Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F434 I0 R1
|
1130 |
215.9 |
7031662 |
97.1% |
6827743 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,288,669 |
A→T |
100% |
intergenic (‑291/‑314) |
hns ← / → tdk |
global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,288,669 | 0 | A | T | 98.7%
| 768.4
/ ‑0.3
| 232 | intergenic (‑291/‑314) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/3); new base T (101/127); total (101/131) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTAC > CP009273/1288524‑1288813
|
cAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTAt < 1:621841/148‑1 (MQ=255)
cAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTAt < 2:1328658/148‑1 (MQ=255)
cAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTAt < 1:1459249/148‑1 (MQ=255)
aGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTAtt > 2:2850842/1‑148 (MQ=255)
aaaaGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTcc < 1:1628158/148‑1 (MQ=255)
aaaGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTccc < 2:2230983/148‑1 (MQ=255)
aaaGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTccc < 1:1672696/148‑1 (MQ=255)
aGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTa < 1:1680499/148‑1 (MQ=255)
aGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTa > 2:1075565/1‑148 (MQ=255)
aCGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTAtt > 2:1898524/1‑148 (MQ=255)
cgcgGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTa < 1:29474/148‑1 (MQ=255)
cATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGa > 1:2655676/1‑148 (MQ=255)
atatAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGaa > 1:3456829/1‑148 (MQ=255)
tataGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAat > 1:3476719/1‑148 (MQ=255)
tataGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAat > 1:1619065/1‑148 (MQ=255)
tataGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAat > 1:574540/1‑148 (MQ=255)
ataGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAatg < 1:3165402/148‑1 (MQ=255)
ataGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAatg > 2:1959055/1‑148 (MQ=255)
aGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAatgat > 2:2635133/1‑148 (MQ=255)
aGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAatgat > 2:863779/1‑148 (MQ=255)
cccTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGAGCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAAtgatga > 1:1298400/1‑148 (MQ=255)
ttACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTa > 1:3345192/1‑148 (MQ=255)
ttACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTa > 1:1336672/1‑148 (MQ=255)
cacCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGaa < 1:2313503/148‑1 (MQ=255)
ccGATGATTTCGCAGCACGTGATGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACa < 1:2682632/148‑1 (MQ=255)
cGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAg < 1:289791/148‑1 (MQ=255)
cGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAg > 2:1708994/1‑148 (MQ=255)
cGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAg < 2:2935965/148‑1 (MQ=255)
atTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCa > 1:1205569/1‑148 (MQ=255)
tttCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCaa > 1:2472707/1‑148 (MQ=255)
tttCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCaa < 2:3059087/148‑1 (MQ=255)
agcaCGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAagag > 1:17626/1‑148 (MQ=255)
gcaCGTGTGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGc < 1:196906/148‑1 (MQ=255)
gcaCGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGc < 1:3093342/148‑1 (MQ=255)
caCGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCa < 1:3036596/148‑1 (MQ=255)
gTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATgg < 2:2473664/148‑1 (MQ=255)
gTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATgg < 1:1880669/148‑1 (MQ=255)
tGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGa < 2:532972/148‑1 (MQ=255)
gAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGAc > 1:921125/1‑148 (MQ=255)
gAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGAc > 1:1299887/1‑148 (MQ=255)
ggTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACtt < 1:1587841/148‑1 (MQ=255)
ggTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACtt < 1:3441583/148‑1 (MQ=255)
gTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTa < 2:2285698/148‑1 (MQ=255)
gTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTa < 1:1552814/148‑1 (MQ=255)
ttAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAg < 2:1482653/148‑1 (MQ=255)
ttAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAg > 2:71754/1‑148 (MQ=255)
ttAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAg > 2:3141421/1‑148 (MQ=255)
ttCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCa > 2:1711844/1‑148 (MQ=255)
cTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTa < 2:2998892/148‑1 (MQ=255)
tGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTAt > 2:447210/1‑148 (MQ=255)
tGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTAt < 1:435697/148‑1 (MQ=255)
gATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTAtc > 1:1356105/1‑148 (MQ=255)
tCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTcc > 1:1364409/1‑148 (MQ=255)
aTGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTg < 1:497103/148‑1 (MQ=255)
tGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTgg < 1:237774/148‑1 (MQ=255)
tGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTgg < 1:2011119/148‑1 (MQ=255)
gTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGa < 1:2027960/148‑1 (MQ=255)
acaTTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGt < 2:3286316/148‑1 (MQ=255)
tATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACag < 1:3367213/148‑1 (MQ=255)
aTGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACaga < 1:71754/148‑1 (MQ=255)
aTGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACaga < 1:3141421/148‑1 (MQ=255)
tGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACagag < 1:3288904/148‑1 (MQ=255)
ttATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTAAGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTa > 2:90721/1‑148 (MQ=255)
tATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTAc < 2:929058/148‑1 (MQ=255)
ggCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCa > 1:254732/1‑148 (MQ=255)
gCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTATACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCaa > 2:2441519/1‑148 (MQ=255)
cTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAAc < 1:2521195/148‑1 (MQ=255)
acgacCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAgg < 2:2805293/148‑1 (MQ=255)
acgacCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAgg < 1:731000/148‑1 (MQ=255)
cgacCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGt < 2:3358397/148‑1 (MQ=255)
acCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTa > 2:1163875/1‑148 (MQ=255)
ccTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTaa > 2:1798286/1‑148 (MQ=255)
ccTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTaa < 2:934312/148‑1 (MQ=255)
ttCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGa > 1:2743661/1‑148 (MQ=255)
ttCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGa > 2:3447539/1‑148 (MQ=255)
ttCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGa > 1:953993/1‑148 (MQ=255)
ttCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGa > 1:991217/1‑148 (MQ=255)
tCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGAt < 2:2255308/148‑1 (MQ=255)
tcttctGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATtgtg > 1:1433635/1‑148 (MQ=255)
tcttctGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATtgtg > 2:375078/1‑148 (MQ=255)
tcttctGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATtgtg > 2:3180697/1‑148 (MQ=255)
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tctGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAAt < 1:2323558/148‑1 (MQ=255)
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TGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACT < SRR19973065.2003870/150‑1 (MQ=60)
GGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAG < SRR19973065.3462576/150‑1 (MQ=60)
GGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAG < SRR19973065.3462572/150‑1 (MQ=60)
GGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAG < SRR19973065.1598439/150‑1 (MQ=60)
GGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAG < SRR19973065.1599027/150‑1 (MQ=60)
GTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGT < SRR19973065.1563110/150‑1 (MQ=60)
TTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTA > SRR19973065.821526/1‑150 (MQ=60)
TTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTA > SRR19973065.2591916/1‑150 (MQ=60)
TAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTAT < SRR19973065.1365542/150‑1 (MQ=60)
AAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATT < SRR19973065.1078592/150‑1 (MQ=60)
AAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTG > SRR19973065.1691451/1‑150 (MQ=60)
AAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTG < SRR19973065.985251/150‑1 (MQ=60)
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CTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATC > SRR19973065.3121192/1‑150 (MQ=60)
CTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATC > SRR19973065.1365093/1‑150 (MQ=60)
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GTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGG < SRR19973065.2040987/150‑1 (MQ=60)
TCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGAACTTTAAGTCTTATGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGT < SRR19973065.2031512/150‑1 (MQ=60)
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TTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACA > SRR19973065.1219572/1‑150 (MQ=60)
TATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAG < SRR19973065.3387803/150‑1 (MQ=60)
ATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGG < SRR19973065.3160516/150‑1 (MQ=60)
ATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGG < SRR19973065.3210433/150‑1 (MQ=60)
ATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGG < SRR19973065.72502/150‑1 (MQ=60)
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ATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTAC > SRR19973065.1315592/1‑150 (MQ=60)
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GAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCC > SRR19973065.973033/1‑150 (MQ=60)
AGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCG > SRR19973065.1175833/1‑150 (MQ=60)
TATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCGCT > SRR19973065.1594879/1‑150 (MQ=60)
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AGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCGCT > CP009273/1288521‑1288818
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |