Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,288,669 |
A→T |
100% |
intergenic (‑291/‑314) |
hns ← / → tdk |
global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,288,669 | 0 | A | T | 98.8%
| 828.9
/ ‑0.6
| 252 | intergenic (‑291/‑314) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/0); new base T (119/130); total (122/130) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
CCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTT > CP009273/1288523‑1288811
|
cAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTAt < 1:3465865/148‑1 (MQ=255)
aaaaGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTcc < 2:681445/148‑1 (MQ=255)
aaaaGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTcc < 2:681141/148‑1 (MQ=255)
aaaaGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTcc > 1:3729109/1‑148 (MQ=255)
aaaGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTccc < 2:3703207/148‑1 (MQ=255)
aGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTa > 2:2726475/1‑148 (MQ=255)
aGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTa > 2:2373095/1‑148 (MQ=255)
gACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTAt > 1:3818259/1‑148 (MQ=255)
gACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTAt < 1:1987884/148‑1 (MQ=255)
cgGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAg < 1:670573/148‑1 (MQ=255)
cATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGa > 1:3060848/1‑148 (MQ=255)
ataGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAatg > 1:2557770/1‑148 (MQ=255)
ataGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAatg > 2:3013268/1‑148 (MQ=255)
taGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAatga < 1:3009220/148‑1 (MQ=255)
taGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAatga > 2:1483851/1‑148 (MQ=255)
cccTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAAtgatga > 1:1755623/1‑148 (MQ=255)
tttACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGt < 1:1549599/148‑1 (MQ=255)
ttACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTa < 1:739452/148‑1 (MQ=255)
ttACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTa > 1:1312859/1‑148 (MQ=255)
acacCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGCTTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGa < 2:3068554/148‑1 (MQ=255)
acacCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGa > 1:751233/1‑148 (MQ=255)
cacCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGaa < 1:1200468/148‑1 (MQ=255)
acCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAAc < 1:701455/148‑1 (MQ=255)
cGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAg < 1:2288666/148‑1 (MQ=255)
cGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAg > 1:2614640/1‑148 (MQ=255)
atgatTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTc > 1:1429230/1‑148 (MQ=255)
tgatTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTATCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCg > 1:1664590/1‑148 (MQ=255)
gatTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGc > 1:1265468/1‑148 (MQ=255)
atTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCa < 1:1091880/148‑1 (MQ=255)
tttCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCaa < 2:385772/148‑1 (MQ=255)
ttCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAAt > 1:2229033/1‑148 (MQ=255)
gcaCGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGc < 2:2620391/148‑1 (MQ=255)
aCGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCAt < 1:2401736/148‑1 (MQ=255)
cGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATg > 1:1160417/1‑148 (MQ=255)
gTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATgg < 1:888323/148‑1 (MQ=255)
ggTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACtt > 1:2671677/1‑148 (MQ=255)
ggTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACtt < 1:3182811/148‑1 (MQ=255)
aCTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTg > 2:3764462/1‑148 (MQ=255)
aCTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTg < 1:1317803/148‑1 (MQ=255)
aCTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTg > 2:3531290/1‑148 (MQ=255)
ttCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCa < 2:1110098/148‑1 (MQ=255)
ttCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCa < 2:1191745/148‑1 (MQ=255)
tCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCAc > 1:161467/1‑148 (MQ=255)
tCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCAc > 1:3222323/1‑148 (MQ=255)
ccTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACt < 1:2197334/148‑1 (MQ=255)
gATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTAtc > 1:3557715/1‑148 (MQ=255)
gATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTAtc > 1:1525922/1‑148 (MQ=255)
tCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTcc < 2:1664952/148‑1 (MQ=255)
tGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTgt > 2:3352008/1‑147 (MQ=255)
tGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTgg > 1:468553/1‑148 (MQ=255)
tGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTgg < 1:3644598/148‑1 (MQ=255)
cacaTTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAgg > 2:1783243/1‑148 (MQ=255)
cacaTTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAgg > 2:1462479/1‑148 (MQ=255)
ttttATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCaa > 2:2303249/1‑148 (MQ=255)
tttATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAAc > 1:653123/1‑148 (MQ=255)
aTGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACaga < 2:502942/148‑1 (MQ=255)
ggggAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAgg < 2:2509756/148‑1 (MQ=255)
gggAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAggg > 1:185231/1‑148 (MQ=255)
gggAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAggg < 1:3142815/148‑1 (MQ=255)
ggAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGc > 2:435180/1‑148 (MQ=255)
gagaTTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCt < 2:1427136/148‑1 (MQ=255)
gagaTTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCt < 2:923887/148‑1 (MQ=255)
agaTTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTa < 2:1755623/148‑1 (MQ=255)
aTTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTAtt < 2:451968/148‑1 (MQ=255)
ttATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTa < 2:3765532/148‑1 (MQ=255)
tATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTAc > 1:954211/1‑148 (MQ=255)
tATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTAc < 1:778031/148‑1 (MQ=255)
aTCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACt < 2:3588716/148‑1 (MQ=255)
cGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTg > 2:3678151/1‑148 (MQ=255)
ggCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCa > 1:3487826/1‑148 (MQ=255)
gCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCTAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCaa > 1:1499490/1‑148 (MQ=255)
gCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCaa < 2:2614640/148‑1 (MQ=255)
cgacCTTTCATTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCATGGAGTTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGAAACactt > 2:2654585/1‑145 (MQ=255)
ccTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTaa > 1:2177/1‑148 (MQ=255)
ccTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGAGCAACAGGTTaa > 1:853738/1‑148 (MQ=255)
cTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTaaa > 2:1304533/1‑148 (MQ=255)
ttCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCAGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGa > 2:2163544/1‑148 (MQ=255)
tCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGAt < 2:481753/148‑1 (MQ=255)
aGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATtg < 2:2700622/148‑1 (MQ=255)
gTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATtgt > 2:1901371/1‑148 (MQ=255)
tcttctGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATtgtg > 1:2618175/1‑148 (MQ=255)
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tcttctGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATtgtg > 1:2816244/1‑148 (MQ=255)
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GGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAG < SRR19973069.3203509/150‑1 (MQ=60)
ACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCA < SRR19973069.1326845/150‑1 (MQ=60)
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TGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGG > SRR19973069.186763/1‑150 (MQ=60)
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AGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCG > SRR19973069.970334/1‑150 (MQ=60)
AGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCG > SRR19973069.2363844/1‑150 (MQ=60)
AGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCG > SRR19973069.2363837/1‑150 (MQ=60)
GTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCGC > SRR19973069.441034/1‑150 (MQ=60)
GTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCGC > SRR19973069.1069963/1‑150 (MQ=60)
TATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCGCT > SRR19973069.1874800/1‑150 (MQ=60)
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CAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCGCT > CP009273/1288524‑1288818
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |