Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,377,693 |
C→A |
27.1% |
D176Y (GAT→TAT) |
ycjW ← |
LacI family putative transcriptional repressor |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,377,693 | 0 | C | A | 27.1%
| 657.2
/ 201.9
| 295 | D176Y (GAT→TAT) | ycjW | LacI family putative transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (116/99); new base A (35/45); total (151/144) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
CCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATA > CP009273/1377545‑1377841
|
gCCATCAACAATCCATTCATCACGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATCTTTTGATGCCCACTTTCACTTAATGCATAgg > 2:3059692/1‑149 (MQ=255)
cATCAACAATCCATTCATCACGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCggcc < 1:1048024/149‑3 (MQ=255)
cATCAACAATCCATTCATCACGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTc < 1:322744/149‑1 (MQ=255)
tCAACAATCCATTCATCACGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCaa > 2:3341020/1‑149 (MQ=255)
tCAACAATCCATTCATCACGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCaa < 1:2748683/149‑1 (MQ=255)
aacaaTCCATTCATCACGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACg > 2:4728949/1‑149 (MQ=255)
aaTCCATTCATCACGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCaa < 2:1797300/149‑1 (MQ=255)
aTCCATTCATCACGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAAt > 2:107499/1‑149 (MQ=255)
tCCATTCATCACGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATg > 1:2178006/1‑149 (MQ=255)
ccATTCATCACGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGc < 2:1919701/149‑1 (MQ=255)
ttCATCACGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGt < 2:2748578/149‑1 (MQ=255)
tcaCGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGcc > 1:1659956/1‑149 (MQ=255)
cGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCaaa > 2:4655886/1‑149 (MQ=255)
cGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCaaa > 1:307883/1‑149 (MQ=255)
aCTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAAtt > 1:2223702/1‑149 (MQ=255)
cTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTa > 2:4233597/1‑149 (MQ=255)
cTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTa < 1:1466536/149‑1 (MQ=255)
tGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTAt > 2:2087276/1‑149 (MQ=255)
tGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTAt > 2:4410945/1‑149 (MQ=255)
gCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAAt < 2:2690171/145‑1 (MQ=255)
gCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATc < 1:2711316/149‑1 (MQ=255)
cAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCg > 1:4243769/1‑149 (MQ=255)
aaTATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCgg > 2:3401012/1‑149 (MQ=255)
atatTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGt < 2:73070/149‑1 (MQ=255)
tattatGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTa > 1:2675824/1‑149 (MQ=255)
ttatGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATc < 2:619558/149‑1 (MQ=255)
ttatGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATc < 1:656136/149‑1 (MQ=255)
ttatGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATc < 1:4533229/149‑1 (MQ=255)
tGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGAc > 2:3136031/1‑149 (MQ=255)
tGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGAc < 2:4321957/149‑1 (MQ=255)
cAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATaaa > 2:3959532/1‑149 (MQ=255)
ggCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACa > 1:1647877/1‑149 (MQ=255)
gCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACAt < 2:604474/149‑1 (MQ=255)
ctctGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATg < 2:3144570/149‑1 (MQ=255)
ctctGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATg > 1:196565/1‑149 (MQ=255)
ctGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATggg > 1:922945/1‑149 (MQ=255)
ctGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATggg < 2:2216213/149‑1 (MQ=255)
tGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGc > 2:4479232/1‑149 (MQ=255)
gCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCa < 2:3815416/149‑1 (MQ=255)
gCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCa < 1:1025153/149‑1 (MQ=255)
tataACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCatat > 2:2097880/1‑149 (MQ=255)
ataACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATAtt > 1:835191/1‑149 (MQ=255)
aaCCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGa < 1:209873/149‑1 (MQ=255)
aCCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGAc > 2:3985546/1‑149 (MQ=255)
ccATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGAcc < 2:4566938/149‑1 (MQ=255)
cATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCt > 2:710245/1‑149 (MQ=255)
cATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCt > 2:3026478/1‑149 (MQ=255)
aTTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCtt < 1:732413/149‑1 (MQ=255)
gcgATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACtt < 1:98383/149‑1 (MQ=255)
aaCCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCaa < 2:1553393/149‑1 (MQ=255)
cGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATca > 2:2456698/1‑149 (MQ=255)
aaaCATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATcacc < 1:4679669/149‑1 (MQ=255)
aaCATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATcacca > 1:1174412/1‑149 (MQ=255)
tGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATcaccaccac > 1:3024179/1‑149 (MQ=255)
tGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATcaccaccac > 1:632033/1‑149 (MQ=255)
aTCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGaa < 2:4181498/149‑1 (MQ=255)
aTCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGaa < 2:1674501/149‑1 (MQ=255)
aTCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGaa < 1:1605600/149‑1 (MQ=255)
tCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGAAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAat < 2:3560602/149‑1 (MQ=255)
cAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAata < 2:2531039/149‑1 (MQ=255)
aaGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAatat < 1:3288598/149‑1 (MQ=255)
gCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCa > 1:2494018/1‑149 (MQ=255)
ggAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCata < 1:3905033/149‑1 (MQ=255)
gAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCatat > 2:1471909/1‑149 (MQ=255)
gAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCatat < 2:1276021/149‑1 (MQ=255)
cATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTa < 1:521184/149‑1 (MQ=255)
aTGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTAt < 1:1800494/149‑1 (MQ=255)
tGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGACTATCATATTTATc > 1:3839977/1‑149 (MQ=255)
tGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATc > 1:1331366/1‑149 (MQ=255)
tGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATc > 1:4605757/1‑149 (MQ=255)
aggcaggcAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAg > 1:2067495/1‑149 (MQ=255)
aggcaggcAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAg < 1:2812366/149‑1 (MQ=255)
gcaATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGc > 1:4675082/1‑149 (MQ=255)
gcaATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGc < 2:4322675/149‑1 (MQ=255)
gcaATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGc < 1:3435161/149‑1 (MQ=255)
gcaATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGc < 2:668505/149‑1 (MQ=255)
atatTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCaaa < 2:4707105/149‑1 (MQ=255)
atatTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCaaa < 2:2320458/149‑1 (MQ=255)
tatTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCaaaa > 2:2860997/1‑149 (MQ=255)
ttttGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCAGATTTATCGAGGTGGGCaaaaaa > 2:3778994/1‑149 (MQ=255)
tttGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAAt < 1:3643280/149‑1 (MQ=255)
gATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGAc < 2:848362/149‑1 (MQ=255)
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tCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCat < 1:3155964/149‑1 (MQ=255)
|
CCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATA > CP009273/1377545‑1377841
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
