Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,617,498 |
G→T |
38.7% |
R204S (CGC→AGC) |
dgcZ ← |
diguanylate cyclase, zinc‑sensing |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,617,498 | 0 | G | T | 38.7%
| 311.3
/ 236.2
| 240 | R204S (CGC→AGC) | dgcZ | diguanylate cyclase, zinc‑sensing |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (81/66); new base T (49/44); total (130/110) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.90e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
CACCTGCTGTCACGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACATTAAATAAAGATTCAGAGGCTC > CP009273/1617351‑1617645
|
acCTGCTGTCACGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGa < 1:395481/148‑1 (MQ=255)
tgTCACGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAAcc > 2:2582648/1‑148 (MQ=255)
gTCACGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCg > 2:2249215/1‑148 (MQ=255)
cACGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGtt < 1:2440153/148‑1 (MQ=255)
aCGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGttt > 2:1627853/1‑148 (MQ=255)
gTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGt < 1:1083471/148‑1 (MQ=255)
tAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTa < 1:3279527/148‑1 (MQ=255)
tGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATc > 2:1196376/1‑148 (MQ=255)
tGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATc < 2:1240720/148‑1 (MQ=255)
tGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCAcg > 1:1636950/1‑148 (MQ=255)
atatGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATCAACCGTTTCGTAATCAcgcg > 2:307678/1‑148 (MQ=255)
tGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTcc > 2:2692900/1‑148 (MQ=255)
tCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTgg < 2:2453241/148‑1 (MQ=255)
gAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCta < 2:2732951/148‑1 (MQ=255)
aaTGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCtaa < 1:389223/148‑1 (MQ=255)
aaTGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCtaa < 1:2181330/148‑1 (MQ=255)
aTGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCtaag > 2:2489462/1‑148 (MQ=255)
aTGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCtaag > 1:3555585/1‑148 (MQ=255)
aTGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCtaag > 2:2135758/1‑148 (MQ=255)
tgtgtgATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCtaagt < 1:3216054/148‑1 (MQ=255)
gATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGtt > 2:3106802/1‑148 (MQ=255)
tGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGc > 2:737264/1‑148 (MQ=255)
tGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGc > 2:296579/1‑148 (MQ=255)
gCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCa > 2:1052260/1‑148 (MQ=255)
tGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACATGCACGACATGCTTCTTCATCATTATCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAggg > 1:1605900/1‑148 (MQ=255)
ggTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGt < 1:3030064/148‑1 (MQ=255)
ttATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGc > 1:1516210/1‑148 (MQ=255)
tCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTa > 1:2699510/1‑148 (MQ=255)
cGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTaa > 2:2421197/1‑148 (MQ=255)
cGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTaa < 1:234958/148‑1 (MQ=255)
cGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTaa > 2:1620438/1‑148 (MQ=255)
aCTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAAta > 1:432411/1‑148 (MQ=255)
aCTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAAta > 2:141703/1‑148 (MQ=255)
cTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAAtac > 1:2480668/1‑148 (MQ=255)
aCTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAAtactac > 1:2525597/1‑148 (MQ=255)
aCTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAACCCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAAtactac < 2:1588897/148‑1 (MQ=255)
cTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATGAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACa < 2:1295454/148‑1 (MQ=255)
tGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACAt < 1:1422623/148‑1 (MQ=255)
ggCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATc > 1:3118575/1‑148 (MQ=255)
cAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGc > 1:3043390/1‑148 (MQ=255)
cAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGc > 1:2744796/1‑148 (MQ=255)
aaTTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCg < 2:2998258/148‑1 (MQ=255)
aaTTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAAGAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCg < 1:3126601/148‑1 (MQ=255)
aTTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGTCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGa > 1:1042005/1‑148 (MQ=255)
aTTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGa < 2:2711962/148‑1 (MQ=255)
aTTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGa > 2:54062/1‑148 (MQ=255)
ttCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTAATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGAt > 2:630898/1‑148 (MQ=255)
tGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTaa < 2:1439181/148‑1 (MQ=255)
gACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTaaa > 1:907604/1‑148 (MQ=255)
gACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTaaa > 1:907630/1‑148 (MQ=255)
acacCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAAt > 2:2675535/1‑148 (MQ=255)
cGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAgg < 1:94286/148‑1 (MQ=255)
cGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAgg > 2:3360004/1‑148 (MQ=255)
gACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGt < 2:3505683/148‑1 (MQ=255)
gACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGt < 2:3443939/148‑1 (MQ=255)
cATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTAt > 1:2178227/1‑148 (MQ=255)
aTGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATc < 2:115583/148‑1 (MQ=255)
aTGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATc > 1:1615251/1‑148 (MQ=255)
aTGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATc < 2:2314977/148‑1 (MQ=255)
gCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCAt > 2:2837404/1‑148 (MQ=255)
ttcttcATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTa > 1:2276722/1‑148 (MQ=255)
ttcttcATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTa < 2:1946974/148‑1 (MQ=255)
ttcttcATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTa > 2:493948/1‑148 (MQ=255)
tcttcATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTaa > 2:1531737/1‑148 (MQ=255)
tcttcATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTaa > 2:845032/1‑148 (MQ=255)
tcttcATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTaa > 2:187648/1‑148 (MQ=255)
cttcATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAAc > 1:924025/1‑148 (MQ=255)
ttcATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAAcc < 2:3555585/148‑1 (MQ=255)
ttcATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAAcc > 1:1087484/1‑148 (MQ=255)
tcatcaTTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCa < 2:2789019/148‑1 (MQ=255)
catcatTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCNAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCaa < 1:1802690/148‑1 (MQ=255)
tcatTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAAtt < 1:13826/148‑1 (MQ=255)
catTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAAttt > 2:3216857/1‑148 (MQ=255)
atTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTa > 2:1517034/1‑148 (MQ=255)
ttAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTaa > 1:1268196/1‑148 (MQ=255)
aGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAAt < 1:786570/148‑1 (MQ=255)
gCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATc < 1:2897289/148‑1 (MQ=255)
ccGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCg > 1:3227090/1‑148 (MQ=255)
cGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCgg < 1:55014/148‑1 (MQ=255)
gCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGt < 1:3360004/148‑1 (MQ=255)
cTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTc > 1:1200248/1‑148 (MQ=255)
tGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCTGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAat < 2:2078480/148‑1 (MQ=255)
gACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAata < 1:1897286/148‑1 (MQ=255)
aCAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAatat > 1:2066347/1‑148 (MQ=255)
aataatGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATcc > 1:3335989/1‑148 (MQ=255)
ataatGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCca < 2:2405097/148‑1 (MQ=255)
ataatGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCca > 2:2830653/1‑148 (MQ=255)
taatGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCcaa > 2:849244/1‑148 (MQ=255)
atGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCcaaca > 1:278978/1‑148 (MQ=255)
tAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACAt > 2:1070289/1‑148 (MQ=255)
tAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACAt > 1:2980068/1‑148 (MQ=255)
cttcGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACATtaaata > 1:352078/1‑148 (MQ=255)
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gTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACATTAAATAAAGATTCaga < 2:1976615/148‑1 (MQ=255)
gATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACATTAAATAAAGATTCAGAGGCTc < 1:517644/148‑1 (MQ=255)
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CACCTGCTGTCACGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACATTAAATAAAGATTCAGAGGCTC > CP009273/1617351‑1617645
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
