Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F488 I0 R1
|
1275 |
300.1 |
10328444 |
91.0% |
9398884 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,389,852 |
G→T |
100% |
R110S (CGC→AGC) |
ynaI ← |
mechanosensitive channel protein, very small conductance |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,389,852 | 0 | G | T | 97.5%
| 768.2
/ 7.7
| 242 | R110S (CGC→AGC) | ynaI | mechanosensitive channel protein, very small conductance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/2); new base T (125/111); total (129/113) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.88e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
CCATACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTAA > CP009273/1389705‑1389998
|
ccATACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTAc < 2:4980045/150‑1 (MQ=255)
tACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCtt < 1:1738722/150‑1 (MQ=255)
aCCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCttt < 1:3109754/150‑1 (MQ=255)
aCCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCttt < 1:4309329/150‑1 (MQ=255)
aCCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCttt < 2:3657525/150‑1 (MQ=255)
aCCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCttt < 1:1711864/150‑1 (MQ=255)
aCCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCttt > 2:4439915/1‑150 (MQ=255)
cGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCTAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCttttt < 1:4043097/150‑1 (MQ=255)
gACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCtttttt > 2:2020483/1‑150 (MQ=255)
gACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCtttttt < 2:2244054/150‑1 (MQ=255)
gACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAAGGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCtttttt < 2:130331/150‑1 (MQ=255)
aCAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTa < 1:4678799/150‑1 (MQ=255)
aCAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTa < 2:2898414/150‑1 (MQ=255)
aGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAAt > 1:4206714/1‑150 (MQ=255)
gCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATc > 1:2333871/1‑150 (MQ=255)
ccAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATct > 1:2010131/1‑150 (MQ=255)
ccAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATct > 2:1816061/1‑150 (MQ=255)
ccaccaATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATTATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGt < 2:4356563/150‑1 (MQ=255)
accaATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGttt > 1:3283109/1‑150 (MQ=255)
ccaATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGtttt > 1:433611/1‑150 (MQ=255)
ccaATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGtttt < 2:4040292/150‑1 (MQ=255)
aaTACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTc < 2:256143/150‑1 (MQ=255)
aaTACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTGTTAATCTGCTGTTGTTc > 2:4323114/1‑150 (MQ=255)
caccaAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACt < 2:1133085/150‑1 (MQ=255)
ccaAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGa > 1:2220052/1‑150 (MQ=255)
aaaGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGAtt > 1:3645731/1‑150 (MQ=255)
aaGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTa < 1:1516227/150‑1 (MQ=255)
aGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTaa > 2:1204151/1‑150 (MQ=255)
ggTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAAt < 1:1635828/150‑1 (MQ=255)
tCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATca > 2:3926676/1‑150 (MQ=255)
aGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATcagc < 1:4281667/150‑1 (MQ=255)
gCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATcagca > 2:3265537/1‑150 (MQ=255)
aaGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGa > 2:4586046/1‑150 (MQ=255)
ccAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAAt < 2:355541/150‑1 (MQ=255)
cAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGATCAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATa > 2:5073281/1‑150 (MQ=255)
cAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATa > 2:77827/1‑150 (MQ=255)
gAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGc > 2:1647598/1‑150 (MQ=255)
ggCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTaa > 1:5003684/1‑150 (MQ=255)
ggCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTaa > 2:3092258/1‑150 (MQ=255)
cTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATc < 2:2042179/150‑1 (MQ=255)
tCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCg < 2:664276/150‑1 (MQ=255)
tCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCg < 1:2155481/150‑1 (MQ=255)
cATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGt > 2:3762941/1‑150 (MQ=255)
cATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGt > 1:4081419/1‑150 (MQ=255)
aTGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTc < 1:211205/150‑1 (MQ=255)
aTGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTc < 2:3197120/150‑1 (MQ=255)
ccGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGa > 1:3982606/1‑150 (MQ=255)
cGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGaa > 2:2998479/1‑150 (MQ=255)
aaaTGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATa > 2:5034743/1‑150 (MQ=255)
aaTGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATaa < 2:4271737/150‑1 (MQ=255)
aaTGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAAGAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATaa < 2:4809873/150‑1 (MQ=255)
aTGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAAc < 2:1883777/150‑1 (MQ=255)
tGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAAcc < 2:2607019/150‑1 (MQ=255)
gCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAAt > 2:4627791/1‑150 (MQ=255)
ccATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATc > 2:315093/1‑150 (MQ=255)
ccATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATc > 2:3441237/1‑150 (MQ=255)
ccATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATc > 2:3334674/1‑150 (MQ=255)
aaaGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAggg > 2:2662569/1‑150 (MQ=255)
gCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACg > 2:3961147/1‑150 (MQ=255)
gAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTAc < 2:4313505/150‑1 (MQ=255)
aaCAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACa > 2:348708/1‑150 (MQ=255)
cAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGa > 2:335558/1‑150 (MQ=255)
caccacAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATaaa > 2:2782590/1‑150 (MQ=255)
caccacAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATaaa > 1:4638295/1‑150 (MQ=255)
cacaATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATc < 2:415594/150‑1 (MQ=255)
acaATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCg > 2:2956077/1‑150 (MQ=255)
aataatGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGAt > 2:852868/1‑150 (MQ=255)
taatGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATaa > 1:285492/1‑150 (MQ=255)
actgctGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCCATGGTGATATCGCTACCATTTTTAATCTGCTGATTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAAc < 2:4818220/145‑1 (MQ=255)
aatGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAAc > 1:374288/1‑150 (MQ=255)
atGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACg > 2:2776704/1‑150 (MQ=255)
tGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGc > 1:1486975/1‑150 (MQ=255)
gATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTgg < 1:2563884/150‑1 (MQ=255)
ttttGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGTTAAAATCGATAACGCCTgggg < 2:2440901/150‑1 (MQ=255)
tttGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGt > 2:1572951/1‑150 (MQ=255)
tttGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGt > 2:4425825/1‑150 (MQ=255)
tttGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGt < 1:5080347/150‑1 (MQ=255)
tttGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGt < 2:4187263/150‑1 (MQ=255)
tgatgtTACGCGACATAATCCGCGCACTGGTTATATCGCTAAATTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAACCTGATTATTAAGCTGTATTAGCTTAATCGTCATATTAACCGAAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGa < 1:2020483/150‑1 (MQ=255)
tgatgaTACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGa > 1:4182125/1‑150 (MQ=255)
gatgatACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGAt > 1:1366483/1‑150 (MQ=255)
gatgatACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGAt > 2:4525342/1‑150 (MQ=255)
atACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAAt < 2:1389052/150‑1 (MQ=255)
aCGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAAttt < 1:3673989/150‑1 (MQ=255)
gcgACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGa > 2:1261422/1‑150 (MQ=255)
cgACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAg > 2:4864198/1‑150 (MQ=255)
cATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGttt < 1:837483/150‑1 (MQ=255)
cATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGttt < 2:5125527/150‑1 (MQ=255)
cATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGttt < 1:486769/150‑1 (MQ=255)
aTAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTta < 1:1585297/150‑1 (MQ=255)
aaTCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTtata < 2:2496186/150‑1 (MQ=255)
aaTCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTACAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTtata < 1:1005558/150‑1 (MQ=255)
aTCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAg < 1:1184972/150‑1 (MQ=255)
gcgcACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCCGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGtttt < 1:3912910/150‑1 (MQ=255)
cACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCta > 1:510346/1‑150 (MQ=255)
aCTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCtat > 2:14059/1‑150 (MQ=255)
cTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCtata > 2:3998230/1‑150 (MQ=255)
cTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCtata > 2:946760/1‑150 (MQ=255)
gATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAAACGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACAta > 2:19922/1‑150 (MQ=255)
cgctACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACAtaattaa > 1:2833379/1‑150 (MQ=255)
|
CCATACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTAA > CP009273/1389705‑1389998
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTAA > CP009273/1389708‑1389998
|
TACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTT < SRR19973063.1744016/150‑1 (MQ=60)
ACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTT < SRR19973063.4323025/150‑1 (MQ=60)
ACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTT < SRR19973063.1717083/150‑1 (MQ=60)
ACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTT < SRR19973063.4323050/150‑1 (MQ=60)
ACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTT < SRR19973063.3119761/150‑1 (MQ=60)
CCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTT < SRR19973063.4681330/150‑1 (MQ=60)
CGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCTAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTT < SRR19973063.4056051/150‑1 (MQ=60)
ACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTA < SRR19973063.4693719/150‑1 (MQ=60)
AGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAAT > SRR19973063.4220133/1‑150 (MQ=60)
GCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATC > SRR19973063.2341336/1‑150 (MQ=60)
CCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCT > SRR19973063.2016408/1‑150 (MQ=60)
CCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCT > SRR19973063.4529058/1‑150 (MQ=60)
GACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCT > SRR19973063.2615301/1‑150 (MQ=60)
CACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTT < SRR19973063.420300/150‑1 (MQ=60)
ACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTT > SRR19973063.3293641/1‑150 (MQ=60)
CCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTT > SRR19973063.434816/1‑150 (MQ=60)
CCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTT < SRR19973063.2044328/150‑1 (MQ=60)
ATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCA > SRR19973063.2279391/1‑150 (MQ=60)
TACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAA < SRR19973063.1778683/150‑1 (MQ=60)
ACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAA < SRR19973063.5020207/150‑1 (MQ=60)
CCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGA > SRR19973063.2227063/1‑150 (MQ=60)
CAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGAT > SRR19973063.292406/1‑150 (MQ=60)
AAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATT > SRR19973063.3657424/1‑150 (MQ=60)
AAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTA < SRR19973063.1520875/150‑1 (MQ=60)
GGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAAT < SRR19973063.1640829/150‑1 (MQ=60)
AGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGC < SRR19973063.4295275/150‑1 (MQ=60)
CAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAG < SRR19973063.3333387/150‑1 (MQ=60)
CCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAAT > SRR19973063.1637896/1‑150 (MQ=60)
GAAAGGCTCATGCCGAAATGTTAGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGC < SRR19973063.171768/150‑1 (MQ=60)
AAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCT < SRR19973063.1404631/150‑1 (MQ=60)
AAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCT < SRR19973063.4170354/150‑1 (MQ=60)
AGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTA < SRR19973063.3248367/150‑1 (MQ=60)
GGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAA > SRR19973063.5019842/1‑150 (MQ=60)
TCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCG < SRR19973063.2162238/150‑1 (MQ=60)
CATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGT > SRR19973063.4094488/1‑150 (MQ=60)
ATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTC < SRR19973063.211842/150‑1 (MQ=60)
TGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCA < SRR19973063.3695783/150‑1 (MQ=60)
CCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGA > SRR19973063.3664575/1‑150 (MQ=60)
CCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGA > SRR19973063.3995369/1‑150 (MQ=60)
CGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAA > SRR19973063.4098299/1‑150 (MQ=60)
GTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCG < SRR19973063.4628178/150‑1 (MQ=60)
GTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCG > SRR19973063.1490533/1‑150 (MQ=60)
GCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAAT < SRR19973063.4241217/150‑1 (MQ=60)
CATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCA < SRR19973063.4716284/150‑1 (MQ=60)
TAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGG < SRR19973063.3332921/150‑1 (MQ=60)
GCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACG < SRR19973063.2458273/150‑1 (MQ=60)
AGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATA > SRR19973063.4092583/1‑150 (MQ=60)
AGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATA > SRR19973063.1532657/1‑150 (MQ=60)
CACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAA > SRR19973063.4653114/1‑150 (MQ=60)
AATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGAT < SRR19973063.43013/150‑1 (MQ=60)
AATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGAT < SRR19973063.42763/150‑1 (MQ=60)
ATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATA < SRR19973063.2131919/150‑1 (MQ=60)
ATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATA < SRR19973063.2131898/150‑1 (MQ=60)
ATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATA < SRR19973063.5112762/150‑1 (MQ=60)
TAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAA > SRR19973063.836883/1‑150 (MQ=60)
TAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAA > SRR19973063.286336/1‑150 (MQ=60)
AATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAAC > SRR19973063.375353/1‑150 (MQ=60)
TGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGC > SRR19973063.3923895/1‑150 (MQ=60)
TGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGC > SRR19973063.1491532/1‑150 (MQ=60)
TGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTG < SRR19973063.3939209/150‑1 (MQ=60)
GATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGG < SRR19973063.2572051/150‑1 (MQ=60)
TTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGT < SRR19973063.5096687/150‑1 (MQ=60)
TGATGTTACGCGACATAATCCGCGCACTGGTTATATCGCTAAATTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAACCTGATTATTAAGCTGTATTAGCTTAATCGTCATATTAACCGAAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGA < SRR19973063.2026789/150‑1 (MQ=60)
TGATGATACGCGACATAATCCGCTCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTTCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCTTCAGAATAACCTCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGA > SRR19973063.4021513/1‑150 (MQ=60)
TGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGA < SRR19973063.5050970/150‑1 (MQ=60)
TGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGA > SRR19973063.4021481/1‑150 (MQ=60)
TGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGA > SRR19973063.4195479/1‑150 (MQ=60)
GATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGAT > SRR19973063.4918403/1‑150 (MQ=60)
GATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGAT > SRR19973063.1370601/1‑150 (MQ=60)
ATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATA < SRR19973063.1998589/150‑1 (MQ=60)
TACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATT > SRR19973063.1169193/1‑150 (MQ=60)
TACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATT > SRR19973063.2848988/1‑150 (MQ=60)
ACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTT < SRR19973063.3685755/150‑1 (MQ=60)
GCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGA > SRR19973063.273126/1‑150 (MQ=60)
ACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTT > SRR19973063.1657192/1‑150 (MQ=60)
CATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTT < SRR19973063.839902/150‑1 (MQ=60)
CATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTT < SRR19973063.488161/150‑1 (MQ=60)
ATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTA < SRR19973063.1589787/150‑1 (MQ=60)
ATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTA < SRR19973063.1590152/150‑1 (MQ=60)
AATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTACAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATA < SRR19973063.1008587/150‑1 (MQ=60)
ATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAG < SRR19973063.4879662/150‑1 (MQ=60)
ATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAG > SRR19973063.230140/1‑150 (MQ=60)
ATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAG < SRR19973063.1188539/150‑1 (MQ=60)
CGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTT < SRR19973063.1207766/150‑1 (MQ=60)
GCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCCGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTT < SRR19973063.3925390/150‑1 (MQ=60)
GCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTT < SRR19973063.2204730/150‑1 (MQ=60)
CGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTC > SRR19973063.1510829/1‑150 (MQ=60)
GCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCT < SRR19973063.3802456/150‑1 (MQ=60)
CACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTA > SRR19973063.511829/1‑150 (MQ=60)
CACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGATTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCATGTACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTATA > SRR19973063.1700530/1‑150 (MQ=60)
GATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATA > SRR19973063.53151/1‑150 (MQ=60)
ATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATT > SRR19973063.2017640/1‑150 (MQ=60)
ATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATT > SRR19973063.2950661/1‑150 (MQ=60)
CGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTAA > SRR19973063.2842478/1‑150 (MQ=60)
|
TACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTAA > CP009273/1389708‑1389998
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |