Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,299,742 |
C→A |
12.3% |
A244A (GCC→GCA) |
oppD → |
oligopeptide transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,299,742 | 0 | C | A | 12.3%
| 1032.3
/ 79.0
| 309 | A244A (GCC→GCA) | oppD | oligopeptide transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (132/139); new base A (19/19); total (151/158) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
ACAACTGCGCTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTGACCATCCCGGGTAATCCGCCAAACCTGCTG > CP009273/1299596‑1299889
|
acaacTGCGCTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGACTTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCgg > 2:17579/1‑149 (MQ=255)
acaacTGCGCTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTCATGTACGCCgg > 2:3002909/1‑149 (MQ=255)
caacTGCGCTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCggg > 2:3124703/1‑149 (MQ=255)
caacTGCGCTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCggg > 2:2363742/1‑149 (MQ=255)
acTGCGCTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGgcg > 1:4229955/1‑149 (MQ=255)
acTGCGCTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGgcg > 1:2874657/1‑149 (MQ=255)
acTGCGCTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCAGGgcg > 1:4127371/1‑149 (MQ=255)
acTGCGCTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCAGGgcg > 1:1737608/1‑149 (MQ=255)
tGCGCTGGACGTCACCGTCCCGGCGCAGAGCATGACGCTATTAACTGACCTGCAGCGGGAATGTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCa < 1:3636365/149‑1 (MQ=255)
gcgcTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCATGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCAc < 2:1700032/149‑1 (MQ=255)
ggACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATgg < 1:2753951/149‑1 (MQ=255)
aCGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGaa < 1:3130453/149‑1 (MQ=255)
gTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAata < 2:843273/149‑1 (MQ=255)
gTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAata < 1:325169/149‑1 (MQ=255)
ccGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCAGGGCGCACGATGGAATATGGc < 2:1848318/149‑1 (MQ=255)
ggCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAAcgcgc > 1:3359275/1‑149 (MQ=255)
cAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGa < 2:1904413/149‑1 (MQ=255)
aGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGAt < 2:4280393/149‑1 (MQ=255)
tCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTc > 1:920145/1‑149 (MQ=255)
tCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTc < 2:526014/149‑1 (MQ=255)
tCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCAGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTc > 2:2870512/1‑149 (MQ=255)
aTGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCtt < 2:2985114/149‑1 (MQ=255)
aTGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATAGGGCAACGCGCGCGATGTCtt < 2:1274483/149‑1 (MQ=255)
aCGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTa < 1:4359719/149‑1 (MQ=255)
gCTATTAAATGATCTTAAGCTGGAATTTAATAACTCAATGATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTTGTGTAGGGGATCTGCGACAATGTTCTGGTAATGTACGCCTTGCGCACGTTGGAATATGGCAACGCGCGAGTTGTATTTTATc < 2:1658320/149‑1 (MQ=255)
aTTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAAc > 1:3880883/1‑149 (MQ=255)
aTTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAAc < 1:4539249/149‑1 (MQ=255)
tAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAAccc < 1:4460419/149‑1 (MQ=255)
aaaTGAACTGAATCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCg > 1:3313008/1‑149 (MQ=255)
aaaTGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCg > 1:1309863/1‑149 (MQ=255)
aaCTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCAt < 1:2201252/149‑1 (MQ=255)
tGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCt > 2:2280825/1‑149 (MQ=255)
aGCGGGACTTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTAt > 2:3945255/1‑149 (MQ=255)
cGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTc < 1:1332151/149‑1 (MQ=255)
ggAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTa < 1:2779683/149‑1 (MQ=255)
gAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTAt < 1:1536644/149‑1 (MQ=255)
gAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTAt < 2:2469798/149‑1 (MQ=255)
tAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGtt < 2:1336784/149‑1 (MQ=255)
aaTACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGttt < 1:2082683/149‑1 (MQ=255)
tACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCAGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGc < 2:4615231/149‑1 (MQ=255)
aCCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCt > 2:1210237/1‑149 (MQ=255)
ccGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTc < 2:3993361/149‑1 (MQ=255)
cGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCAGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCa > 2:652375/1‑149 (MQ=255)
ccATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAAc < 1:4614446/149‑1 (MQ=255)
ccATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAAc < 1:1424627/149‑1 (MQ=255)
catcatTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAAcg > 2:4015507/1‑149 (MQ=255)
tcatTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCACCGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTAAAcgcg > 2:2593241/1‑149 (MQ=255)
cactATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCAGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCgg < 1:2538587/146‑1 (MQ=255)
ttATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTg > 1:2010745/1‑149 (MQ=255)
aTGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGcc > 1:964349/1‑149 (MQ=255)
tGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCcg > 2:2076695/1‑149 (MQ=255)
tCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGt < 2:629515/149‑1 (MQ=255)
tCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGt < 1:39634/149‑1 (MQ=255)
cACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGtc > 1:487835/1‑149 (MQ=255)
cACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGtc > 2:2195488/1‑149 (MQ=255)
cACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGtc < 2:3739347/149‑1 (MQ=255)
cACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGtc > 1:3395490/1‑149 (MQ=255)
aCCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGtct > 1:4402245/1‑149 (MQ=255)
cccACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGtctc < 2:3188534/149‑1 (MQ=255)
cccACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCAGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGtctc < 2:3822592/149‑1 (MQ=255)
cACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGAGGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGa < 1:892259/149‑1 (MQ=255)
aCGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGAt < 2:3281322/149‑1 (MQ=255)
gATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGc < 2:4553267/149‑1 (MQ=255)
gATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGc > 2:75011/1‑149 (MQ=255)
aTCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCg > 2:4704696/1‑149 (MQ=255)
aTCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCg > 2:2729968/1‑149 (MQ=255)
aTCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCg > 2:2323947/1‑149 (MQ=255)
aTCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCg < 1:3480933/149‑1 (MQ=255)
aTCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCAGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCg > 1:3807178/1‑149 (MQ=255)
ttGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGaa > 1:1689028/1‑149 (MQ=255)
ttGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGaa > 2:3436651/1‑149 (MQ=255)
gTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAgg > 1:1277208/1‑149 (MQ=255)
tCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGt > 1:2403825/1‑149 (MQ=255)
tCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGt < 2:3356744/149‑1 (MQ=255)
ggCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACaa < 2:2229010/149‑1 (MQ=255)
ggCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCAGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACaa < 2:4127371/149‑1 (MQ=255)
ggCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCAGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACaa < 2:1737608/149‑1 (MQ=255)
ggATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTg > 1:1905472/1‑149 (MQ=255)
ggATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTg > 1:1006085/1‑149 (MQ=255)
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aaaGTGCTGGTAATGTACGCAGGGCGCACGATGGAATATGGCACCGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTGACCATCCCggg > 1:2509163/1‑149 (MQ=255)
aaGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTGACCATCCCGGGt > 1:4022981/1‑149 (MQ=255)
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ggTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTGACCATCCCGGGTAATCCGc > 1:4062612/1‑149 (MQ=255)
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gCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTGACCATCCCGGGTAATCCGCCAAACctgct > 1:2046299/1‑149 (MQ=255)
gCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTGACCATCCCGGGTAATCCGCCAAACctgct < 2:3036970/149‑1 (MQ=255)
gCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTGACCATCCCGGGTAATCCGCCAAACctgct < 1:622187/149‑1 (MQ=255)
|
ACAACTGCGCTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTGACCATCCCGGGTAATCCGCCAAACCTGCTG > CP009273/1299596‑1299889
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
