Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
238,303 |
A→T |
26.7% |
V496V (GTT→GTA) |
fadE ← |
acyl coenzyme A dehydrogenase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 238,303 | 0 | A | T | 26.7%
| 498.8
/ 209.5
| 290 | V496V (GTT→GTA) | fadE | acyl coenzyme A dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (127/85); new base T (45/33); total (172/118) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.88e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
ACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGATACTTAACGATAGCCGACA > CP009273/238154‑238451
|
gACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACgg > 1:3742949/1‑150 (MQ=255)
gACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACgg < 1:1962949/150‑1 (MQ=255)
tgATATGTATGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCATCCATCTCTACCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCATGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGa > 2:3050509/2‑150 (MQ=255)
cGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGa > 2:2557379/1‑150 (MQ=255)
gATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGAt > 1:3533447/1‑150 (MQ=255)
atatGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATg > 1:5017787/1‑150 (MQ=255)
atatGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATg > 1:1256568/1‑150 (MQ=255)
atGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGc < 2:2240972/150‑1 (MQ=255)
gTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCaa < 2:3965720/150‑1 (MQ=255)
gTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCaa > 1:1220693/1‑150 (MQ=255)
ttGATCAACAGTTTATCGAACGCGTTTTCGTCTTTGTTCTTCGCCGCGTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATc < 2:1827454/150‑1 (MQ=255)
tGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCg > 2:4422048/1‑150 (MQ=255)
tGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCg > 1:4955182/1‑150 (MQ=255)
aacaacAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGt < 1:5300150/150‑1 (MQ=255)
aacaacAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGt > 1:2204308/1‑150 (MQ=255)
aacaacAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGt > 2:1257388/1‑150 (MQ=255)
acaacaGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTg > 1:313627/1‑150 (MQ=255)
caacaGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTgc > 1:3114593/1‑150 (MQ=255)
aacaGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTgcg > 2:2685012/1‑150 (MQ=255)
aGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGccc > 1:4917486/1‑150 (MQ=255)
aGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGccc > 1:3842167/1‑150 (MQ=255)
tttATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTg > 1:261373/1‑150 (MQ=255)
tATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGt < 1:3959555/150‑1 (MQ=255)
aTCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTa < 1:5257724/150‑1 (MQ=255)
tCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTaa < 2:1799796/150‑1 (MQ=255)
cGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAg > 2:5227943/1‑150 (MQ=255)
cGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAg < 2:1720002/150‑1 (MQ=255)
gAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGc > 1:4545790/1‑150 (MQ=255)
aaCGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCa > 2:786718/1‑150 (MQ=255)
cgcgTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCAcg < 2:3312183/150‑1 (MQ=255)
cgcgTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCAcg < 2:659211/150‑1 (MQ=255)
gcgTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCAcgc > 2:4488910/1‑150 (MQ=255)
gTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACgcgc > 2:4132170/1‑150 (MQ=255)
ttaCGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCa > 2:3479004/3‑150 (MQ=255)
taCGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGTAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAg < 1:1142784/149‑1 (MQ=255)
aCGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAgg > 1:1088884/1‑150 (MQ=255)
gTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGaa < 1:4271848/150‑1 (MQ=255)
gTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTATACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTTGTAAGCACGCGCCAGGaa > 1:717010/1‑150 (MQ=255)
cATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCACTTCCATCACGTACGGATGGCAACGAATAGCTCCTTGTCCGAAGAACATCATGCTGCGGGTCAGAATATTAGACCCTTCAACTGTGATTGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCCCCAGGACGt > 2:4848383/1‑150 (MQ=255)
ttGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTg < 2:1602271/150‑1 (MQ=255)
gTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCAGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCt > 2:4016944/1‑150 (MQ=255)
ttcttcGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCATGTAGGGTTGGCATAGAATCGCTCCTTGTACGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGATTGTTAGCCACTTCTACGGTGATGGGAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGAGCCAGGAAGTTGCtt < 1:4848383/150‑1 (MQ=255)
ttcttcGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCtt < 1:4480809/150‑1 (MQ=255)
tcttcGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCttt > 1:1833166/1‑150 (MQ=255)
cgccgcTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGccc < 1:244582/150‑1 (MQ=255)
cgcTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAg < 1:2580404/150‑1 (MQ=255)
ccATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATaa > 2:4598018/1‑150 (MQ=255)
cATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAAt > 2:4381784/1‑150 (MQ=255)
aTCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATg > 2:2805059/1‑150 (MQ=255)
aTCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATg > 2:1389812/1‑150 (MQ=255)
tctTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCt > 1:1053848/1‑150 (MQ=255)
ctTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCtt < 2:2066387/150‑1 (MQ=255)
ttCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCttt < 1:1571307/150‑1 (MQ=255)
ccAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTAc < 2:4255751/150‑1 (MQ=255)
cAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTAcc > 2:3570/1‑150 (MQ=255)
cAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTAcc < 2:3638781/150‑1 (MQ=255)
aGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTAccg > 1:1454564/1‑150 (MQ=255)
cGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCgg > 1:858095/1‑150 (MQ=255)
gTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGt > 2:1431629/1‑150 (MQ=255)
ggATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAata > 2:2191328/1‑150 (MQ=255)
gATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAatat < 1:1185062/150‑1 (MQ=255)
aTGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATc > 1:479088/1‑150 (MQ=255)
cAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATc > 2:3768241/1‑150 (MQ=255)
aaCGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCg < 2:3161746/150‑1 (MQ=255)
cGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCa > 2:899847/1‑150 (MQ=255)
cGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCAGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCa > 1:103001/1‑150 (MQ=255)
cGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCaat < 2:261363/150‑1 (MQ=255)
cGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCaat > 1:4064554/1‑150 (MQ=255)
cGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCaat > 1:3313933/1‑150 (MQ=255)
gCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCaata > 2:4883546/1‑150 (MQ=255)
gCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCaata < 2:1415613/150‑1 (MQ=255)
cTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCaataa < 1:5120407/150‑1 (MQ=255)
tCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCaataat > 2:4652885/1‑150 (MQ=255)
tCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACTCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCaataat < 1:238037/150‑1 (MQ=255)
ccTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATc < 1:774168/150‑1 (MQ=255)
cGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGActgct < 1:2685012/150‑1 (MQ=255)
gAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGActgctg > 2:3209020/1‑150 (MQ=255)
gAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGActgctg < 2:3874029/150‑1 (MQ=255)
gAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGActgctg > 1:2825193/1‑150 (MQ=255)
aaGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACtgctgc < 2:4808321/150‑1 (MQ=255)
aaGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGATGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACtgctgc < 1:204837/150‑1 (MQ=255)
aaGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACtgctgc > 2:593917/1‑150 (MQ=255)
aaGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACtgctgc > 1:1636467/1‑150 (MQ=255)
aGAACATCTTGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGcc < 2:1929640/150‑1 (MQ=255)
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tCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGAt > 2:151562/1‑150 (MQ=255)
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gCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGATACTTAACGATa < 2:5017787/150‑1 (MQ=255)
ccccTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCTGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGATACTTAACGATAg < 1:4606580/150‑1 (MQ=255)
cccTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGATACTTAACGATAGc < 2:2112933/150‑1 (MQ=255)
|
ACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGATACTTAACGATAGCCGACA > CP009273/238154‑238451
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
