Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F309 I0 R1 1697 197.2 6627756 95.7% 6342762 147.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP009273 3,830,197 C→A 100% intergenic (+281/‑116) yicT → / → setC pseudogene/putative arabinose efflux transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0092733,830,1970CA100.0% 739.8 / NA 226intergenic (+281/‑116)yicT/setCpseudogene/putative arabinose efflux transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base A (129/97);  total (129/97)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

Only 100 of 232 total aligned reads displayed.

TTGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAA  >  CP009273/3830052‑3830340
                                                                                                                                                 |                                                                                                                                               
ttGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTgagc                                                                                                                                               <  2:77555/148‑1 (MQ=255)
ttGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTgagc                                                                                                                                               >  1:4059/1‑148 (MQ=255)
ttGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGAGCTCTAATATTgagc                                                                                                                                               >  1:2815091/1‑148 (MQ=255)
    tCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGc                                                                                                                                           >  2:931777/1‑148 (MQ=255)
    tCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGc                                                                                                                                           <  1:1637149/148‑1 (MQ=255)
    tCATTTAATATACCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCATACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTtagctagc                                                                                                                                           >  2:2569215/1‑148 (MQ=255)
     cATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCa                                                                                                                                          >  2:2034655/1‑148 (MQ=255)
        ttAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTg                                                                                                                                       >  1:1995201/1‑148 (MQ=255)
          aaTATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCt                                                                                                                                     <  2:533194/148‑1 (MQ=255)
           atatatCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCtt                                                                                                                                    >  1:718436/1‑148 (MQ=255)
            tatatCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTg                                                                                                                                       <  1:2437381/144‑1 (MQ=255)
             atatCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTc                                                                                                                                  <  2:3269918/148‑1 (MQ=255)
               atcaaatcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTg                                                                                                                                >  2:1391210/1‑148 (MQ=255)
               atcaaatcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTg                                                                                                                                >  2:2442030/1‑148 (MQ=255)
               atcaaatcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTg                                                                                                                                >  1:218549/1‑148 (MQ=255)
               atcaaatcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTg                                                                                                                                >  2:3216860/1‑148 (MQ=255)
                tcaaatcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTgg                                                                                                                               <  1:150860/148‑1 (MQ=255)
                tcaaatcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTgg                                                                                                                               <  1:868260/148‑1 (MQ=255)
                   aatcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGt                                                                                                                              <  2:2323315/146‑1 (MQ=255)
                   aatcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGt                                                                                                                              >  1:2323307/1‑146 (MQ=255)
                   aatcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTg                                                                                                                            <  1:954432/148‑1 (MQ=255)
                   aatcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTg                                                                                                                            <  2:1792657/148‑1 (MQ=255)
                    atcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCGCTCTAATATTGAGCTAGCATTGCTTTATGGTTGt                                                                                                                           >  1:2268512/1‑148 (MQ=255)
                    atcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGt                                                                                                                           >  2:698362/1‑148 (MQ=255)
                     tcaaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTa                                                                                                                          >  1:224426/1‑148 (MQ=255)
                       aaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATc                                                                                                                        <  1:1831497/148‑1 (MQ=255)
                       aaCTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATc                                                                                                                        <  2:2023731/148‑1 (MQ=255)
                              tttATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATa                                                                                                                 >  1:2907969/1‑148 (MQ=255)
                                      tACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCaaaaa                                                                                                         >  1:180650/1‑148 (MQ=255)
                                        cTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAAtt                                                                                                       >  1:1880628/1‑148 (MQ=255)
                                         tATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTc                                                                                                      >  2:1656809/1‑148 (MQ=255)
                                           tCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCtt                                                                                                    <  1:2047469/148‑1 (MQ=255)
                                           tCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCtt                                                                                                    <  1:2046818/148‑1 (MQ=255)
                                            cAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTa                                                                                                   >  1:1602591/1‑148 (MQ=255)
                                            cAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTa                                                                                                   <  1:2851189/148‑1 (MQ=255)
                                               aaaTAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTaata                                                                                                <  2:1731222/148‑1 (MQ=255)
                                               aaaTAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCATATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTaata                                                                                                >  1:2157852/1‑148 (MQ=255)
                                                aaTAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTaatac                                                                                               >  1:238142/1‑148 (MQ=255)
                                                    gCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTaatacaata                                                                                           >  2:60184/1‑148 (MQ=255)
                                                    gCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTaatacaata                                                                                           <  2:2535963/148‑1 (MQ=255)
                                                       cATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTc                                                                                        <  2:2511292/148‑1 (MQ=255)
                                                         ttGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCAt                                                                                      <  1:304471/148‑1 (MQ=255)
                                                          tGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCAtt                                                                                     <  2:1298382/148‑1 (MQ=255)
                                                          tGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCAtt                                                                                     <  1:1556811/148‑1 (MQ=255)
                                                           gCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTc                                                                                    >  1:2706715/1‑148 (MQ=255)
                                                              ttACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTCGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGAc                                                                                 >  2:1347089/1‑148 (MQ=255)
                                                              ttACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGAc                                                                                 <  1:2588817/148‑1 (MQ=255)
                                                               tACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACt                                                                                >  1:48236/1‑148 (MQ=255)
                                                                   ataATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTa                                                                            >  2:2766432/1‑148 (MQ=255)
                                                                   ataATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTa                                                                            >  2:312244/1‑148 (MQ=255)
                                                                   ataATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTa                                                                            <  2:445526/148‑1 (MQ=255)
                                                                     aattaatATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACt                                                                          >  2:3082918/1‑148 (MQ=255)
                                                                      attaatATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACtt                                                                         <  1:668456/148‑1 (MQ=255)
                                                                       ttaatATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCGCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAAATCTTAAAACAATACTCATTAGACTTGAACTTa                                                                        >  1:1297244/1‑148 (MQ=255)
                                                                       ttaatATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTa                                                                        >  2:2934331/1‑148 (MQ=255)
                                                                       ttaatATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTa                                                                        >  1:1296935/1‑148 (MQ=255)
                                                                        taatATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTAt                                                                       <  2:152807/148‑1 (MQ=255)
                                                                        taatATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTAt                                                                       >  1:813650/1‑148 (MQ=255)
                                                                        taatATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTAt                                                                       >  1:1733233/1‑148 (MQ=255)
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                                                                                                                                                 |                                                                                                                                               
TTGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAA  >  CP009273/3830052‑3830340

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

BRESEQ :: bam2aln output
TAATTTGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATA  >  CP009273/3830048‑3830345
                                                                                                                                                     |                                                                                                                                                    
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                            ACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGC                                                                                                                          >  SRR19973070.617885/1‑150 (MQ=60)
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                                                                                 TATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAAC                                                                     <  SRR19973070.1915687/150‑1 (MQ=60)
                                                                                  ATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACT                                                                    >  SRR19973070.317756/1‑150 (MQ=60)
                                                                                  ATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACT                                                                    <  SRR19973070.1067057/150‑1 (MQ=60)
                                                                                    AAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCA                                                                  >  SRR19973070.206261/1‑150 (MQ=60)
                                                                                    AAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCA                                                                  >  SRR19973070.1271556/1‑150 (MQ=60)
                                                                                     AATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATCCTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAG                                                                 >  SRR19973070.1843396/1‑150 (MQ=60)
                                                                                     AATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAG                                                                 <  SRR19973070.2048418/150‑1 (MQ=60)
                                                                                     AATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAG                                                                 >  SRR19973070.1938919/1‑150 (MQ=60)
                                                                                     AATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAG                                                                 <  SRR19973070.863919/150‑1 (MQ=60)
                                                                                       TTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTT                                                               <  SRR19973070.3142915/150‑1 (MQ=60)
                                                                                         CGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTAT                                                             <  SRR19973070.1668227/150‑1 (MQ=60)
                                                                                         CGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTAT                                                             <  SRR19973070.974533/150‑1 (MQ=60)
                                                                                         CGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATAATCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTAT                                                             <  SRR19973070.38926/150‑1 (MQ=60)
                                                                                           GTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATAT                                                           <  SRR19973070.1182840/150‑1 (MQ=60)
                                                                                           GTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATAT                                                           <  SRR19973070.298834/150‑1 (MQ=60)
                                                                                            TAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATT                                                          <  SRR19973070.308155/150‑1 (MQ=60)
                                                                                            TAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATT                                                          <  SRR19973070.308233/150‑1 (MQ=60)
                                                                                              ATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTT                                                        >  SRR19973070.1641970/1‑150 (MQ=60)
                                                                                              ATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTT                                                        >  SRR19973070.1759789/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                 AATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTC                                                     <  SRR19973070.2900411/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                 AATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTC                                                     <  SRR19973070.2900334/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                 AATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTC                                                     <  SRR19973070.1196042/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                     CTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCC                                                 <  SRR19973070.2925576/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                        AACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGT                                              >  SRR19973070.2208715/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                         ACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTG                                             <  SRR19973070.967873/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                          CATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGA                                            >  SRR19973070.1961461/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                           ATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGAT                                           >  SRR19973070.1025981/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                            TGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCAAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATAAAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTAAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATT                                          >  SRR19973070.55968/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                             GCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTC                                         >  SRR19973070.1054/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                  TACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAT                                    <  SRR19973070.2505165/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                     TAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTATCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAAT                                 <  SRR19973070.3174083/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                     TAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAAT                                 <  SRR19973070.3174111/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                       ATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGC                               >  SRR19973070.2699953/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                       ATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGC                               >  SRR19973070.1842623/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                       ATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGC                               <  SRR19973070.2458066/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                       ATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGC                               <  SRR19973070.2458027/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                       ATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGC                               >  SRR19973070.1844930/1‑150 (MQ=60)
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                                                                                                                         AATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAA                             >  SRR19973070.2127229/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                           TCTCAATTGCTGGCCCTATTATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAA                           <  SRR19973070.2590416/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                              CAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAAC                        <  SRR19973070.2248565/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                  TGGTGGCCCTATAATATTGAGCTAGAATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAAGACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATTTTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCT                    <  SRR19973070.1827236/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                     TGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACC                 <  SRR19973070.2448131/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                     TGGCCATATAATTTTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGTTACTTATTTGTAACTCATTTATTTTTTTTCGCCGGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACC                 <  SRR19973070.2448250/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                         CCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTC             >  SRR19973070.2317716/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                          CTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCC            >  SRR19973070.8205/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                           TATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCA           >  SRR19973070.785497/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                              AATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCA        >  SRR19973070.1591575/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                               ATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAA       >  SRR19973070.2888760/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                               ATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAA       >  SRR19973070.1194830/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                                 ATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAA     >  SRR19973070.2016147/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                                 ATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAA     >  SRR19973070.1843022/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                                 ATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAA     >  SRR19973070.1842277/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                                    GAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTAAAAAATTCTTAATACAATACACATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATA  <  SRR19973070.557346/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                                     |                                                                                                                                                    
TAATTTGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATA  >  CP009273/3830048‑3830345

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑