Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F218 I0 R1
|
1506 |
278.7 |
9275112 |
94.5% |
8764980 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
725,650 |
G→T |
5.0% |
P204P (CCG→CCT) |
rhsC → |
Rhs family putative polymorphic toxin |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 725,650 | 0 | G | T | 5.0%
| 855.0
/ 20.3
| 258 | P204P (CCG→CCT) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (130/115); new base T (10/3); total (140/118) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
CTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTCCGGCTGGTACTGACCACGCAGGCGCA > CP009273/725501‑725799
|
cTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTgccg < 1:1217120/150‑1 (MQ=32)
tGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTgccgc > 2:571648/1‑150 (MQ=32)
ggCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTgccgcc < 2:2950687/150‑1 (MQ=32)
ggCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTgccgcc < 2:4637337/150‑1 (MQ=32)
cACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTAcc < 1:4544146/150‑1 (MQ=32)
cACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTAcc > 2:3497232/1‑150 (MQ=32)
aCTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCg < 1:1190195/150‑1 (MQ=32)
aCTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCg > 1:498275/1‑150 (MQ=32)
ctGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGt > 2:2168933/1‑150 (MQ=32)
tGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCTCCGTACCGGGTa > 1:1810453/1‑150 (MQ=17)
tGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTa < 2:762539/150‑1 (MQ=32)
ggCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTAc < 1:2923194/150‑1 (MQ=32)
cAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGACGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTg > 2:132072/1‑150 (MQ=17)
cAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTg < 2:4525147/150‑1 (MQ=32)
aGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGa > 1:814444/1‑150 (MQ=32)
gcgcTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGAcc > 1:4320330/1‑150 (MQ=32)
gcgcTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGAcc < 1:4201825/150‑1 (MQ=32)
gcgcTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGAcc < 2:3571855/150‑1 (MQ=32)
cgcTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCg > 1:3552524/1‑150 (MQ=32)
cTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCggg < 1:1445941/150‑1 (MQ=32)
tGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGc > 1:908343/1‑150 (MQ=32)
gCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCTCCGTACCGGGTACTGACCGGGCt > 2:1819052/1‑150 (MQ=17)
ggAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCtggt > 2:506959/1‑150 (MQ=32)
gaagaaCTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCtggtg > 1:2033386/1‑150 (MQ=32)
gaagaaCTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCtggtg > 2:3054319/1‑150 (MQ=32)
gaagaaCTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCtggtg > 1:406542/1‑150 (MQ=32)
aagaaCTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCtggtgg > 1:2850957/1‑150 (MQ=32)
gaaCTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGAc < 2:2029095/150‑1 (MQ=32)
aaCTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGAcc < 1:4426496/150‑1 (MQ=32)
ccGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCtt < 2:4456959/150‑1 (MQ=32)
cGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTc < 2:2222052/150‑1 (MQ=32)
cGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTc > 1:2954812/1‑150 (MQ=32)
tAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGgc > 2:1046897/1‑150 (MQ=32)
tAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGgc > 2:1363968/1‑150 (MQ=32)
aaGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGgcg < 2:2839691/150‑1 (MQ=32)
aaGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGgcg > 2:4051527/1‑150 (MQ=32)
aaGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGgcg > 1:1268589/1‑150 (MQ=32)
gTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGca < 2:4562217/150‑1 (MQ=32)
tCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGcac > 1:4269461/1‑150 (MQ=32)
ccGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCAGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGTCGcaca > 1:717847/1‑150 (MQ=17)
gCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGcacaca > 1:591382/1‑150 (MQ=32)
aTCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGa > 2:100770/1‑150 (MQ=32)
tCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGTGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGAc > 1:4014194/1‑150 (MQ=17)
tCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGAc > 2:802384/1‑150 (MQ=32)
tCGTTATCTGGCGACAAACAGACCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGAGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGAc > 1:3757262/1‑150 (MQ=17)
cGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCTCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACg < 1:1404668/150‑1 (MQ=17)
cGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACg < 2:3939373/150‑1 (MQ=32)
cGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACg < 2:1454747/150‑1 (MQ=32)
gTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCACTTCGGGCGCACACAGACGt > 1:3440745/1‑150 (MQ=17)
aTCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTcc > 1:3381458/1‑150 (MQ=32)
cTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCAc > 2:3832870/1‑150 (MQ=32)
cTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCAc < 2:2741440/150‑1 (MQ=32)
aCAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGaa > 1:1991732/1‑150 (MQ=32)
aCAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGaa < 2:926142/150‑1 (MQ=32)
cAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCCGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAg < 1:4251777/150‑1 (MQ=17)
aaCAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAgcc < 2:3168447/150‑1 (MQ=32)
aaCAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAgcc < 2:834501/150‑1 (MQ=32)
aCAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAgccg > 2:3321554/1‑150 (MQ=32)
gTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGccgccg < 1:2502472/150‑1 (MQ=32)
cGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTg > 1:3685195/1‑150 (MQ=32)
gCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGa < 1:56120/150‑1 (MQ=32)
cAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGaa > 1:3923933/1‑150 (MQ=32)
aGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAAt > 2:193211/1‑150 (MQ=32)
aGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAAt > 2:3253168/1‑150 (MQ=32)
ggCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCa < 2:229918/150‑1 (MQ=32)
ccGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAgc < 2:418906/150‑1 (MQ=32)
cGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAgcg > 2:4495218/1‑150 (MQ=32)
tggtggCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAgcggc < 2:3774050/150‑1 (MQ=32)
tggCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGaa > 2:122403/1‑150 (MQ=32)
tggCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGaa < 2:2504560/150‑1 (MQ=32)
ctgctCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATc > 2:308889/1‑150 (MQ=32)
ctgctCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATc < 2:2150564/150‑1 (MQ=32)
ctgctCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATc < 2:3884251/150‑1 (MQ=32)
tgctCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCa > 1:2572026/1‑150 (MQ=32)
tCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCTCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGGTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCg > 2:2081274/1‑150 (MQ=17)
ggCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGc > 1:2068215/1‑150 (MQ=32)
cTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCTCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGt > 1:3819266/1‑150 (MQ=11)
tGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCg > 2:3433356/1‑150 (MQ=11)
cGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGc > 1:741930/1‑150 (MQ=32)
ggAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCg > 1:4481175/1‑150 (MQ=32)
ggAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCg > 1:2153351/1‑150 (MQ=32)
gAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGt > 2:946277/1‑150 (MQ=32)
gATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTc > 1:2030904/1‑150 (MQ=32)
aTGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTcc < 1:1292596/150‑1 (MQ=32)
aTGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTcc < 1:176681/150‑1 (MQ=32)
tGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTCCg > 1:94450/1‑150 (MQ=32)
tGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTCCg > 1:150417/1‑150 (MQ=32)
aGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCTGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGAACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAAGTCAGCGGCGAAATCACCGGCTTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTCCGGc > 2:5630/1‑150 (MQ=255)
aGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTCCGGc > 1:1390101/1‑150 (MQ=32)
ggTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTCCGGCt < 1:123608/150‑1 (MQ=32)
tgctgcCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTCCGGCTgg > 2:3919976/1‑150 (MQ=32)
ctgcctgcGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTCCGGCTGGTa > 1:2605109/1‑150 (MQ=32)
gcctgcGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTCCGGCTGGTACt < 2:226546/150‑1 (MQ=32)
gcctgcGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTCCGGCTGGTACt > 2:2435743/1‑150 (MQ=32)
cctgcGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTCCGGCTGGTACTg < 1:3053524/150‑1 (MQ=32)
tgcGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTCCGGCTGGTACTGAc < 2:3444794/150‑1 (MQ=32)
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cgccgcTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTCCGGCTGGTACTGACCa > 1:1332115/1‑150 (MQ=32)
cTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTCCGGCTGGTACTGACCACGCAg > 2:439685/1‑150 (MQ=32)
tGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTCCGGCTGGTACTGACCACGCAgg > 2:2984729/1‑150 (MQ=32)
|
CTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTGACCGGGCTGGTGGACCGCTTCGGGCGCACACAGACGTTCCACCGCGAAGCCGCCGGTGAATTCAGCGGCGAAATCACCGGCGTGACGGATGGTGCCGGGCGTCACTTCCGGCTGGTACTGACCACGCAGGCGCA > CP009273/725501‑725799
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
