (110/98) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.02e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 |
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
CAATTCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAATTCCTGCG > CP009273/1209515‑1209807
|
caATTCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacg > 2:1640404/1‑148 (MQ=255)
ttCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacgtaa > 1:2567324/1‑148 (MQ=255)
ctcctTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacttaacgt > 1:10096/1‑148 (MQ=255)
ctcctTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacttaacgt > 1:1332744/1‑148 (MQ=255)
ctcctTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacgtaacgt > 1:3112410/1‑148 (MQ=255)
cctTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTAt < 2:80248/148‑1 (MQ=255)
tGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCa < 1:3152800/148‑1 (MQ=255)
ggTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCAttt > 1:632291/1‑148 (MQ=255)
ggTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAAGTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCAttt > 2:1556206/1‑148 (MQ=255)
aTCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACgatg < 1:2287371/148‑1 (MQ=255)
tctcCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACgatga > 2:3420561/1‑148 (MQ=255)
cGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTa > 1:947320/1‑148 (MQ=255)
cGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTg > 1:3231048/1‑148 (MQ=255)
ccTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGaa < 1:1655755/148‑1 (MQ=255)
tGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAAt < 2:3073683/148‑1 (MQ=255)
tccacGACCCAATAATACATTGGACCATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCa < 2:1725933/146‑1 (MQ=255)
acacGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCAt > 1:3012502/1‑148 (MQ=255)
cacGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCAtg < 2:2037619/148‑1 (MQ=255)
aCCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAATCGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGaa > 1:2117724/1‑148 (MQ=255)
aCCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGaa > 2:3104678/1‑148 (MQ=255)
ccAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAg > 2:2304221/1‑148 (MQ=255)
ccAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAg < 2:1867710/148‑1 (MQ=255)
acAATAATACTTTGTACAATATACGCTAACATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAg < 2:2247650/147‑1 (MQ=255)
aataatACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGaa < 1:145859/148‑1 (MQ=255)
aataatACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGaa < 2:335051/148‑1 (MQ=255)
aataatACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGaa > 2:2352732/1‑148 (MQ=255)
aataatACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGaa > 2:1075692/1‑148 (MQ=255)
aataatACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGaa < 2:2701616/148‑1 (MQ=255)
taataCTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAAtg > 2:1492590/1‑148 (MQ=255)
taCTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGc > 1:653666/1‑148 (MQ=255)
taCTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGc < 1:23982/148‑1 (MQ=255)
taCTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGc < 1:1824475/148‑1 (MQ=255)
taCTTTGTAAAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGATAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGc < 2:2931890/148‑1 (MQ=255)
tGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGaaa < 2:2159041/148‑1 (MQ=255)
tGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGaaa < 1:3416780/148‑1 (MQ=255)
gTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGaaaa < 1:1699988/148‑1 (MQ=255)
gTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGaaaa < 1:2616297/148‑1 (MQ=255)
aCAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAatt < 1:3116267/148‑1 (MQ=255)
cAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAatta < 2:3420373/148‑1 (MQ=255)
aaTATCCCCTAAACTAGCACAAAGTATAAATAAGATTACAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAattat < 1:3510132/148‑1 (MQ=255)
aaTATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAattat < 2:1915326/148‑1 (MQ=255)
atatACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAattatt < 2:3265763/148‑1 (MQ=255)
atatACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAattatt < 2:1226858/148‑1 (MQ=255)
tataCGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTAttt < 1:889156/148‑1 (MQ=255)
ataCGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTAtttt < 2:1012816/148‑1 (MQ=255)
aCGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTGTTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTAtttttt < 1:2018052/148‑1 (MQ=255)
aCGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTAtttttt > 1:770129/1‑148 (MQ=255)
tAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTctct > 1:119337/1‑148 (MQ=255)
aaTTGTACAAAGTATAACTAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGc < 2:2590051/148‑1 (MQ=255)
aaTTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGc > 1:2899772/1‑148 (MQ=255)
aaTTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATCACCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGc > 1:187610/1‑148 (MQ=255)
ttGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTACATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAAAGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCa > 2:2113911/1‑148 (MQ=255)
tGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTCTTTTTTCTCTGGCCAc > 2:1997907/1‑148 (MQ=255)
aCAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATTATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCt < 1:3449981/148‑1 (MQ=255)
cAAATTATAAATAAGATTTCAGATAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAAATTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAATTTTTTTTTTCTCTGGCCACGCTa < 2:3339603/148‑1 (MQ=255)
gTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGa > 2:825957/1‑148 (MQ=255)
tataAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGaa > 2:3498445/1‑148 (MQ=255)
ataaataaGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAg > 1:728103/1‑148 (MQ=255)
taaataaGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAgg > 2:402079/1‑148 (MQ=255)
aaataaGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAggg > 2:2785056/1‑148 (MQ=255)
aaGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATAc > 2:518633/1‑148 (MQ=255)
aaGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATAc > 2:460219/1‑148 (MQ=255)
aaGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATAc > 2:2818140/1‑148 (MQ=255)
gATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCa > 2:1419940/1‑148 (MQ=255)
gCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtt > 2:250298/1‑148 (MQ=255)
cTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAttt < 1:1866654/148‑1 (MQ=255)
cTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAttt > 2:1683532/1‑148 (MQ=255)
tAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAttta > 1:559958/1‑148 (MQ=255)
aaaTTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttag < 1:1879162/148‑1 (MQ=255)
aaaTTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttag < 1:1905483/148‑1 (MQ=255)
aaTTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttagc > 1:3505275/1‑148 (MQ=255)
aTTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTAACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttagct < 1:1567915/148‑1 (MQ=255)
ttGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttagctt > 2:228829/1‑148 (MQ=255)
tGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttagcttt > 2:2075673/1‑148 (MQ=255)
tGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttagcttt > 1:2712772/1‑148 (MQ=255)
gAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCaa > 1:2770074/1‑148 (MQ=255)
aCATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACa < 1:459894/148‑1 (MQ=255)
aCATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACa > 1:137847/1‑148 (MQ=255)
tattTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGAtc > 2:2014142/1‑148 (MQ=255)
tattTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGAtc > 1:654547/1‑148 (MQ=255)
tttttAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGAtctc > 2:2093899/1‑148 (MQ=255)
ttttAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTcc < 2:1332923/148‑1 (MQ=255)
ttttAATGTGGATTAAATTTAAACTTAAAGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTATGGCCACGCTATGGAAGGGATAACATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTcc > 1:26511/1‑148 (MQ=255)
tttAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTccc < 2:1055422/148‑1 (MQ=255)
tgtgGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCAGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGaaa > 1:1444941/1‑148 (MQ=255)
tgGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACa < 2:867455/148‑1 (MQ=255)
ggATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACAt < 2:2663638/148‑1 (MQ=255)
aTTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACAtct > 1:2154585/1‑148 (MQ=255)
aaaTTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCaa < 1:367671/148‑1 (MQ=255)
aTTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAAtt > 1:1733984/1‑148 (MQ=255)
aTTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAAtt > 2:1709823/1‑148 (MQ=255)
tttAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAATTc > 1:3012504/1‑148 (MQ=255)
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acgtaacgtaTTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAATTCCTGCg < 1:2522545/148‑1 (MQ=255)
acgtaacgtaTTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAATTCCTGCg > 1:3290293/1‑148 (MQ=255)
acgtaacgtaTTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAATTCCTGCg > 1:3349126/1‑148 (MQ=255)
|
CAATTCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAATTCCTGCG > CP009273/1209515‑1209807
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
