Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F434 I0 R1
|
1130 |
215.9 |
7031662 |
97.1% |
6827743 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,461,872 |
G→T |
92.2% |
pseudogene (2224/2513 nt) |
ydbA → |
pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,461,872 | 0 | G | T | 92.2%
| 586.0
/ 38.2
| 215 | pseudogene (2224/2513 nt) | ydbA | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/5); new base T (96/101); total (108/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
GGGTATCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCGTTATTGTCGTTAGTGGTGAGTCGTCGGTATAT > CP009273/1461730‑1462015
|
gTATCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTATCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCaa < 1:2214056/148‑1 (MQ=255)
tCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATAc < 1:205078/148‑1 (MQ=255)
cAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATAcc > 1:3299304/1‑148 (MQ=255)
aCGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGt < 1:3293375/148‑1 (MQ=255)
cGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGtt < 1:1592394/148‑1 (MQ=255)
tttACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGTTaa > 1:2404007/1‑148 (MQ=255)
ttACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAat < 1:1182851/148‑1 (MQ=255)
gCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGaa > 1:419072/1‑148 (MQ=255)
gCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGaa < 1:2701561/148‑1 (MQ=255)
gCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGaa < 2:2177948/148‑1 (MQ=255)
gCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGaa < 1:1809145/148‑1 (MQ=255)
cAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAAt > 2:3052136/1‑148 (MQ=255)
cAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAAt > 2:1081548/1‑148 (MQ=255)
cAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAAt < 1:407436/148‑1 (MQ=255)
aGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGTTAATATGAAtg < 2:2129799/148‑1 (MQ=255)
gTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTa < 2:600793/138‑1 (MQ=255)
gTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTa > 1:600793/1‑138 (MQ=255)
tGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAAtggt > 2:2356221/1‑148 (MQ=255)
tGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAAtggt > 2:2516647/1‑148 (MQ=255)
gATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAAtggtg < 1:3389366/148‑1 (MQ=255)
ataataACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAAtggtgg < 1:806211/148‑1 (MQ=255)
ataaCGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACt < 1:696817/148‑1 (MQ=255)
aaCGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTg > 1:2931315/1‑148 (MQ=255)
cGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGaa < 2:3361595/148‑1 (MQ=255)
cGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGaa < 1:3059086/148‑1 (MQ=255)
cGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGaa < 1:29529/148‑1 (MQ=255)
cGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGAt > 2:1918304/1‑148 (MQ=255)
cTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTg > 1:2829351/1‑148 (MQ=255)
cTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGATAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTg > 1:2564794/1‑148 (MQ=255)
gatggaAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGgag < 2:2652812/148‑1 (MQ=255)
gatggaAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGgag < 2:3176046/148‑1 (MQ=255)
gatggaAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGgag > 1:2599419/1‑148 (MQ=255)
tggaAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGgagag > 2:3493583/1‑148 (MQ=255)
aaaGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGaaa > 1:1718244/1‑148 (MQ=255)
aaaGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGaaa < 1:860559/148‑1 (MQ=255)
tAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAAcgc < 2:2418775/148‑1 (MQ=255)
aCTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACgcgc > 1:2149631/1‑148 (MQ=255)
gttgtATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTg < 1:3248737/148‑1 (MQ=255)
gttgtATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTg < 1:532072/148‑1 (MQ=255)
ttgtATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGc > 1:1271721/1‑148 (MQ=255)
tgtATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGAC‑TGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAg < 1:727098/148‑1 (MQ=255)
gtATCAGACTGTGAGTTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGTGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAg < 1:3233700/148‑1 (MQ=255)
tATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGa > 2:1327985/1‑148 (MQ=255)
aTCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGAt > 2:2592117/1‑148 (MQ=255)
gACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGt > 2:1777729/1‑148 (MQ=255)
cAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCg > 2:1090126/1‑148 (MQ=255)
aGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGt < 1:1321169/148‑1 (MQ=255)
gTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTa > 2:2168223/1‑148 (MQ=255)
tACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACt > 1:564188/1‑148 (MQ=255)
aCTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACtt < 2:1956595/148‑1 (MQ=255)
aCTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACtt > 2:3099235/1‑148 (MQ=255)
aCTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACtt < 1:2470697/148‑1 (MQ=255)
tctcGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCt < 2:2041307/148‑1 (MQ=255)
tctcGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCt < 2:40803/148‑1 (MQ=255)
tctcGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCt > 2:2934576/1‑148 (MQ=255)
cGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTgc > 2:207271/1‑148 (MQ=255)
cAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGca > 2:1064155/1‑148 (MQ=255)
agTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAg < 1:1995109/148‑1 (MQ=255)
gTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGAGTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAgg < 2:1848429/148‑1 (MQ=255)
atttatttGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGata > 2:1493319/1‑148 (MQ=255)
ttatttGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGAtata > 2:1539905/1‑148 (MQ=255)
ttatttGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGAtata > 2:1724687/1‑148 (MQ=255)
ttatttGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGAtata > 1:1149945/1‑148 (MQ=255)
tatttGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAg < 1:3407011/148‑1 (MQ=255)
atttGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGt > 2:1667543/1‑148 (MQ=255)
atttGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGt < 1:1077238/148‑1 (MQ=255)
atttGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGt > 1:992223/1‑148 (MQ=255)
tttGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGtt > 2:3280046/1‑148 (MQ=255)
tttGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGtt < 1:902686/148‑1 (MQ=255)
tGATGGCAGCGCAGATAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTtat < 1:1879683/148‑1 (MQ=255)
tGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTtat < 1:486015/148‑1 (MQ=255)
ggCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCa < 2:1172708/148‑1 (MQ=255)
gCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAg < 1:1588066/148‑1 (MQ=255)
gCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAg > 1:3515444/1‑148 (MQ=255)
cAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCTGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGc > 1:1109459/1‑148 (MQ=255)
aGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCg < 1:2361076/148‑1 (MQ=255)
aGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCg < 2:1672988/148‑1 (MQ=255)
cgcAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCGtt > 2:1979125/1‑148 (MQ=255)
cgaagagAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGAGCACAGGATATAGTTATACCAGCGtt > 2:1977306/4‑148 (MQ=255)
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agagAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCGTTAtt < 1:3077200/148‑1 (MQ=255)
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GACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCG < SRR19973065.3218820/150‑1 (MQ=60)
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TAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATA > SRR19973065.762738/1‑150 (MQ=60)
AATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATAT > SRR19973065.2580361/1‑150 (MQ=60)
ATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATA > SRR19973065.1157356/1‑150 (MQ=60)
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ATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCA > SRR19973065.1592849/1‑150 (MQ=60)
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ATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCGTTATTGTCGTTAGTGGTGAGTCGTCGGTATAT < SRR19973065.1327139/150‑1 (MQ=60)
ATTGGCTATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCGTTATTGTCGTTAGTGGTGAGTCGTCGGTATAT > SRR19973065.1386934/1‑150 (MQ=60)
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CATCCGTGGGTATCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCGTTATTGTCGTTAGTGGTGAGTCGTCGGTATAT > CP009273/1461723‑1462015
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |