Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F534 I1 R1
|
1235 |
230.2 |
7611948 |
95.1% |
7238962 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
238,303 |
A→T |
V496V (GTT→GTA) |
fadE ← |
acyl coenzyme A dehydrogenase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 238,303 | 0 | A | T | 99.5%
| 715.4
/ NA
| 214 | V496V (GTT→GTA) | fadE | acyl coenzyme A dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (113/100); total (114/100) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
TGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGATACTTAACGATAGCCGA > CP009273/238157‑238449
|
tGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACg > 1:335391/1‑150 (MQ=255)
tGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACg > 1:3720593/1‑150 (MQ=255)
aCCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGt > 1:2681593/1‑150 (MQ=255)
gATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGAt < 1:1112297/150‑1 (MQ=255)
gATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGAt > 2:2720903/1‑150 (MQ=255)
gATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGAt < 1:1687496/150‑1 (MQ=255)
gATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGAt < 2:1892412/150‑1 (MQ=255)
gATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGAt < 2:873598/150‑1 (MQ=255)
gATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGAt < 1:3642445/150‑1 (MQ=255)
atatGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATg > 2:2598633/1‑150 (MQ=255)
tatGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATgg > 2:1595727/1‑150 (MQ=255)
tatGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATgg > 2:3491000/1‑150 (MQ=255)
gTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATTCTGCAGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGTTGATGGCaa > 1:2938443/1‑150 (MQ=255)
gTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCaa > 1:1713014/1‑150 (MQ=255)
gTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCaa > 1:72027/1‑150 (MQ=255)
ttGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATc < 1:1953245/150‑1 (MQ=255)
ttGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATc < 1:3615371/150‑1 (MQ=255)
tGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCg > 2:3312069/1‑150 (MQ=255)
gAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCgg > 1:1177407/1‑150 (MQ=255)
caacaGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTgc < 2:72027/150‑1 (MQ=255)
caacaGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTgc > 2:1010367/1‑150 (MQ=255)
tATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGt > 1:1835114/1‑150 (MQ=255)
aaCGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCa > 1:3083938/1‑150 (MQ=255)
aCGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCAc > 2:3587324/1‑150 (MQ=255)
ttaCGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCACCGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCa > 2:1582112/3‑150 (MQ=255)
ttaCGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCa < 2:1797440/148‑1 (MQ=255)
ttaCGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCa > 2:1580257/3‑150 (MQ=255)
gTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGaa > 2:1148368/1‑150 (MQ=255)
ttGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTg > 1:2607197/1‑150 (MQ=255)
ttGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTg < 2:1467642/150‑1 (MQ=255)
gTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCt > 2:2248183/1‑150 (MQ=255)
tcttcGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCttt < 1:989900/150‑1 (MQ=255)
tcttcGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCttt > 1:1485136/1‑150 (MQ=255)
tcttcGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCttt > 1:1158510/1‑150 (MQ=255)
ttcGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGc > 2:1797184/1‑150 (MQ=255)
tcGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGcc < 1:1255131/150‑1 (MQ=255)
ccgcTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGa > 1:2745360/1‑150 (MQ=255)
ccgcTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGa < 2:1713014/150‑1 (MQ=255)
gcTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGc > 1:478444/1‑150 (MQ=255)
ttCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCAt > 2:1329346/1‑150 (MQ=255)
ttCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCAt < 1:3344757/150‑1 (MQ=255)
tCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATa < 1:3106383/150‑1 (MQ=255)
tCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATa < 1:1773789/150‑1 (MQ=255)
ccATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATaa > 1:2178803/1‑150 (MQ=255)
ccATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATaa > 2:3531407/1‑150 (MQ=255)
cATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGTCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAAt > 1:2987002/1‑150 (MQ=255)
cATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAAt < 2:1834282/150‑1 (MQ=255)
cATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAAt > 1:2875499/1‑150 (MQ=255)
cATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAAt > 2:485569/1‑150 (MQ=255)
aTCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATg < 2:2736827/150‑1 (MQ=255)
tctcTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGc > 2:2388865/1‑150 (MQ=255)
cAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTAcc < 2:3627074/150‑1 (MQ=255)
cAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTAcc < 1:1142594/150‑1 (MQ=255)
aGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTAccg > 1:3455121/1‑150 (MQ=255)
tACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTa < 2:3287730/150‑1 (MQ=255)
cGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGACGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAat > 2:978862/1‑150 (MQ=255)
ggATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAata > 2:3062005/1‑150 (MQ=255)
ggATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAata > 1:2052767/1‑150 (MQ=255)
tGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATcc < 2:2681593/150‑1 (MQ=255)
tGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATcc > 2:3148601/1‑150 (MQ=255)
aaCGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCg < 2:772526/150‑1 (MQ=255)
aaCGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCg < 2:3094768/150‑1 (MQ=255)
aTCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCa > 2:693713/1‑150 (MQ=255)
aTCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCa < 1:510876/150‑1 (MQ=255)
tCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCTCCGGTAATATCCATCGCATCaa < 2:475708/150‑1 (MQ=255)
cGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCaat < 2:2072290/150‑1 (MQ=255)
cGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCaat > 2:348231/1‑150 (MQ=255)
cGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCaat < 2:3720593/150‑1 (MQ=255)
cTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCaataa < 2:3688671/150‑1 (MQ=255)
ccTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATc > 2:2772622/1‑150 (MQ=255)
cTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCg > 2:2016650/1‑150 (MQ=255)
cTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCg < 2:2568712/150‑1 (MQ=255)
tGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGAc > 1:2719136/1‑150 (MQ=255)
tCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGActg > 2:2153551/1‑150 (MQ=255)
ccGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGActgc > 1:3672220/1‑150 (MQ=255)
aaGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACtgctgc < 1:3587324/150‑1 (MQ=255)
aGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGcc < 1:2598633/150‑1 (MQ=255)
gATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGccc > 1:674201/1‑150 (MQ=255)
atcatcATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCcg > 2:2987517/1‑150 (MQ=255)
catcatGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCaataa > 2:2334334/1‑134 (MQ=255)
catcatGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCaataa < 1:2334842/134‑1 (MQ=255)
atGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTgg < 1:306345/150‑1 (MQ=255)
ctgcGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTa < 1:1369952/150‑1 (MQ=255)
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CAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACC < SRR19973061.1144673/150‑1 (MQ=60)
AGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCG > SRR19973061.3464006/1‑150 (MQ=60)
AGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCG > SRR19973061.1933405/1‑150 (MQ=60)
AGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCG > SRR19973061.3463985/1‑150 (MQ=60)
GGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATA > SRR19973061.2057929/1‑150 (MQ=60)
ATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCA < SRR19973061.512226/150‑1 (MQ=60)
TCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAA > SRR19973061.682507/1‑150 (MQ=60)
tgtgctcttccgatcTCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAA < SRR19973061.2340770/135‑1 (MQ=60)
tgtgctcttccgatcTCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAA < SRR19973061.2340262/135‑1 (MQ=60)
TGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGAC > SRR19973061.2726135/1‑150 (MQ=60)
TGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGAC > SRR19973061.2725118/1‑150 (MQ=60)
TGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGAC < SRR19973061.1613258/150‑1 (MQ=60)
TCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTG > SRR19973061.1600257/1‑150 (MQ=60)
CCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGC > SRR19973061.1780785/1‑150 (MQ=60)
CCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGC > SRR19973061.3681608/1‑150 (MQ=60)
CCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTATACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCGTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGC < SRR19973061.1589113/150‑1 (MQ=60)
AAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGC < SRR19973061.3596520/150‑1 (MQ=60)
AGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCC < SRR19973061.2605306/150‑1 (MQ=60)
AGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCC < SRR19973061.35122/150‑1 (MQ=60)
GATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCC > SRR19973061.675950/1‑150 (MQ=60)
ATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCG > SRR19973061.1157746/1‑150 (MQ=60)
ATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCG > SRR19973061.3073214/1‑150 (MQ=60)
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ATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGG < SRR19973061.307150/150‑1 (MQ=60)
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CTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTA < SRR19973061.1373416/150‑1 (MQ=60)
GCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACA < SRR19973061.3499921/150‑1 (MQ=60)
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GGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCCGCCCGCGGTGGGTACAGT < SRR19973061.1195595/150‑1 (MQ=60)
CAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGATA > SRR19973061.706244/1‑150 (MQ=60)
CAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGATA > SRR19973061.706246/1‑150 (MQ=60)
GAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGATACT < SRR19973061.1813882/150‑1 (MQ=60)
TGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGATACTTNA < SRR19973061.3787042/150‑1 (MQ=60)
TAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGATACTTAACGA > SRR19973061.3530986/1‑150 (MQ=60)
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CCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGATACTTAACGATAG > SRR19973061.1165713/1‑150 (MQ=60)
CCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGATACTTAACGATAGC > SRR19973061.1473698/1‑150 (MQ=60)
CCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGATACTTAACGATAGCC < SRR19973061.2110659/150‑1 (MQ=60)
TTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGATACTTAACGATAGCCGA > SRR19973061.2727926/1‑150 (MQ=60)
TACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGATACTTAACGATAGCCGACAG < SRR19973061.2024835/150‑1 (MQ=60)
|
ACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGATACTTAACGATAGCCGACAG > CP009273/238154‑238452
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
