Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,407,007 |
G→A |
100% |
intergenic (‑183/‑216) |
acrS ← / → acrE |
acrAB operon transcriptional repressor/cytoplasmic membrane lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,407,007 | 0 | G | A | 96.0%
| 794.9
/ 17.4
| 247 | intergenic (‑183/‑216) | acrS/acrE | acrAB operon transcriptional repressor/cytoplasmic membrane lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/5); new base A (107/130); total (112/135) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.59e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
GTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTA > CP009273/3406862‑3407150
|
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tGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGtt > 2:2626206/1‑148 (MQ=255)
gaAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTa > 1:2626515/1‑148 (MQ=255)
aaTAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAAtt > 1:2138657/1‑148 (MQ=255)
aaTAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAAtt < 1:292160/148‑1 (MQ=255)
aaTAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAAtt < 1:2301683/148‑1 (MQ=255)
tAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCt > 1:1190695/1‑148 (MQ=255)
tAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCt > 2:1690147/1‑148 (MQ=255)
cGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGcc > 1:840993/1‑148 (MQ=255)
gAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTCTTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCct > 2:2109454/1‑148 (MQ=255)
gAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCct < 2:2959583/148‑1 (MQ=255)
aaGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCctc < 1:1423935/148‑1 (MQ=255)
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gTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCttt < 1:1543709/148‑1 (MQ=255)
tAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCa > 2:1571318/1‑148 (MQ=255)
cTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAAccc > 1:969179/1‑148 (MQ=255)
cTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACAGCAATATATATTTCAATTTACGAAGTGTTAAGTCTGGGTCTTTCTAccc > 1:3300487/1‑148 (MQ=255)
tCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCcgcg > 2:501790/1‑148 (MQ=255)
cACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGt < 1:2161679/148‑1 (MQ=255)
cACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGt > 2:239400/1‑148 (MQ=255)
cACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGt < 1:38019/148‑1 (MQ=255)
ccTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCa > 1:564419/1‑148 (MQ=255)
cTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCaa > 1:532676/1‑148 (MQ=255)
tAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCaaa < 1:2938746/148‑1 (MQ=255)
tgtgTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATa < 1:2854062/148‑1 (MQ=255)
gtgtATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATaa > 1:2384328/1‑148 (MQ=255)
tgtATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATaaa < 2:1367824/148‑1 (MQ=255)
gtATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATaaaa > 2:1371811/1‑148 (MQ=255)
aTTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACa < 2:1910675/148‑1 (MQ=255)
ttATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCTTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGt < 1:3463033/148‑1 (MQ=255)
ttATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGt > 2:2256034/1‑148 (MQ=255)
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aagagaGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGaa < 2:87216/146‑1 (MQ=255)
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aCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGaa < 1:2326217/148‑1 (MQ=255)
aCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGaa < 1:2326249/148‑1 (MQ=255)
cGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAat > 1:1224436/1‑148 (MQ=255)
agGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTa < 2:594430/148‑1 (MQ=255)
gCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAt < 2:2973612/148‑1 (MQ=255)
cTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATc > 2:521767/1‑148 (MQ=255)
aaTATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCtt < 1:2539249/148‑1 (MQ=255)
aaTATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCtt < 1:3415566/148‑1 (MQ=255)
atatTGATTTGATATTTATCTTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTAAATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCttt < 1:1851190/148‑1 (MQ=255)
atTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCttttg > 2:2853435/1‑147 (MQ=255)
ttGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCtttttt > 2:2387625/1‑148 (MQ=255)
ttGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCtttttt > 2:1231779/1‑148 (MQ=255)
ttGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTCTTCTTTTTTTgtgt > 2:3064425/1‑148 (MQ=255)
tGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGtt > 2:2269934/1‑148 (MQ=255)
tGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGtt > 2:1719811/1‑148 (MQ=255)
aaaTCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCATCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTAtgtg < 2:421034/148‑1 (MQ=255)
aTCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGcc < 1:1019469/148‑1 (MQ=255)
aTCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGcc < 1:3203307/148‑1 (MQ=255)
ttAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTga > 1:878141/1‑148 (MQ=255)
ataaataaTATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATg > 1:2871012/1‑148 (MQ=255)
ataaataaTATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATg > 1:2300552/1‑148 (MQ=255)
ataaataaTATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATg > 2:3422311/1‑148 (MQ=255)
ataaataaTATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATg < 2:350212/148‑1 (MQ=255)
aaataaTATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGcc > 2:561803/1‑148 (MQ=255)
ataataTATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTg > 2:3174572/1‑148 (MQ=255)
taataTATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGt < 1:3566605/148‑1 (MQ=255)
atatatTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTc > 1:408090/1‑148 (MQ=255)
atatatTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTc < 1:2599016/148‑1 (MQ=255)
tatatTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCa > 1:223208/1‑148 (MQ=255)
tatatTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCa > 2:1058030/1‑148 (MQ=255)
atatTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCAt > 2:141178/1‑148 (MQ=255)
tattTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACt < 2:943286/148‑1 (MQ=255)
attTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTa < 1:251801/148‑1 (MQ=255)
tACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTc < 1:1571318/148‑1 (MQ=255)
aCCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTcc > 2:1423195/1‑148 (MQ=255)
aCCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTcc > 2:3145160/1‑148 (MQ=255)
tAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTa < 2:190633/148‑1 (MQ=255)
tAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTa < 1:2701379/148‑1 (MQ=255)
aGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACa > 2:2193301/1‑148 (MQ=255)
aTACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATc > 2:1075128/1‑148 (MQ=255)
tACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATcg < 2:87922/148‑1 (MQ=255)
aCATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATcga < 2:1936470/148‑1 (MQ=255)
cATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTGGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATcgac > 1:27720/1‑148 (MQ=255)
aTTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATcgacg > 2:1206375/1‑148 (MQ=255)
ttCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATcgacga < 1:2312430/148‑1 (MQ=255)
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TAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTT < SRR19973066.561643/150‑1 (MQ=60)
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AAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTATTTTT < SRR19973066.408498/150‑1 (MQ=60)
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CAGAGTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTATTTTTC > CP009273/3406858‑3407156
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
