Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
699,157 |
C→T |
24.8% |
intergenic (‑90/‑243) |
nagB ← / → nagE |
glucosamine‑6‑phosphate deaminase/fused N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme: IIC, IIB, and IIA components |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 699,157 | 0 | C | T | 24.8%
| 603.7
/ 199.9
| 286 | intergenic (‑90/‑243) | nagB/nagE | glucosamine‑6‑phosphate deaminase/fused N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme: IIC, IIB, and IIA components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (87/127); new base T (29/41); total (117/169) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.59e-01 |
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
ATATGGCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAGATGATCTA > CP009273/699009‑699305
|
atatGGCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGAc > 2:3209363/1‑149 (MQ=255)
atatGGCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGAc > 2:2727657/1‑149 (MQ=255)
tatGGCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGAcc > 2:2492320/1‑149 (MQ=255)
tGGCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTg < 1:3057740/149‑1 (MQ=255)
gCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGAt < 1:1480212/149‑1 (MQ=255)
gCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGAt < 2:4510629/149‑1 (MQ=255)
cGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGAtt < 2:3169919/149‑1 (MQ=255)
gAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGAttt < 1:1157582/149‑1 (MQ=255)
agcagcCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGATCTGAtttt < 2:72597/149‑1 (MQ=255)
gcagcCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGATCTGAttttt > 2:558906/1‑149 (MQ=255)
cagcCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGAtttttt < 1:3725867/149‑1 (MQ=255)
cagcCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGAtttttt < 1:442814/149‑1 (MQ=255)
agcCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTg < 1:2236078/149‑1 (MQ=255)
gcCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGa > 2:2365349/1‑149 (MQ=255)
cccATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGaa < 1:4614159/149‑1 (MQ=255)
cccATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGaa < 2:1794196/149‑1 (MQ=255)
ccATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAAt > 2:1468034/1‑149 (MQ=255)
tttGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGAt > 2:891552/1‑149 (MQ=255)
gCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATaaa < 2:531091/149‑1 (MQ=255)
aCCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATaa < 1:2355521/149‑1 (MQ=255)
tCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGATCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTc < 1:4254961/149‑1 (MQ=255)
tCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTc < 1:622444/149‑1 (MQ=255)
gCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGATCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTgg < 1:589807/149‑1 (MQ=255)
gCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTgg < 2:923951/149‑1 (MQ=255)
tAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTa < 2:4113080/149‑1 (MQ=255)
tCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGcc < 2:3780125/149‑1 (MQ=255)
tCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGcc < 1:160005/149‑1 (MQ=255)
tCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGcc < 2:1800976/149‑1 (MQ=255)
cAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGATCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCa < 2:405085/149‑1 (MQ=255)
cAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCa > 1:1132768/1‑149 (MQ=255)
gggggATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGt < 1:2851641/149‑1 (MQ=255)
aGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGATCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGa < 2:2082646/149‑1 (MQ=255)
gTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAg > 2:3448781/1‑149 (MQ=255)
tctcATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGt > 2:4332373/1‑149 (MQ=255)
tcATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGATCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGa > 2:2659409/1‑149 (MQ=255)
tcATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGa > 1:938474/1‑149 (MQ=255)
tcATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGa > 1:423109/1‑149 (MQ=255)
attattCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGata > 2:3892632/1‑149 (MQ=255)
attattCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGata > 2:1014426/1‑149 (MQ=255)
ttattCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGataa < 1:4119828/149‑1 (MQ=255)
tattCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGATCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGataat < 2:2913306/149‑1 (MQ=255)
tattCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGataat < 2:443647/149‑1 (MQ=255)
tattCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGataat > 2:1398839/1‑149 (MQ=255)
ttCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGAtaataa < 1:1288407/149‑1 (MQ=255)
aCCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGa > 2:263417/1‑149 (MQ=255)
aCCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGa < 2:954913/149‑1 (MQ=255)
ccTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGat > 1:1667569/1‑149 (MQ=255)
tCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGatat < 2:2229662/149‑1 (MQ=255)
cAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATAtt < 1:3006254/149‑1 (MQ=255)
aTAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGGTCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTg > 2:1944550/1‑149 (MQ=255)
aTAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTg > 2:3319818/1‑149 (MQ=255)
gTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGa < 2:3618902/149‑1 (MQ=255)
tAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTc < 2:4778873/149‑1 (MQ=255)
aaGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTca > 2:1305816/1‑149 (MQ=255)
aGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTcac < 2:2347511/149‑1 (MQ=255)
gCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGATCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTcaca < 1:3365366/149‑1 (MQ=255)
cGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACaaa < 1:1111231/149‑1 (MQ=255)
gTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACaata > 2:4686581/1‑147 (MQ=255)
gTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACaaaa < 1:2437780/149‑1 (MQ=255)
gCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGaca < 2:41694/149‑1 (MQ=255)
gATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACAcgc < 2:1905270/149‑1 (MQ=255)
gATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACAcgc > 2:4222842/1‑149 (MQ=255)
aGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGATCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGttt > 2:3518125/1‑149 (MQ=255)
aGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGttt > 1:3911322/1‑149 (MQ=255)
ggCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGATCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTa < 2:1058264/149‑1 (MQ=255)
cATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAANTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAAt < 1:4764162/149‑1 (MQ=255)
aTCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAAtt < 1:3599177/149‑1 (MQ=255)
aTCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAAtt < 1:1891673/149‑1 (MQ=255)
aTCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAAtt > 1:1384850/1‑149 (MQ=255)
tAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGa > 2:3721392/1‑149 (MQ=255)
aGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATa > 2:2335502/1‑149 (MQ=255)
tAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGATCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGaa < 2:484338/149‑1 (MQ=255)
tAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGaa < 2:1132768/149‑1 (MQ=255)
aCCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGaaat > 2:1684123/1‑147 (MQ=255)
ctcggATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTa > 1:1051205/4‑149 (MQ=255)
ccTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGATCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTa < 2:1429534/149‑1 (MQ=255)
ccTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTa > 2:182009/1‑149 (MQ=255)
ggATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAAt > 1:2187040/1‑149 (MQ=255)
gATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGATCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAAtt > 1:3699918/1‑149 (MQ=255)
gATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAAtt < 2:396561/149‑1 (MQ=255)
gATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAAtt < 1:1398881/149‑1 (MQ=255)
ttGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTc < 1:1228008/149‑1 (MQ=255)
tGCGCAGACAGGCGTCAATCCGATCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTca > 1:4673232/1‑149 (MQ=255)
tGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTca < 1:3278760/149‑1 (MQ=255)
tGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTca < 2:2821607/149‑1 (MQ=255)
gcgcAGACAGGCGTCAATCCGATCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTcac > 2:3378307/1‑149 (MQ=255)
gcAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTcacac > 2:3354356/1‑149 (MQ=255)
aCAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACActc < 2:3214952/149‑1 (MQ=255)
cAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACActct < 1:7110/149‑1 (MQ=255)
gTCAATCCGATCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGc > 1:2681792/1‑149 (MQ=255)
gTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGc < 2:43843/149‑1 (MQ=255)
gTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGc > 2:3097526/1‑149 (MQ=255)
aaTCCGATCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAga < 2:700186/149‑1 (MQ=255)
aTCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAgat < 2:4505922/149‑1 (MQ=255)
tCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAATTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAgatg > 2:2448159/1‑149 (MQ=255)
ccGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAgatga < 1:1479283/149‑1 (MQ=255)
ccGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAgatga < 2:791313/149‑1 (MQ=255)
cGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAgatgat > 1:3529786/1‑149 (MQ=255)
ccTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAGATGATCTa < 1:2727657/149‑1 (MQ=255)
ccTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAGATGATCTa < 1:3209023/149‑1 (MQ=255)
|
ATATGGCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAGATGATCTA > CP009273/699009‑699305
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
