Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F181 I0 R1
|
1262 |
323.1 |
10297870 |
97.5% |
10040423 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,299,742 |
C→A |
5.0% |
A244A (GCC→GCA) |
oppD → |
oligopeptide transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,299,742 | 0 | C | A | 5.0%
| 1286.4
/ 28.0
| 319 | A244A (GCC→GCA) | oppD | oligopeptide transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (163/140); new base A (7/9); total (170/149) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 |
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
CCAACAACTGCGCTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTGACCATCCCGGGTAATCCGCCAAACCTGCTGCG > CP009273/1299593‑1299891
|
ccAACAACTGCGCTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGcc < 2:3928675/150‑1 (MQ=255)
caacaaCTGCGCTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCg > 2:1036582/1‑150 (MQ=255)
acaacTGCGCTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCggg > 1:775779/1‑150 (MQ=255)
caacTGCGCTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGgc > 1:1564454/1‑150 (MQ=255)
aacTGCGCTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGgcg > 1:3784850/1‑150 (MQ=255)
gcgcTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACg < 1:1048250/150‑1 (MQ=255)
gcgcTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACg < 1:1988780/150‑1 (MQ=255)
gcgcTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACg < 1:141946/150‑1 (MQ=255)
tGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATgg < 2:1105517/150‑1 (MQ=255)
ggACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGa < 2:4950257/150‑1 (MQ=255)
cGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGActa > 1:2670975/1‑150 (MQ=255)
aCCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGc > 2:5127823/1‑150 (MQ=255)
ccGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCa > 1:1442938/1‑150 (MQ=255)
gTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCacc > 2:2373435/1‑148 (MQ=255)
gTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAAc > 2:3215290/1‑150 (MQ=255)
tACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGACTATGGCACcg > 2:2081065/1‑150 (MQ=255)
tACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAAcg < 1:3427190/150‑1 (MQ=255)
tACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAAcg < 2:275013/150‑1 (MQ=255)
tACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAAcg > 2:1249625/1‑150 (MQ=255)
aCAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAAcgc < 2:4708661/150‑1 (MQ=255)
cAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAAcgcg < 1:2062827/150‑1 (MQ=255)
ggCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAAcgcgcg < 1:407934/150‑1 (MQ=255)
ggCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAAcgcgcg < 1:408133/150‑1 (MQ=255)
cgcAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAAcgcgcgcg > 2:1591971/1‑150 (MQ=255)
cAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGAt < 1:4961108/150‑1 (MQ=255)
cAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGAt > 1:1092576/1‑150 (MQ=255)
cAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGAt < 1:3098367/150‑1 (MQ=255)
aGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGACTATGGCAACGCGCGCGATg > 2:2971226/1‑150 (MQ=255)
aGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATg < 1:4189598/150‑1 (MQ=255)
gATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGt < 2:4169021/150‑1 (MQ=255)
gATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGt < 2:462313/150‑1 (MQ=255)
gATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGt < 2:2844988/150‑1 (MQ=255)
aTCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTTGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTc < 1:3274464/150‑1 (MQ=255)
aTCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTc < 2:4610571/150‑1 (MQ=255)
cATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCtt > 1:1056177/1‑150 (MQ=255)
aTGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCttt > 1:3944124/1‑150 (MQ=255)
aTGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCttt > 1:3132020/1‑150 (MQ=255)
tGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCtttt < 2:2550442/150‑1 (MQ=255)
gACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCACCGCGCGCGATGTCTTTTa > 2:4837122/1‑150 (MQ=255)
gCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGTTGGTAATGTACGCAGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCa < 2:848026/150‑1 (MQ=255)
gCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCa < 2:778726/150‑1 (MQ=255)
aTTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAAcc > 1:240422/1‑150 (MQ=255)
aTTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAAcc > 1:3563721/1‑150 (MQ=255)
aaaTGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGt > 1:4897041/1‑150 (MQ=255)
aTGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTc < 2:2208908/150‑1 (MQ=255)
gAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCAt < 2:902589/150‑1 (MQ=255)
cTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCt > 2:2496325/1‑150 (MQ=255)
gAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGACTATGGCACCGCGCGCGCTGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTa > 2:486592/1‑150 (MQ=255)
aaGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTAt < 1:925466/150‑1 (MQ=255)
aaGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTAt < 2:2808062/150‑1 (MQ=255)
gCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTc > 2:3827492/1‑150 (MQ=255)
cGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCt < 1:4143545/150‑1 (MQ=255)
ggAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTAt < 2:4452196/150‑1 (MQ=255)
ggAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTAt < 2:2105321/150‑1 (MQ=255)
ggAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTAt > 1:416315/1‑150 (MQ=255)
ggAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTAt > 1:116962/1‑150 (MQ=255)
ggAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTAt > 2:3352190/1‑150 (MQ=255)
aaTTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCAGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCg < 2:3487434/150‑1 (MQ=255)
aTTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCgg > 2:409867/1‑150 (MQ=255)
tttAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGt > 1:4034155/1‑150 (MQ=255)
aaTACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCAGGGCGCACGATGGACTAAGGCAACGCGCGCGATGTCTTATATCAACCCGATCATCCTTATTCTATCGGTTTg > 1:1844069/1‑150 (MQ=255)
aTACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGc > 1:4667410/1‑150 (MQ=255)
aCCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTc > 1:3232122/1‑150 (MQ=255)
aCCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTc > 2:2304344/1‑150 (MQ=255)
cGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGATCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCaa > 1:2586063/1‑150 (MQ=255)
gCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAAc < 1:1219442/150‑1 (MQ=255)
ccATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAAcg > 2:2634318/1‑150 (MQ=255)
atcatTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGACTATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAAcgcg > 2:3875551/1‑150 (MQ=255)
atTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTg < 1:4278122/150‑1 (MQ=255)
tGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCcgc > 2:3680530/1‑150 (MQ=255)
tGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCcgc < 2:3035356/150‑1 (MQ=255)
aTCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGt > 2:1690912/1‑150 (MQ=255)
tCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGtc < 2:2369473/150‑1 (MQ=255)
cACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGtct < 2:146982/150‑1 (MQ=255)
cACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGtct < 2:1884484/150‑1 (MQ=255)
cccACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCg < 1:590144/150‑1 (MQ=255)
cACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGAt < 2:134223/150‑1 (MQ=255)
cGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGc < 2:4190887/150‑1 (MQ=255)
gATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCg > 1:4641805/1‑150 (MQ=255)
aTCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCgg > 2:623866/1‑150 (MQ=255)
aTCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCgg < 1:4553761/150‑1 (MQ=255)
cTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGaa < 1:531403/150‑1 (MQ=255)
tGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAgg < 1:4406408/150‑1 (MQ=255)
gtggtgGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGaa < 2:1441977/150‑1 (MQ=255)
ggtggCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAAc < 1:2304851/150‑1 (MQ=255)
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tggCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACaa > 2:670088/1‑150 (MQ=255)
cGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGt > 1:1213229/1‑150 (MQ=255)
ggggATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGtt > 2:2866686/1‑150 (MQ=255)
cTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTGACCAt > 1:1024582/1‑150 (MQ=255)
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tGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTGACCATCCCGGGTAATc > 1:4071078/1‑150 (MQ=255)
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aaTGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTGACCATCCCGGGTAATCCGCCaaa < 1:2094310/150‑1 (MQ=255)
gTACGCAGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTGACCATCCCGGGTAATCCGCCAAACct < 1:2831793/150‑1 (MQ=255)
tACGCAGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTGACCATCCCGGGTAATCCGCCAAACctg > 1:1682918/1‑150 (MQ=255)
cGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTGACCATCCCGGGTAATCCGCCAAACctgct > 1:3064816/1‑150 (MQ=255)
gCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTGACCATCCCGGGTAATCCGCCAAACctgctg > 2:1964241/1‑150 (MQ=255)
cGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTGACCATCCCGGGTAATCCGCCAAACCTGCTGCg > 1:3863068/1‑150 (MQ=255)
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CCAACAACTGCGCTGGACGTCACCGTACAGGCGCAGATCATGACGCTATTAAATGAACTGAAGCGGGAATTTAATACCGCCATCATTATGATCACCCACGATCTTGTCGTGGTGGCGGGGATCTGCGACAAAGTGCTGGTAATGTACGCCGGGCGCACGATGGAATATGGCAACGCGCGCGATGTCTTTTATCAACCCGTTCATCCTTATTCTATCGGTTTGCTCAACGCGGTGCCGCGTCTCGATGCGGAAGGTGAAACAATGTTGACCATCCCGGGTAATCCGCCAAACCTGCTGCG > CP009273/1299593‑1299891
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
