Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F434 I0 R1 1130 215.9 7031662 97.1% 6827743 147.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP009273 3,830,197 C→A 100% intergenic (+281/‑116) yicT → / → setC pseudogene/putative arabinose efflux transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0092733,830,1970CA100.0% 779.8 / NA 236intergenic (+281/‑116)yicT/setCpseudogene/putative arabinose efflux transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base A (120/116);  total (120/116)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

Only 100 of 238 total aligned reads displayed.

TTGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAA  >  CP009273/3830052‑3830341
                                                                                                                                                 |                                                                                                                                                
ttGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTgagc                                                                                                                                                >  2:1279894/1‑148 (MQ=255)
   ttCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAg                                                                                                                                             >  1:3358140/1‑148 (MQ=255)
   ttCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAg                                                                                                                                             >  2:2005733/1‑148 (MQ=255)
        ttAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTg                                                                                                                                        <  2:1177381/148‑1 (MQ=255)
           atatatCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCtt                                                                                                                                     <  2:28143/148‑1 (MQ=255)
            tatatCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCttt                                                                                                                                    <  1:775528/148‑1 (MQ=255)
            tatatCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCttt                                                                                                                                    <  2:2124044/148‑1 (MQ=255)
            tatatCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCttt                                                                                                                                    <  1:2639922/148‑1 (MQ=255)
                tcaaatcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTgg                                                                                                                                >  2:3465122/1‑148 (MQ=255)
                 caaatcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGt                                                                                                                               >  2:2916331/1‑148 (MQ=255)
                  aaatcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGtt                                                                                                                              <  1:1385067/148‑1 (MQ=255)
                   aatcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTg                                                                                                                             <  1:574783/148‑1 (MQ=255)
                   aatcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTg                                                                                                                             >  2:3287998/1‑148 (MQ=255)
                    atcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGt                                                                                                                            >  2:2593911/1‑148 (MQ=255)
                    atcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGt                                                                                                                            <  1:2325881/148‑1 (MQ=255)
                    atcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGt                                                                                                                            >  2:3030659/1‑148 (MQ=255)
                      caaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTAt                                                                                                                          <  2:553991/148‑1 (MQ=255)
                      caaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTAt                                                                                                                          <  2:1486767/148‑1 (MQ=255)
                      caaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTAt                                                                                                                          >  1:2896127/1‑148 (MQ=255)
                           tGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCg                                                                                                                     <  1:2964383/148‑1 (MQ=255)
                           tGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCg                                                                                                                     <  2:481658/148‑1 (MQ=255)
                              tttATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATa                                                                                                                  >  2:1391/1‑148 (MQ=255)
                                tATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACt                                                                                                                >  1:1833005/1‑148 (MQ=255)
                                tATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACt                                                                                                                >  1:1866031/1‑148 (MQ=255)
                                 aTTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTc                                                                                                               <  2:887500/148‑1 (MQ=255)
                                 aTTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTc                                                                                                               >  2:387965/1‑148 (MQ=255)
                                  tttttACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCa                                                                                                              <  2:1594363/148‑1 (MQ=255)
                                    tttACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATGGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCaaa                                                                                                            >  2:1593504/1‑148 (MQ=255)
                                       aCTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAAt                                                                                                         <  1:161142/148‑1 (MQ=255)
                                        cTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAAtt                                                                                                        <  2:2675905/148‑1 (MQ=255)
                                          aTCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCt                                                                                                      >  1:3313919/1‑148 (MQ=255)
                                            cAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTa                                                                                                    <  2:1969583/148‑1 (MQ=255)
                                             aaaaaTAGCTCATTGCCTTACTATACTTAATATATAAATTCTGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTaa                                                                                                   <  1:3410973/148‑1 (MQ=255)
                                              aaaaTAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTaat                                                                                                  <  1:676076/148‑1 (MQ=255)
                                               aaaTAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTaata                                                                                                 >  1:1884385/1‑148 (MQ=255)
                                                aaTAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTaatac                                                                                                >  1:3219110/1‑148 (MQ=255)
                                                   aGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTaatacaat                                                                                             >  1:948045/1‑148 (MQ=255)
                                                         ttGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCAt                                                                                       <  2:1504661/148‑1 (MQ=255)
                                                         ttGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCAt                                                                                       >  1:2180781/1‑148 (MQ=255)
                                                             cTTACTATAATTAATATATAAATTCGTTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGa                                                                                   <  2:3179955/148‑1 (MQ=255)
                                                               tACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACt                                                                                 >  1:156564/1‑148 (MQ=255)
                                                               tACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACt                                                                                 >  2:1798380/1‑148 (MQ=255)
                                                               tACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACt                                                                                 >  2:1799052/1‑148 (MQ=255)
                                                               tACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACt                                                                                 <  2:2665900/148‑1 (MQ=255)
                                                                     aattaatATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACt                                                                           >  2:2230311/1‑148 (MQ=255)
                                                                       ttaatATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTa                                                                         <  1:2730929/148‑1 (MQ=255)
                                                                       ttaagATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTa                                                                         <  2:2906063/148‑1 (MQ=255)
                                                                        taatATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTAt                                                                        >  1:833302/1‑148 (MQ=255)
                                                                        taatATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTAt                                                                        <  1:2018581/148‑1 (MQ=255)
                                                                          atatatAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTAttt                                                                      >  1:1313073/1‑148 (MQ=255)
                                                                           tatataAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTg                                                                     <  1:408016/148‑1 (MQ=255)
                                                                           tatataAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTg                                                                     >  2:2728160/1‑148 (MQ=255)
                                                                           tatataAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTATTAATAAAATACTCATTCGACTGGTACTGATTTg                                                                     >  2:2728462/1‑148 (MQ=255)
                                                                                aaaTTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACt                                                                >  2:982232/1‑148 (MQ=255)
                                                                                aaaTTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACt                                                                <  2:3234093/148‑1 (MQ=255)
                                                                                aaaTTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACt                                                                >  1:2200794/1‑148 (MQ=255)
                                                                                    tCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGt                                                            <  2:2547202/148‑1 (MQ=255)
                                                                                    tCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGt                                                            <  2:2546890/148‑1 (MQ=255)
                                                                                     cGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGtt                                                           <  2:1124102/148‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                                                 |                                                                                                                                                
TTGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAA  >  CP009273/3830052‑3830341

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

BRESEQ :: bam2aln output
AATTTGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATA  >  CP009273/3830049‑3830345
                                                                                                                                                    |                                                                                                                                                    
AATTTGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATNAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAG                                                                                                                                                     >  SRR19973065.1791730/1‑150 (MQ=60)
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                      AATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTA                                                                                                                               <  SRR19973065.1427121/150‑1 (MQ=60)
                       ATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTAT                                                                                                                              >  SRR19973065.2913809/1‑150 (MQ=60)
                       ATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTAT                                                                                                                              <  SRR19973065.2340440/150‑1 (MQ=60)
                        TCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATC                                                                                                                             <  SRR19973065.2848360/150‑1 (MQ=60)
                           ACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGC                                                                                                                          >  SRR19973065.665676/1‑150 (MQ=60)
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                                 TTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACT                                                                                                                    >  SRR19973065.1878312/1‑150 (MQ=60)
                                    ATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAA                                                                                                                 >  SRR19973065.2076739/1‑150 (MQ=60)
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                                                AAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATA                                                                                                     >  SRR19973065.1896788/1‑150 (MQ=60)
                                                 AAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATAC                                                                                                    >  SRR19973065.3238462/1‑150 (MQ=60)
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                                                                                                    CTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCC                                                 >  SRR19973065.1427195/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                      TAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGG                                               <  SRR19973065.555866/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                      TAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGG                                               <  SRR19973065.743758/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                      TAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGG                                               <  SRR19973065.2514690/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                       AACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGT                                              >  SRR19973065.314514/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                       AACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGT                                              >  SRR19973065.314524/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                          ATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGAT                                           >  SRR19973065.1853043/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                           TGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATT                                          <  SRR19973065.3026128/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                           TGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATT                                          <  SRR19973065.3025356/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                           TGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATT                                          <  SRR19973065.3025173/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                             CTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGTTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCA                                        <  SRR19973065.359049/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                              TTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAG                                       <  SRR19973065.1882551/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                              TTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAG                                       >  SRR19973065.3488430/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                 TACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTATTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGACCGGTGATTCAGAAT                                    >  SRR19973065.1349501/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                   CTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAA                                  >  SRR19973065.649725/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                    TAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAAT                                 <  SRR19973065.2652225/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                    TAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAAT                                 >  SRR19973065.2927513/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                    TAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAAT                                 >  SRR19973065.2698466/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                     AATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATG                                <  SRR19973065.1977027/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                      ATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGC                               <  SRR19973065.2430131/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                       TAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCA                              >  SRR19973065.283608/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                       TAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCA                              >  SRR19973065.283759/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                        AATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAA                             >  SRR19973065.803561/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                         ATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAA                            <  SRR19973065.1543853/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                               ATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGG                      <  SRR19973065.1865875/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                TTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGC                     <  SRR19973065.1768565/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                  GCTGGCCATATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGAAAAAAACGGCTA                   <  SRR19973065.451766/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                   CTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTAC                  >  SRR19973065.3331686/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                    TGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACC                 >  SRR19973065.2859469/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                      GCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCAC               >  SRR19973065.2076734/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                       CCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTAATTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACT              <  SRR19973065.210528/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                        CCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTC             >  SRR19973065.2315864/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                        CCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTC             >  SRR19973065.2316024/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                          TATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCA           >  SRR19973065.890953/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                             AATATTGAGCTAGCTTTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTAAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCA        <  SRR19973065.763195/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                               TATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAA      >  SRR19973065.218791/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                               TATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAA      >  SRR19973065.3301190/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                               TATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAA      >  SRR19973065.3301143/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                                   GAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATA  >  SRR19973065.3204411/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                                    |                                                                                                                                                    
AATTTGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATA  >  CP009273/3830049‑3830345

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑