Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F218 I0 R1
|
1506 |
278.7 |
9275112 |
94.5% |
8764980 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
761,420 |
C→T |
12.0% |
intergenic (‑89/‑20) |
mngR ← / → mngA |
Transcriptional repressor for the mannosyl‑D‑glycerate catabolic operon/fused 2‑O‑a‑mannosyl‑D‑glycerate specific PTS enzymes: IIA component/IIB component/IIC component |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 761,420 | 0 | C | T | 12.0%
| 744.4
/ 67.7
| 242 | intergenic (‑89/‑20) | mngR/mngA | Transcriptional repressor for the mannosyl‑D‑glycerate catabolic operon/fused 2‑O‑a‑mannosyl‑D‑glycerate specific PTS enzymes: IIA component/IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (104/107); new base T (20/9); total (125/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
CACGCGCAATTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCTGACGACTCTGACCCACCGCGATGCGTTGTGTCTGAATGCGCGCTTTACCAGCCGTGAAGAGG > CP009273/761271‑761569
|
cgcgCAATTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTtcaattaa > 1:1049211/1‑150 (MQ=255)
cgcgCAATTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTtcaatcaa < 2:33156/150‑1 (MQ=255)
gcgcAATTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAg < 1:158179/150‑1 (MQ=255)
cgcAATTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGt < 1:2196236/150‑1 (MQ=255)
aaTTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATTAAGTGaa > 1:1113246/1‑150 (MQ=255)
aaTTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGaa > 1:4411523/1‑150 (MQ=255)
aTTTGTTCACGAATGCGATCGGAAATCTGCCGTTATAATGTCTTGTGTCACATTTTTAGTATCTCATTAATACTAATTTAACCATTATTCAATATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATAAAATACAAATAATTtcaatcaatttata < 2:3434923/150‑7 (MQ=255)
tCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATc < 2:4365743/150‑1 (MQ=255)
cGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATcaca < 1:2583987/150‑1 (MQ=255)
gAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACAt < 2:820866/150‑1 (MQ=255)
gAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACAt < 2:785672/150‑1 (MQ=255)
gAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACAt > 1:1732423/1‑150 (MQ=255)
gAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGACTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACAt > 1:4284581/1‑150 (MQ=255)
aTGCGATCGGCAATCTGCCGTTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTTTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATTAAGTGAAATTGATCACATaa < 1:3136588/150‑1 (MQ=255)
tGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAAt < 2:994599/150‑1 (MQ=255)
cGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATgg < 1:4448847/150‑1 (MQ=255)
gATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATTAAGTGAAATTGATCACATAATGGt > 2:2953048/1‑150 (MQ=255)
gATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGt > 1:2125020/1‑150 (MQ=255)
gATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGt > 1:2085019/1‑150 (MQ=255)
cGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTAtt > 2:2636782/1‑150 (MQ=255)
aTCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGttta < 1:2506352/150‑2 (MQ=255)
aTCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAACACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATTAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGtttt < 1:727111/150‑1 (MQ=255)
tCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTa < 2:1236096/150‑1 (MQ=255)
cTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTAt < 1:389456/150‑1 (MQ=255)
tGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATc < 2:3129438/150‑1 (MQ=255)
ccGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATTAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCgg < 2:3871081/150‑1 (MQ=255)
cGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCggg > 1:364400/1‑150 (MQ=255)
cGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCggg < 2:2720085/150‑1 (MQ=255)
gTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGca > 2:3831765/1‑150 (MQ=255)
gTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGca < 2:2764630/150‑1 (MQ=255)
ataAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGcaca > 2:130467/1‑150 (MQ=255)
taAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCacac > 1:1359501/1‑150 (MQ=255)
atgggCTTGTGTCCAATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACt < 1:1679763/148‑1 (MQ=255)
aaGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACt < 1:4004806/150‑1 (MQ=255)
aGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTg < 2:886772/150‑1 (MQ=255)
ggCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGgc < 2:3270647/150‑1 (MQ=255)
ggCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGgc < 2:1085024/150‑1 (MQ=255)
ttGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGcgcg > 2:782821/1‑150 (MQ=255)
tgtCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACt > 1:183080/1‑150 (MQ=255)
cccATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACtata > 2:277049/1‑150 (MQ=255)
tttAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACg > 1:4553670/1‑150 (MQ=255)
aGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATc > 2:3107579/1‑150 (MQ=255)
aGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATc > 1:3123482/1‑150 (MQ=255)
aGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATc < 1:3930881/150‑1 (MQ=255)
gTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCa < 1:1381832/150‑1 (MQ=255)
tctcATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGt < 1:4166365/150‑1 (MQ=255)
ctcATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAAACAAGTGAAATAGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTg > 1:3896119/1‑150 (MQ=255)
tcATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGa < 2:3960721/150‑1 (MQ=255)
cATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATTAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATCAAAACGATCAAGTGAg > 2:2282305/1‑150 (MQ=255)
ttAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGa > 2:2549654/1‑150 (MQ=255)
tAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGAt < 2:1672436/150‑1 (MQ=255)
aaTACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATTAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATc < 1:241950/150‑1 (MQ=255)
tACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCat > 1:1908531/1‑150 (MQ=255)
tACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCat < 2:4272516/150‑1 (MQ=255)
aCGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCatg > 2:2424013/1‑150 (MQ=255)
aCGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATAAAAATACAATACAAAAAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTCTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTAAAAAAACGAGCAAGTGAGGATCatg > 1:2834148/1‑150 (MQ=255)
gAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCatgat < 2:4179156/150‑1 (MQ=255)
aaTTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATTAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCatgatg < 2:1490325/150‑1 (MQ=255)
aaTTTAACCAATATGCCCGATAAAATCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATAAAGTGAAAGTGATCACATAATGGTATTGTTATATCGGGCACACTGGAGCGACTCTAAAAACGATCAAGTGAGTATAattatg > 1:3481329/1‑150 (MQ=255)
ttAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATTAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGAGGAAt > 1:1416344/1‑150 (MQ=255)
ttAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAAt < 2:762972/150‑1 (MQ=255)
ttAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAAt < 2:4585715/150‑1 (MQ=255)
tAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATc > 1:3392623/1‑150 (MQ=255)
aaCCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCt < 1:2276603/150‑1 (MQ=255)
aCCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTTAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATTAATCTg > 2:2172183/1‑150 (MQ=255)
ccATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCTAGTGAGGATCATGATGAATCTga > 2:3183742/1‑150 (MQ=255)
ccATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCTga > 2:3391653/1‑150 (MQ=255)
cATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATTAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCTgac > 2:51278/1‑150 (MQ=255)
aTTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCTgacg > 1:358075/1‑150 (MQ=255)
aTTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCTgacg > 1:4608900/1‑150 (MQ=255)
ttATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCTgacga > 1:491158/1‑150 (MQ=255)
tATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCTgacgac > 1:1597113/1‑150 (MQ=255)
tGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCTGACGActc < 2:121001/150‑1 (MQ=255)
cccGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCTGACGACTCTg > 2:369492/1‑150 (MQ=255)
aaTTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCTGACGACTCTGACCCAcc < 2:203163/150‑1 (MQ=255)
cATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCTGACGACTCTGACCCACCGCGa > 1:1812291/1‑150 (MQ=255)
aTCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCTGACGACTCTGACCCACCGCGAt < 2:699467/150‑1 (MQ=255)
aatacaaatacaATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCTGACGACTCTGACCCACCGCGATGCGTTGTGTCt < 1:861081/150‑1 (MQ=255)
caaatacaaTACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCTGACGACTCTGACCCACCGCGATGCGTTGTGTCTGAAt < 2:1460966/150‑1 (MQ=255)
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CACGCGCAATTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCTGACGACTCTGACCCACCGCGATGCGTTGTGTCTGAATGCGCGCTTTACCAGCCGTGAAGAGG > CP009273/761271‑761569
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
