Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,407,007 |
G→A |
100% |
intergenic (‑183/‑216) |
acrS ← / → acrE |
acrAB operon transcriptional repressor/cytoplasmic membrane lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,407,007 | 0 | G | A | 97.8%
| 726.5
/ 2.8
| 220 | intergenic (‑183/‑216) | acrS/acrE | acrAB operon transcriptional repressor/cytoplasmic membrane lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/1); new base A (100/115); total (104/116) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.92e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
AGTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTATT > CP009273/3406861‑3407152
|
agTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGt > 1:3246107/1‑149 (MQ=255)
aaaaTAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAAt < 1:1730792/149‑1 (MQ=255)
aaaaTAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAAt < 1:3775089/149‑1 (MQ=255)
aaaTAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAAtt < 2:1740/149‑1 (MQ=255)
aaTAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTc < 1:2390344/149‑1 (MQ=255)
aGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGc > 1:2428690/1‑149 (MQ=255)
aGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGc < 2:2405068/149‑1 (MQ=255)
gCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGcc < 1:460981/149‑1 (MQ=255)
gAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCctc < 1:3822654/149‑1 (MQ=255)
gAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCctc > 2:3815295/1‑149 (MQ=255)
ggTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCttt > 2:354750/1‑149 (MQ=255)
ggTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCttt > 2:354837/1‑149 (MQ=255)
ggTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTACAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCttt > 1:3552273/1‑149 (MQ=255)
ttAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCa > 1:2867368/1‑149 (MQ=255)
aaTCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAAc > 1:3768077/1‑149 (MQ=255)
aTCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGATATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAAcc < 2:2333843/149‑1 (MQ=255)
tCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAAccc < 1:116690/149‑1 (MQ=255)
aTCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCcgcg > 2:1163454/1‑149 (MQ=255)
tCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGt < 1:3507794/149‑1 (MQ=255)
tCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGt < 1:4026028/149‑1 (MQ=255)
aCCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCa > 2:1863863/1‑149 (MQ=255)
aCCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCa > 2:315429/1‑149 (MQ=255)
cTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATAAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTTACTCTTTCAACCCTCGTCaaa > 2:3803310/1‑149 (MQ=255)
tAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCaaaa < 2:257612/149‑1 (MQ=255)
tAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCaaaa < 2:3640269/149‑1 (MQ=255)
tAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCaaaa < 1:1928540/149‑1 (MQ=255)
gtgtATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATaaa < 1:3554513/149‑1 (MQ=255)
gtATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAAc < 1:2114588/149‑1 (MQ=255)
gtATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAAc > 2:3010462/1‑149 (MQ=255)
tATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACa > 1:2750620/1‑149 (MQ=255)
tttATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGt > 2:2199336/1‑149 (MQ=255)
ttATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTa < 1:1260411/149‑1 (MQ=255)
tataCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCTTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAg < 1:159014/149‑1 (MQ=255)
taCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGaa < 1:1545955/149‑1 (MQ=255)
aCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAat > 2:3406957/1‑149 (MQ=255)
aCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAat > 2:383553/1‑149 (MQ=255)
gagaGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAatat < 2:3440659/149‑1 (MQ=255)
agagGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGCCAAAATAAAACAGTAGAATAtt < 1:693308/149‑1 (MQ=255)
atatTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑Ctttt > 1:3306585/1‑149 (MQ=255)
tatTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑Cttttt > 2:764877/1‑149 (MQ=255)
ttGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑Cttttttt < 1:2806813/149‑1 (MQ=255)
aGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTtgtg < 1:3506860/149‑1 (MQ=255)
aGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTtgtg < 1:1460530/149‑1 (MQ=255)
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ttGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGtt < 1:1003430/149‑1 (MQ=255)
gCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTa > 2:2598984/1‑149 (MQ=255)
taAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTAtgtg < 2:204531/149‑1 (MQ=255)
taAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTAtgtg > 1:1126582/1‑149 (MQ=255)
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aaTCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGcc < 2:2750620/149‑1 (MQ=255)
tCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGACTAGTAAT‑CTTTTTGGGGGTTGATGTGCGtt > 1:2765946/1‑149 (MQ=255)
aaataaatAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGAt < 2:1191250/149‑1 (MQ=255)
taaataaTATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGcc < 2:1011199/149‑1 (MQ=255)
taaataaTATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGcc > 2:1487457/1‑149 (MQ=255)
ataataTATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGt > 2:1897440/1‑149 (MQ=255)
tatatTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTAAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCAt < 1:3270292/149‑1 (MQ=255)
atatTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATa < 2:3306585/149‑1 (MQ=255)
atagTAATTACCTAAGATACATTCACTACATCAATAAATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCATTGAGATGCCTGTATTCATa > 2:1316017/1‑149 (MQ=255)
tattatTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATaa > 1:3845697/1‑149 (MQ=255)
attattTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAAc < 1:3805551/149‑1 (MQ=255)
attattTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAAc < 1:985854/149‑1 (MQ=255)
ttattTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACt < 2:2761046/149‑1 (MQ=255)
attTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTAt > 1:1533500/1‑149 (MQ=255)
tttACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTAtt > 1:3068417/1‑149 (MQ=255)
ttACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTc < 2:1672374/149‑1 (MQ=255)
ttACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTATTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTc < 1:1812009/149‑1 (MQ=255)
aCCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCt > 1:3005698/1‑149 (MQ=255)
aCCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCt < 1:3148394/149‑1 (MQ=255)
aCCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCt < 2:4033929/149‑1 (MQ=255)
ccTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCtt > 1:2656588/1‑149 (MQ=255)
ccTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCtt < 1:1228919/149‑1 (MQ=255)
aaGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACa > 2:1387452/1‑149 (MQ=255)
aaGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACa < 2:2867368/149‑1 (MQ=255)
aGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACAt > 2:1654268/1‑149 (MQ=255)
aGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACAt > 2:3497494/1‑149 (MQ=255)
gATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATc < 2:1087/149‑1 (MQ=255)
atacatacACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGAGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑ATTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATcg > 2:1772458/1‑149 (MQ=255)
cACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATg > 2:924296/1‑149 (MQ=255)
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ATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTG > SRR19973068.2084020/1‑150 (MQ=60)
ATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGACTAGTAAT‑CTTTTTgggggttgatgtgcgtt > SRR19973068.2782982/1‑133 (MQ=60)
ATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTA < SRR19973068.2632089/150‑1 (MQ=60)
TATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCATTGAGATTCCTGTATTCA > SRR19973068.2743658/1‑150 (MQ=60)
ATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCAT < SRR19973068.3793431/150‑1 (MQ=60)
TATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATA > SRR19973068.1687398/1‑150 (MQ=60)
TATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTAAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATA < SRR19973068.3290361/150‑1 (MQ=60)
ATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAA > SRR19973068.3868909/1‑150 (MQ=60)
ATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACT < SRR19973068.992348/150‑1 (MQ=60)
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ATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACA < SRR19973068.3828384/150‑1 (MQ=60)
TTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCGTTGAGATGCCTGTATTCATAACTA > SRR19973068.1957967/1‑150 (MQ=60)
TATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTAT > SRR19973068.744603/1‑150 (MQ=60)
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ACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTT > SRR19973068.2673212/1‑150 (MQ=60)
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TAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACA > SRR19973068.2417811/1‑150 (MQ=60)
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CTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATA > SRR19973068.1168515/1‑150 (MQ=60)
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AATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGAGAATTTGTAGGATAGCGAACT > SRR19973068.3471019/1‑150 (MQ=60)
TACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTAT > SRR19973068.3006079/1‑150 (MQ=60)
CGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTATTT < SRR19973068.3341801/150‑1 (MQ=60)
|
GAGTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTATTT > CP009273/3406860‑3407153
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
