Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,209,662 |
G→T |
11.9% |
intergenic (‑147/+58) |
bluR ← / ← bluF |
repressor of blue light‑responsive genes/anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,209,662 | 0 | G | T | 11.9%
| 805.2
/ 55.7
| 249 | intergenic (‑147/+58) | bluR/bluF | repressor of blue light‑responsive genes/anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (111/108); new base T (12/18); total (123/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.32e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.52e-01 |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
CAATTCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAATTCCTGC > CP009273/1209515‑1209806
|
cctcctTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacgtaacg > 2:2803582/1‑148 (MQ=255)
ctcctTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacgtaacgt < 1:142398/148‑1 (MQ=255)
ctcctTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacgtaacgt > 2:2972804/1‑148 (MQ=255)
tcctTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAacgtaacgta < 2:2763237/148‑1 (MQ=255)
tcctTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAacgtaacgta > 2:2007960/1‑148 (MQ=255)
ctTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTAtt < 2:1141075/148‑1 (MQ=255)
ttGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTc < 1:2999471/148‑1 (MQ=255)
ttGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATATTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTc > 1:2030053/1‑148 (MQ=255)
tGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCa > 1:399103/1‑148 (MQ=255)
tGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCa > 1:3327513/1‑148 (MQ=255)
gCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCAt < 1:2436458/148‑1 (MQ=255)
gTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCAtttt > 2:3056232/1‑148 (MQ=255)
aaTCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACgat > 2:1099790/1‑148 (MQ=255)
aTCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACgatg < 2:1637071/148‑1 (MQ=255)
tctcCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACgatga > 2:842719/1‑148 (MQ=255)
ctcCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACgatgat > 1:80112/1‑148 (MQ=255)
ctcCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACgatgat < 1:3646058/148‑1 (MQ=255)
ctcCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACgatgat > 1:1594209/1‑148 (MQ=255)
cGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTa < 2:3146187/148‑1 (MQ=255)
cTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGaaa < 1:2236158/148‑1 (MQ=255)
tGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAAt > 1:45280/1‑148 (MQ=255)
gTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATc > 1:228757/1‑148 (MQ=255)
gTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATc < 2:2913851/148‑1 (MQ=255)
acacGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCAt > 1:946656/1‑148 (MQ=255)
cGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCAtgtg > 1:2912716/1‑148 (MQ=255)
gACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGa < 2:1243465/148‑1 (MQ=255)
cccAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGaaa > 1:3316086/1‑148 (MQ=255)
aataatACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGaa > 2:3109755/1‑148 (MQ=255)
aataatACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGaa < 2:609997/148‑1 (MQ=255)
aataatACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGaa > 1:520779/1‑148 (MQ=255)
taataCTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAAtg < 1:2194733/148‑1 (MQ=255)
taataCTTTGTACAAGATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAAtg < 1:2423887/148‑1 (MQ=255)
taCTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGc < 1:2058256/148‑1 (MQ=255)
aCTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCt > 1:1505706/1‑148 (MQ=255)
cTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTg > 2:3651793/1‑148 (MQ=255)
cTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTg > 1:1754852/1‑148 (MQ=255)
tGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGaaa < 2:1496300/148‑1 (MQ=255)
cactataCGCTCAAAGTGTACACAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAAGTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAatta < 2:3551576/145‑1 (MQ=255)
cAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAatta < 2:1361840/148‑1 (MQ=255)
atatACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAattatt < 2:3178914/148‑1 (MQ=255)
atatACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAattatt < 1:1047887/148‑1 (MQ=255)
tataCGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTAttt < 2:1507902/148‑1 (MQ=255)
tataCGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTAttt > 2:2107851/1‑148 (MQ=255)
ataCGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATCAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTAtttt > 2:1978453/1‑148 (MQ=255)
ataCGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTAtttt > 2:821824/1‑148 (MQ=255)
gCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTtct < 1:1317689/148‑1 (MQ=255)
cTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTtctc < 2:1690572/148‑1 (MQ=255)
cTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTtctc < 2:1205951/148‑1 (MQ=255)
tAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTctct > 2:32849/1‑148 (MQ=255)
aaTTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGc < 1:2838936/148‑1 (MQ=255)
aTTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGcc > 2:553538/1‑148 (MQ=255)
tGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCAc > 2:2232030/1‑148 (MQ=255)
cAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTa < 1:1677191/148‑1 (MQ=255)
cAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTa < 1:3447095/148‑1 (MQ=255)
aGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATgg > 2:2170528/1‑148 (MQ=255)
gTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGa < 1:1384314/148‑1 (MQ=255)
tataAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGaa < 2:1754852/148‑1 (MQ=255)
ataaataaGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAg > 2:3356016/1‑148 (MQ=255)
aaataaGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAggg > 1:127534/1‑148 (MQ=255)
aataaGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGa < 1:848481/148‑1 (MQ=255)
ataaGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGAt > 2:1668015/1‑148 (MQ=255)
ataaGATTTCAGCTAAATTGGAAGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGAt < 1:368751/148‑1 (MQ=255)
gATTTCAGCTAACTTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCa < 1:2641106/148‑1 (MQ=255)
tttCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCAtt < 1:3089722/148‑1 (MQ=255)
tCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCa > 2:2878266/1‑148 (MQ=255)
cTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAttt > 2:3790559/1‑148 (MQ=255)
aaaTTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttag > 1:1182643/1‑148 (MQ=255)
aaTTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttagc < 2:747000/148‑1 (MQ=255)
aTTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttagct < 1:3256735/148‑1 (MQ=255)
aTTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAAtttagct < 2:2400472/148‑1 (MQ=255)
tGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCa < 1:171531/148‑1 (MQ=255)
gAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCaa > 2:3724038/1‑148 (MQ=255)
aaaCATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCaaa < 2:1778796/148‑1 (MQ=255)
aaaCATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCaaa < 2:3316086/148‑1 (MQ=255)
aaCATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAAc < 2:946656/148‑1 (MQ=255)
aCATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACa > 1:3510506/1‑148 (MQ=255)
attattTTTAATGTGGATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGa > 1:1356116/1‑148 (MQ=255)
attattTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGa < 1:2461634/148‑1 (MQ=255)
ttattTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCACTTTAGCTTTAGCAAACAGAt > 2:2582341/1‑148 (MQ=255)
ttattTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGAt > 1:3028444/1‑148 (MQ=255)
tattTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGTAAATTATTTTTTGTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGAtc > 2:161097/1‑148 (MQ=255)
tattTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGAtc > 1:1443278/1‑148 (MQ=255)
tattTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGAtc > 1:3157280/1‑148 (MQ=255)
tttttAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGAtctc > 2:881672/1‑148 (MQ=255)
ttttAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTcc < 1:3144948/148‑1 (MQ=255)
tttCATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTccc > 2:2438465/1‑148 (MQ=255)
aTGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGaa < 2:228757/148‑1 (MQ=255)
tgtgGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGaaa > 1:2801893/1‑148 (MQ=255)
gtgGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAAc > 1:668428/1‑148 (MQ=255)
gATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACAtc < 1:620448/148‑1 (MQ=255)
gATTAAATTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACAtc > 1:2556445/1‑148 (MQ=255)
gATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACAtc > 2:1405813/1‑148 (MQ=255)
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aTTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACAtct < 2:1873461/148‑1 (MQ=255)
tAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCa > 2:3530942/1‑148 (MQ=255)
tAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCa > 1:1043517/1‑148 (MQ=255)
aaaTTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCaa < 1:3477262/148‑1 (MQ=255)
aaTTTAAACTTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAAt > 1:2771274/1‑148 (MQ=255)
tttAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAATTc < 2:45280/148‑1 (MQ=255)
aacgtaacgtATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAATTCCTGc < 1:1139543/148‑1 (MQ=255)
|
CAATTCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAATTCCTGC > CP009273/1209515‑1209806
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
