Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,617,498 |
G→T |
9.5% |
R204S (CGC→AGC) |
dgcZ ← |
diguanylate cyclase, zinc‑sensing |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,617,498 | 0 | G | T | 9.5%
| 585.3
/ 26.6
| 168 | R204S (CGC→AGC) | dgcZ | diguanylate cyclase, zinc‑sensing |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (84/68); new base T (8/8); total (92/76) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.94e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 |
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
ACCTGCTGTCACGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACATTAAATAAAGATTCAGAGGCT > CP009273/1617352‑1617644
|
tgctgTCACGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATaa > 2:136033/1‑148 (MQ=255)
gctgTCACGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATaaa < 2:684231/148‑1 (MQ=255)
gTCACGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCg > 2:2873816/1‑148 (MQ=255)
gTCACGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCg > 2:1493541/1‑148 (MQ=255)
cACGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGtt > 1:3031275/1‑148 (MQ=255)
aCGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGttt < 2:2406036/148‑1 (MQ=255)
aCGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGttt < 2:2403466/148‑1 (MQ=255)
aCGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGttt < 1:3517316/148‑1 (MQ=255)
ggTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCg > 1:2239091/1‑148 (MQ=255)
aaTGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTaa > 1:3565147/1‑148 (MQ=255)
tGTTGATATGCCCTTCATAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATc > 2:528139/1‑148 (MQ=255)
tGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATc > 1:1363626/1‑148 (MQ=255)
tGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATc > 1:1363641/1‑148 (MQ=255)
tGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATc > 2:2330211/1‑148 (MQ=255)
tGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATc > 2:340431/1‑148 (MQ=255)
gTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCa > 2:1339990/1‑148 (MQ=255)
tGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCAcg > 1:305788/1‑148 (MQ=255)
tatGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGt > 1:529648/1‑148 (MQ=255)
atGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTc > 2:705132/1‑148 (MQ=255)
atGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTc > 2:705139/1‑148 (MQ=255)
atGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTc < 1:2495853/148‑1 (MQ=255)
tGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATTGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCTCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCTTAATCAAGCGTcc < 2:2704642/148‑1 (MQ=255)
gCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCa > 1:1886471/1‑148 (MQ=255)
cccTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCaa > 2:2961567/1‑148 (MQ=255)
cccTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCaa > 2:2961693/1‑148 (MQ=255)
cccTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCaa > 2:3373920/1‑148 (MQ=255)
cccTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCaa < 2:2287908/148‑1 (MQ=255)
cTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACt > 2:1146018/1‑148 (MQ=255)
tCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTgg > 2:2021257/1‑148 (MQ=255)
gtgtgATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCtaagta > 1:560381/1‑148 (MQ=255)
tGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGc > 1:1994824/1‑148 (MQ=255)
tGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGc < 1:1539411/148‑1 (MQ=255)
ggTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGt < 1:523021/148‑1 (MQ=255)
ggTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGt > 2:2545593/1‑148 (MQ=255)
gTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTg < 1:340431/148‑1 (MQ=255)
gTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTg < 1:2330211/148‑1 (MQ=255)
tATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCg < 1:12084/148‑1 (MQ=255)
tATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCg > 2:2650442/1‑148 (MQ=255)
tCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTa > 2:3201304/1‑148 (MQ=255)
cGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTaa > 1:301913/1‑148 (MQ=255)
gACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAAt < 1:1130684/148‑1 (MQ=255)
aCTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAAta < 2:126729/148‑1 (MQ=255)
cTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAAtac < 2:2807022/148‑1 (MQ=255)
cTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAAtac > 2:767144/1‑148 (MQ=255)
tAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAAtact > 2:3467599/1‑148 (MQ=255)
cTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACa < 2:2493306/148‑1 (MQ=255)
gCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTCAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCg > 2:2075453/1‑148 (MQ=255)
aTTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGa < 1:2061534/148‑1 (MQ=255)
ttCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGAt < 1:3533500/148‑1 (MQ=255)
tCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGAtt < 1:2187758/148‑1 (MQ=255)
acacCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAAt < 1:2825283/148‑1 (MQ=255)
cacCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATg < 2:3188896/148‑1 (MQ=255)
tGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCg > 2:1707294/1‑148 (MQ=255)
gACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGt < 2:1540616/148‑1 (MQ=255)
aCATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTa > 1:3078241/1‑148 (MQ=255)
aCATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTa > 1:3078232/1‑148 (MQ=255)
cATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGAGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTTCGTAATACTACATCGCCGATTAAAATCCCGTAGGTaa > 1:3477819/1‑147 (MQ=255)
tGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCa < 1:708058/148‑1 (MQ=255)
ttcttcATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTa < 1:144753/148‑1 (MQ=255)
ttcttcATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTa < 1:1015347/148‑1 (MQ=255)
cttcATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAAc < 1:1123103/148‑1 (MQ=255)
cttcATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAAc < 1:2408547/148‑1 (MQ=255)
catcatTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCaa < 1:3316596/148‑1 (MQ=255)
atcatTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAAt < 1:2912624/148‑1 (MQ=255)
atTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTa > 2:3113070/1‑148 (MQ=255)
ttAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTaa > 1:163615/1‑148 (MQ=255)
tAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTaaa > 1:887403/1‑148 (MQ=255)
tAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTaaa > 2:41964/1‑148 (MQ=255)
tAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTaaa > 1:887401/1‑148 (MQ=255)
tAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTaaa < 2:2837340/148‑1 (MQ=255)
tAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTaaa > 2:473425/1‑148 (MQ=255)
tAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTaaa > 1:2099061/1‑148 (MQ=255)
gCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATc > 2:544723/1‑148 (MQ=255)
ccGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCg > 2:1466907/1‑148 (MQ=255)
cGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCgg > 2:2265319/1‑148 (MQ=255)
tttGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCa < 2:1258475/148‑1 (MQ=255)
ttGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCaa < 2:3565147/148‑1 (MQ=255)
cAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATc > 1:1078615/1‑148 (MQ=255)
cAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATc > 1:2707487/1‑148 (MQ=255)
ataatGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCca > 2:889871/1‑148 (MQ=255)
ataatGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCca > 2:2674284/1‑148 (MQ=255)
aatGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCcaac > 1:1283018/1‑148 (MQ=255)
aTAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAacaaca < 1:310010/148‑1 (MQ=255)
tAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACAt > 1:96302/1‑148 (MQ=255)
tAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACAt > 1:2777454/1‑148 (MQ=255)
aTTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACATtaa < 1:3347592/148‑1 (MQ=255)
ttcttcGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACATtaaa > 1:346008/1‑148 (MQ=255)
ttcttcGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACATtaaa > 1:1903306/1‑148 (MQ=255)
tcttcGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACATtaaat < 2:1078615/148‑1 (MQ=255)
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gCCCCCGTAGAGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACATTAAATAAAGa < 2:2352915/148‑1 (MQ=255)
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gTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACATTAAATAAAGATTCaga < 2:3248788/148‑1 (MQ=255)
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cGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACATTAAATAAAGATTCAGAGGCt < 1:3467637/148‑1 (MQ=255)
|
ACCTGCTGTCACGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACATTAAATAAAGATTCAGAGGCT > CP009273/1617352‑1617644
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
