Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,403,534 |
C→T |
100% |
intergenic (+224/‑105) |
prmA → / → dusB |
methyltransferase for 50S ribosomal subunit protein L11/tRNA‑dihydrouridine synthase B |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,403,534 | 0 | C | T | 95.6%
| 813.5
/ 20.6
| 252 | intergenic (+224/‑105) | prmA/dusB | methyltransferase for 50S ribosomal subunit protein L11/tRNA‑dihydrouridine synthase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/4); new base T (144/96); total (152/100) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
CGCAAATTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCG > CP009273/3403389‑3403678
|
aaaTTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCCTAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATGATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGa < 2:3399842/148‑1 (MQ=255)
aaaTTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACGTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGa < 2:3469977/148‑1 (MQ=255)
aaTTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGAt > 1:1140405/1‑148 (MQ=255)
aTTTGCGTTCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATc < 1:586068/148‑1 (MQ=255)
tttGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATcc < 1:1009212/148‑1 (MQ=255)
tttGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTGTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATcc > 1:2569487/1‑148 (MQ=255)
ttGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCa < 2:3368325/148‑1 (MQ=255)
ttGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCa > 1:2630133/1‑148 (MQ=255)
tGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCAt < 2:2729436/148‑1 (MQ=255)
cGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCAtct < 2:326931/148‑1 (MQ=255)
cGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCAtct < 2:1295839/148‑1 (MQ=255)
tGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCa > 2:2398878/1‑148 (MQ=255)
gCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCag > 2:2052817/1‑148 (MQ=255)
ccAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCaga < 2:402638/148‑1 (MQ=255)
cAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCagag > 2:2559358/1‑148 (MQ=255)
aaaTTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGa < 1:3068213/148‑1 (MQ=255)
aaTTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGAt < 1:1732726/148‑1 (MQ=255)
aaTTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGAt < 1:25800/148‑1 (MQ=255)
tttCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGAt < 2:674927/145‑1 (MQ=255)
ttcattcaTAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGt < 2:3119691/148‑1 (MQ=255)
attcatAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCaa > 2:61694/1‑148 (MQ=255)
tcatAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAg < 2:308657/148‑1 (MQ=255)
tAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGttt < 1:3439005/148‑1 (MQ=255)
aaaGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTg > 2:1657469/1‑148 (MQ=255)
aaaGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTg > 2:1211805/1‑148 (MQ=255)
aaaGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTg > 2:1142245/1‑148 (MQ=255)
aGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGc > 1:2477437/1‑148 (MQ=255)
aGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGc < 1:2357092/148‑1 (MQ=255)
aaaaaTTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCt < 2:2009500/148‑1 (MQ=255)
aaaaaTTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCt > 2:464137/1‑148 (MQ=255)
aaaaaTTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCt > 2:2871387/1‑148 (MQ=255)
aaaaTTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCtt < 2:2912015/148‑1 (MQ=255)
aaaTTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCttt > 1:148591/1‑148 (MQ=255)
ttGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAt > 1:1407181/1‑148 (MQ=255)
tGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAtc > 2:3104506/1‑148 (MQ=255)
aaCTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGt > 1:1539149/1‑148 (MQ=255)
aaCTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGt > 1:2892562/1‑148 (MQ=255)
ttACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCa > 2:523959/1‑148 (MQ=255)
ttACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTATAATATGATGATTTTTATTAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGAAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTgaa > 2:3500950/1‑146 (MQ=255)
tCAAATTTCATTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCaaaaa < 1:2240630/148‑1 (MQ=255)
cAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCaaaaaa > 2:2218426/1‑148 (MQ=255)
tttCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCg > 2:390786/1‑148 (MQ=255)
tttCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCg > 1:924172/1‑148 (MQ=255)
ttCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGt < 1:2052828/148‑1 (MQ=255)
ttCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGt < 1:61694/148‑1 (MQ=255)
ttCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGAGt > 2:1213028/1‑148 (MQ=255)
ttCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATAAGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTTTCCTTTCAACTATTGCAAAAAATGCga > 2:1965040/1‑147 (MQ=255)
tCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTa > 1:1962312/1‑148 (MQ=255)
tGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAatat < 2:1785236/148‑1 (MQ=255)
gAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAAtata < 1:2036997/148‑1 (MQ=255)
aGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATAc > 2:1136975/1‑148 (MQ=255)
gtgtAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATAcg < 2:80093/148‑1 (MQ=255)
tgtAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATAcgc < 1:2191686/148‑1 (MQ=255)
tgtAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATAcgc > 2:2837357/1‑148 (MQ=255)
tgtAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATAcgc > 2:1632249/1‑148 (MQ=255)
gtAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATAcgcc > 2:2306981/1‑148 (MQ=255)
ttttAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCtt > 1:753807/1‑148 (MQ=255)
tttAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTg > 1:1045943/1‑148 (MQ=255)
tttAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTg > 1:2825915/1‑148 (MQ=255)
ttAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGc > 2:2064912/1‑148 (MQ=255)
aGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGAGTAATATACGCCGCCTTGCAg > 2:143791/1‑148 (MQ=255)
gTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGt > 1:3452184/1‑148 (MQ=255)
tCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTc < 1:71181/148‑1 (MQ=255)
tCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTc > 1:2781647/1‑148 (MQ=255)
cACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTca < 2:506978/148‑1 (MQ=255)
aCTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTcac > 2:1035664/1‑148 (MQ=255)
aTTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGt < 2:1677993/148‑1 (MQ=255)
ttttCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTa > 1:652496/1‑148 (MQ=255)
tttCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCttt < 2:698539/99‑1 (MQ=255)
aaTATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCa < 1:3180597/148‑1 (MQ=255)
tatGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCAtt > 1:669731/1‑148 (MQ=255)
atgatgATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCAttt < 1:2875142/148‑1 (MQ=255)
tgatgaTTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTc < 2:1563433/148‑1 (MQ=255)
gatgatTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCt > 2:1009246/1‑148 (MQ=255)
tgatTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTa > 1:2674787/1‑148 (MQ=255)
gatTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTaa > 1:2207557/1‑148 (MQ=255)
gatTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTaa > 1:3504697/1‑148 (MQ=255)
ttttATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTc < 1:274616/148‑1 (MQ=255)
tATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATg > 1:2128174/1‑148 (MQ=255)
tGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATgcg > 2:2671834/1‑148 (MQ=255)
tGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATgcg > 2:2671758/1‑148 (MQ=255)
tGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATgcg > 2:1088272/1‑148 (MQ=255)
gAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATgcgc < 1:3299755/148‑1 (MQ=255)
gTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCAt < 2:2547090/148‑1 (MQ=255)
aTTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCgg < 1:1632354/148‑1 (MQ=255)
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tCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACaa < 1:395861/148‑1 (MQ=255)
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ANTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTG > SRR19973066.2844899/1‑150 (MQ=60)
TAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGT > SRR19973066.3475266/1‑150 (MQ=60)
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TTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCG < SRR19973066.2020010/150‑1 (MQ=60)
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TACGCAAATTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCG > CP009273/3403387‑3403683
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
