Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,403,534 |
C→T |
100% |
intergenic (+224/‑105) |
prmA → / → dusB |
methyltransferase for 50S ribosomal subunit protein L11/tRNA‑dihydrouridine synthase B |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,403,534 | 0 | C | T | 98.0%
| 822.0
/ 4.7
| 248 | intergenic (+224/‑105) | prmA/dusB | methyltransferase for 50S ribosomal subunit protein L11/tRNA‑dihydrouridine synthase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/2); new base T (128/115); total (131/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
CGCAAATTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCG > CP009273/3403389‑3403678
|
cAAATTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTg < 1:1208928/148‑1 (MQ=255)
aTTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATc < 2:2340528/148‑1 (MQ=255)
tttGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATcc < 2:1002436/148‑1 (MQ=255)
tttGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATcc > 1:2469496/1‑148 (MQ=255)
tGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCa > 1:2675365/1‑148 (MQ=255)
tGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCa < 2:3628191/148‑1 (MQ=255)
cAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCAATATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCagag > 1:3023322/1‑148 (MQ=255)
aaTTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGAt < 1:2433076/148‑1 (MQ=255)
ttcattcaTAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGt > 2:938313/1‑148 (MQ=255)
attcatAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCaa < 2:889032/148‑1 (MQ=255)
ttcatAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCaaa < 1:2186980/148‑1 (MQ=255)
ttcatAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCaaa < 1:2187013/148‑1 (MQ=255)
tcatAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAg > 2:1181007/1‑148 (MQ=255)
tAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGttt > 2:1724693/1‑148 (MQ=255)
aaaGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTg > 1:1961196/1‑148 (MQ=255)
aaaaaTTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCt > 1:1732164/1‑148 (MQ=255)
aaaaaTTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCt > 2:3209608/1‑148 (MQ=255)
aaaaTTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCtt < 2:1055249/148‑1 (MQ=255)
aaTTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAATGTTTGGCCTTTc > 2:557247/1‑148 (MQ=255)
aaTTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTc > 2:2133558/1‑148 (MQ=255)
aaTTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTc < 1:3566632/148‑1 (MQ=255)
aTTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCa > 1:2282839/1‑148 (MQ=255)
aTTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCa < 1:3502855/148‑1 (MQ=255)
aTTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCa > 2:1311880/1‑148 (MQ=255)
ttGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGTTCAAAGTTTGGCCTTTCAt > 2:2580895/1‑148 (MQ=255)
agaACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAtctc > 2:531281/1‑148 (MQ=255)
aaCTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGt > 1:3113297/1‑148 (MQ=255)
ttACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCa > 2:2754022/1‑148 (MQ=255)
tACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCaa > 1:1090131/1‑148 (MQ=255)
cAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCaaaaaa > 1:3629627/1‑148 (MQ=255)
aaTTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATg > 1:1412184/1‑148 (MQ=255)
aTTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTCATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCATAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAAGGc > 2:335075/1‑148 (MQ=255)
aTTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGc > 2:334399/1‑148 (MQ=255)
ttCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGt > 1:2872095/1‑148 (MQ=255)
tCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTa < 1:466544/148‑1 (MQ=255)
cTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTaa > 1:531202/1‑148 (MQ=255)
tttGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAat < 1:2579108/148‑1 (MQ=255)
tttGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAat < 2:2242290/148‑1 (MQ=255)
tGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAatat < 1:2031613/148‑1 (MQ=255)
gAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAAtata < 2:178807/148‑1 (MQ=255)
gAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAAtata < 2:333553/148‑1 (MQ=255)
gAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAAtata < 1:3277645/148‑1 (MQ=255)
tgtAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATAcgc > 2:306413/1‑148 (MQ=255)
tAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATAcgccg < 1:682851/148‑1 (MQ=255)
aaaTTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATAcgccgc < 1:642642/148‑1 (MQ=255)
tttAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTg < 2:2200249/148‑1 (MQ=255)
ttAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGACGCCTTGc > 1:2320085/1‑148 (MQ=255)
tAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCa < 2:1732164/148‑1 (MQ=255)
gTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGt < 2:1986091/148‑1 (MQ=255)
cACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTca < 1:3482843/148‑1 (MQ=255)
cACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTca > 2:438120/1‑148 (MQ=255)
aTTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGt < 1:3341387/148‑1 (MQ=255)
ttttCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTa > 1:3747788/1‑148 (MQ=255)
ttttCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTa < 2:3747788/148‑1 (MQ=255)
tttCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTAt > 2:3735099/1‑148 (MQ=255)
tCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATgg > 1:2480886/1‑148 (MQ=255)
atatGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCAt < 1:2098627/148‑1 (MQ=255)
atatGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCAt > 1:2389744/1‑148 (MQ=255)
tatGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCAtt > 2:1087889/1‑148 (MQ=255)
atgatgATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCAttt > 1:2209947/1‑148 (MQ=255)
tgatgaTTTTTATGAGTAATTAGCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTc < 2:2949995/148‑1 (MQ=255)
atgatTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCtt > 1:1151460/1‑148 (MQ=255)
atgatTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCtt > 2:416566/1‑148 (MQ=255)
gatTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTaa < 2:3732583/148‑1 (MQ=255)
tttttATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACt < 1:938313/148‑1 (MQ=255)
ttttATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTc < 1:3235500/148‑1 (MQ=255)
tttATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTTGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCa < 1:686854/148‑1 (MQ=255)
tttATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCa < 1:2603883/148‑1 (MQ=255)
ttATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCAt > 1:2477719/1‑148 (MQ=255)
gAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATgcgc > 2:714115/1‑148 (MQ=255)
gTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCAt > 2:1432844/1‑148 (MQ=255)
tAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATc > 2:3818827/1‑148 (MQ=255)
ttATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGa > 2:2433164/1‑148 (MQ=255)
tATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGAc > 2:2690866/1‑148 (MQ=255)
aTCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACa < 2:1335454/148‑1 (MQ=255)
tCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACaa < 2:1116637/148‑1 (MQ=255)
tCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACaa > 2:640587/1‑148 (MQ=255)
tCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACaa < 2:3023322/148‑1 (MQ=255)
cGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAat < 1:896874/148‑1 (MQ=255)
cGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAat < 2:2989749/148‑1 (MQ=255)
cGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGCATTGGTCAAAGTTTGGCCTGTCATCTCGTGCAAAAAATGAGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGTTCATATCTTAACTCATGCGCATCGGACAat > 2:2882972/1‑148 (MQ=255)
cGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATATTTTGATCCATCTCAGAGTATTCGTCAAAGTTTGGCCTAACATCTCGTGAAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGTTCATTACTTAACTCAAGCGCATCGGACCat > 1:843963/1‑148 (MQ=255)
caccacGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAatat < 1:2990068/148‑1 (MQ=255)
ccacGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCa > 2:50467/1‑148 (MQ=255)
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cacGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAg < 1:2751502/148‑1 (MQ=255)
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ATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTAT > SRR19973069.2851254/1‑150 (MQ=60)
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TTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCG > SRR19973069.2134966/1‑150 (MQ=60)
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CGCAAATTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCAGCG > CP009273/3403389‑3403683
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
