Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,330,955 |
G→T |
92.5% |
D290Y (GAT→TAT) |
acnA → |
aconitate hydratase 1 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,330,955 | 0 | G | T | 92.5%
| 470.3
/ 31.4
| 174 | D290Y (GAT→TAT) | acnA | aconitate hydratase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/6); new base T (78/83); total (85/89) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.78e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 |
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
GTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCG > CP009273/1330811‑1331099
|
gTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATg < 2:1682922/148‑1 (MQ=255)
ttCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTtatggttatggt < 2:485379/148‑1 (MQ=255)
tGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGa < 2:2717470/148‑1 (MQ=255)
tGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGa < 2:3322874/148‑1 (MQ=255)
gCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGAt > 1:672664/1‑148 (MQ=255)
cTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGAtt > 2:198058/1‑148 (MQ=255)
cTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGAtt > 2:2198448/1‑148 (MQ=255)
cTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGAtt > 2:2197345/1‑148 (MQ=255)
tATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCa < 1:2208298/148‑1 (MQ=255)
aTCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCAc > 1:2590712/1‑148 (MQ=255)
cccGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTa > 1:1094370/1‑148 (MQ=255)
ccGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTAc > 2:51753/1‑148 (MQ=255)
gATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGt > 1:1655145/1‑148 (MQ=255)
tGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAACATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAACCATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTg < 2:3498048/148‑1 (MQ=255)
tGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTg < 1:2063228/148‑1 (MQ=255)
tGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTg < 1:2063299/148‑1 (MQ=255)
gTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTgg < 1:2692975/148‑1 (MQ=255)
tGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGa < 2:2443221/148‑1 (MQ=255)
tGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGa < 1:3459086/148‑1 (MQ=255)
cTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATcgc > 2:2318589/1‑148 (MQ=255)
cAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGcc > 2:10613/1‑148 (MQ=255)
aaaCTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGcca < 2:1962901/148‑1 (MQ=255)
cTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGccacca < 1:653379/148‑1 (MQ=255)
cTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGccacca > 2:3013663/1‑148 (MQ=255)
ttACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGTCCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTAACTACCGTTGGCGGATCGCGccacctt < 2:2954646/148‑3 (MQ=255)
ttACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCAt < 2:1176581/148‑1 (MQ=255)
aCCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTg < 2:779468/148‑1 (MQ=255)
aCCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTg > 2:338051/1‑148 (MQ=255)
ccGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGc > 2:3026514/1‑148 (MQ=255)
ccGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGc < 2:62254/148‑1 (MQ=255)
gAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCaa > 2:1861459/1‑148 (MQ=255)
gAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCaa > 2:1452970/1‑148 (MQ=255)
aaaaTTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAat < 1:1306829/148‑1 (MQ=255)
aaaaTTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAat < 1:2565102/148‑1 (MQ=255)
aaaTTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAata < 1:3141761/148‑1 (MQ=255)
aaaTTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAata < 1:3141669/148‑1 (MQ=255)
aaTTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAatat < 2:849705/148‑1 (MQ=255)
ttACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGt < 1:51753/148‑1 (MQ=255)
ttACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGt > 2:3092528/1‑148 (MQ=255)
gTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGcc < 1:773527/148‑1 (MQ=255)
tGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCa > 1:221490/1‑148 (MQ=255)
aaGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGa < 1:459953/148‑1 (MQ=255)
gTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAata < 1:1087186/148‑1 (MQ=255)
tATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCGGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAatat < 2:704363/148‑1 (MQ=255)
aTTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATg > 2:1937935/1‑148 (MQ=255)
tACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGt < 1:3284885/148‑1 (MQ=255)
aCCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTg < 2:2925074/148‑1 (MQ=255)
ccACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCAc > 2:1410899/1‑148 (MQ=255)
acaGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCt < 1:2781982/148‑1 (MQ=255)
acaGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCt < 1:2023223/148‑1 (MQ=255)
acaGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCt < 1:224180/148‑1 (MQ=255)
caGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCtg > 2:3382357/1‑148 (MQ=255)
caGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCtg < 2:3207294/148‑1 (MQ=255)
caGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCtg > 2:1737624/1‑148 (MQ=255)
aCCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTgg > 1:3178549/1‑148 (MQ=255)
ccTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGc > 1:1776506/1‑148 (MQ=255)
cTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGct > 2:179819/1‑148 (MQ=255)
tGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGctt < 2:2590712/148‑1 (MQ=255)
tGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGctt > 1:1225819/1‑148 (MQ=255)
tGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGctt > 1:3002413/1‑148 (MQ=255)
tGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGctt < 1:139807/148‑1 (MQ=255)
tGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGctt > 2:1298002/1‑148 (MQ=255)
tGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGctt < 1:786058/148‑1 (MQ=255)
ttCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGcttctt > 1:1944190/1‑148 (MQ=255)
cACTGTTACCCAACTGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCa < 2:3484542/148‑1 (MQ=255)
aCTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCaa < 2:1577529/148‑1 (MQ=255)
cTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAAt > 2:1083955/1‑148 (MQ=255)
tACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGAt > 2:2522403/1‑148 (MQ=255)
tACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGGTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGAt > 2:2522243/1‑148 (MQ=255)
aCCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATg < 2:2551425/148‑1 (MQ=255)
cccAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGc > 2:400183/1‑148 (MQ=255)
ccAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCt > 1:2629296/1‑148 (MQ=255)
cAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTg < 1:3391541/148‑1 (MQ=255)
cAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTg < 1:2536936/148‑1 (MQ=255)
cAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTg > 1:3275905/1‑148 (MQ=255)
aaTGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTa < 1:3297980/148‑1 (MQ=255)
aTGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTaa > 2:3176889/1‑148 (MQ=255)
aTGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTaa > 2:1007914/1‑148 (MQ=255)
tgctgcGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAAc < 2:2043911/148‑1 (MQ=255)
tgctgcGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAAc > 2:2813871/1‑148 (MQ=255)
tgctgcGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAAc > 1:1302017/1‑148 (MQ=255)
tgctgcGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAAc > 2:2581937/1‑148 (MQ=255)
cgcAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCg < 2:345082/148‑1 (MQ=255)
aCATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCAAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTAc > 2:2889396/1‑148 (MQ=255)
aCATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCAAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTAc > 2:1110533/1‑148 (MQ=255)
cATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACa > 2:1534598/1‑148 (MQ=255)
tGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATg > 2:815047/1‑148 (MQ=255)
tGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGAATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATg < 1:3126897/148‑1 (MQ=255)
cGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGt < 1:2826656/148‑1 (MQ=255)
tggtggGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGttt > 2:1932867/1‑148 (MQ=255)
gtggGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTaa > 1:3556503/1‑148 (MQ=255)
gtggGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTaa > 1:1795159/1‑148 (MQ=255)
tggGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAg < 2:1084240/148‑1 (MQ=255)
aTTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGgcgc < 1:1737624/148‑1 (MQ=255)
tcgAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAAACGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGa > 1:1549937/1‑148 (MQ=255)
aaTTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGa < 2:2778478/148‑1 (MQ=255)
ttttATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATc < 1:2863321/148‑1 (MQ=255)
ttttATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATc < 1:1083955/148‑1 (MQ=255)
tttATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCa < 2:718146/148‑1 (MQ=255)
tGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTc > 1:2116771/1‑148 (MQ=255)
|
GTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCG > CP009273/1330811‑1331099
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCCGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTG > CP009273/1330807‑1331104
|
GCCGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTA < SRR19973066.1301475/150‑1 (MQ=60)
GCCGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTA < SRR19973066.2885775/150‑1 (MQ=60)
CGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATG < SRR19973066.2586411/150‑1 (MQ=60)
ATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGAT > SRR19973066.677593/1‑150 (MQ=60)
TTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCAC > SRR19973066.2608265/1‑150 (MQ=60)
TATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACT < SRR19973066.2223597/150‑1 (MQ=60)
ATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTA > SRR19973066.1102336/1‑150 (MQ=60)
CGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGT > SRR19973066.1667203/1‑150 (MQ=60)
CGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGT > SRR19973066.3443576/1‑150 (MQ=60)
GGATGTAGTGGGCTTCAAACTGACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTT < SRR19973066.2116299/150‑1 (MQ=60)
TGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGC < SRR19973066.2077529/150‑1 (MQ=60)
TGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGC < SRR19973066.2077525/150‑1 (MQ=60)
TGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGC < SRR19973066.2077596/150‑1 (MQ=60)
GTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCG < SRR19973066.2710958/150‑1 (MQ=60)
AGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGA > SRR19973066.15970/1‑150 (MQ=60)
AGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGA > SRR19973066.2620671/1‑150 (MQ=60)
TGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATC < SRR19973066.3482217/150‑1 (MQ=60)
TGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATC < SRR19973066.3161040/150‑1 (MQ=60)
ACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCAT < SRR19973066.2980577/150‑1 (MQ=60)
CTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATT < SRR19973066.658147/150‑1 (MQ=60)
AAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATAT < SRR19973066.2582511/150‑1 (MQ=60)
AAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATAT < SRR19973066.1316307/150‑1 (MQ=60)
AAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATG < SRR19973066.3162724/150‑1 (MQ=60)
AAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATG < SRR19973066.3162632/150‑1 (MQ=60)
TTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCG < SRR19973066.52413/150‑1 (MQ=60)
CGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACTGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCA > SRR19973066.458441/1‑150 (MQ=60)
CGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCA > SRR19973066.223327/1‑150 (MQ=60)
CGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCA > SRR19973066.223290/1‑150 (MQ=60)
CGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCA > SRR19973066.3164571/1‑150 (MQ=60)
CGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCGTGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCA < SRR19973066.2163136/150‑1 (MQ=60)
GTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAG < SRR19973066.779249/150‑1 (MQ=60)
AAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAAT < SRR19973066.463475/150‑1 (MQ=60)
GTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATG < SRR19973066.1095118/150‑1 (MQ=60)
GTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATG < SRR19973066.1095221/150‑1 (MQ=60)
TATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGG > SRR19973066.3571837/1‑150 (MQ=60)
TACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGC < SRR19973066.3306514/150‑1 (MQ=60)
GCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACC > SRR19973066.1995048/1‑150 (MQ=60)
GCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACC > SRR19973066.1473598/1‑150 (MQ=60)
GCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACC > SRR19973066.2795249/1‑150 (MQ=60)
ACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGT < SRR19973066.2037370/150‑1 (MQ=60)
ACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGT < SRR19973066.225994/150‑1 (MQ=60)
ACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGT < SRR19973066.2800715/150‑1 (MQ=60)
AGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGG > SRR19973066.3199700/1‑150 (MQ=60)
GACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGC > SRR19973066.1789211/1‑150 (MQ=60)
CCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTT > SRR19973066.3022368/1‑150 (MQ=60)
CCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTT > SRR19973066.1234501/1‑150 (MQ=60)
TGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCT < SRR19973066.141154/150‑1 (MQ=60)
TGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCT < SRR19973066.791853/150‑1 (MQ=60)
GGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTT < SRR19973066.747945/150‑1 (MQ=60)
GGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTT > SRR19973066.1957962/1‑150 (MQ=60)
ACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATC > SRR19973066.3112046/1‑150 (MQ=60)
CTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCG < SRR19973066.3347791/150‑1 (MQ=60)
TGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGA > SRR19973066.1897220/1‑150 (MQ=60)
TTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATG > SRR19973066.2578570/1‑150 (MQ=60)
ACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCT > SRR19973066.2647013/1‑150 (MQ=60)
CCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTG > SRR19973066.3297401/1‑150 (MQ=60)
CCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTG > SRR19973066.3297404/1‑150 (MQ=60)
CCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGT > SRR19973066.267374/1‑150 (MQ=60)
CAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTA < SRR19973066.3414175/150‑1 (MQ=60)
CAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTA < SRR19973066.1765952/150‑1 (MQ=60)
CAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTA < SRR19973066.2554178/150‑1 (MQ=60)
AATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAAC > SRR19973066.1311453/1‑150 (MQ=60)
AATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAAC < SRR19973066.3319778/150‑1 (MQ=60)
TGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGAATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCG < SRR19973066.3147775/150‑1 (MQ=60)
GGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGT > SRR19973066.660678/1‑150 (MQ=60)
CGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTT < SRR19973066.1251791/150‑1 (MQ=60)
CGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTT < SRR19973066.2845650/150‑1 (MQ=60)
CGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTT < SRR19973066.837811/150‑1 (MQ=60)
TGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAA > SRR19973066.3580093/1‑150 (MQ=60)
TGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAA > SRR19973066.1807928/1‑150 (MQ=60)
GTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGC < SRR19973066.111827/150‑1 (MQ=60)
GGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGG < SRR19973066.1792946/150‑1 (MQ=60)
AAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTACCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGC > SRR19973066.1343067/1‑150 (MQ=60)
ATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAG < SRR19973066.1750167/150‑1 (MQ=60)
CGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAAACGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGA > SRR19973066.1561045/1‑150 (MQ=60)
GAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGAT < SRR19973066.593869/150‑1 (MQ=60)
AATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATC < SRR19973066.2462902/150‑1 (MQ=60)
TTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAG < SRR19973066.2882543/150‑1 (MQ=60)
TTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAG < SRR19973066.1091869/150‑1 (MQ=60)
TATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAATCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTC > SRR19973066.3291637/1‑150 (MQ=60)
TATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTC > SRR19973066.2131402/1‑150 (MQ=60)
GGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATTCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAG > SRR19973066.2301486/1‑150 (MQ=60)
GGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGTGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAG < SRR19973066.280476/150‑1 (MQ=60)
GGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAG > SRR19973066.3333628/1‑150 (MQ=60)
TTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTT < SRR19973066.1346940/150‑1 (MQ=60)
TTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTT > SRR19973066.1786088/1‑150 (MQ=60)
TTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTT < SRR19973066.2727534/150‑1 (MQ=60)
TTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTT > SRR19973066.1786413/1‑150 (MQ=60)
TATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTG < SRR19973066.3535536/150‑1 (MQ=60)
TATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTG > SRR19973066.2205315/1‑150 (MQ=60)
|
GCCGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTG > CP009273/1330807‑1331104
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
