Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F159 I0 R1 879 305.9 9588012 96.6% 9262019 150.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP009273 647,509 T→C 100% intergenic (‑197/‑182) citC ← / → citA [citrate [pro‑3S]‑lyase] ligase/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CitB

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP009273647,5090TC94.2% 380.6 / 8.3 109intergenic (‑197/‑182)citC/citA[citrate [pro‑3S]‑lyase] ligase/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CitB
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (5/1);  new base C (46/55);  total (52/57)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.01e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.25e-01
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

Only 100 of 121 total aligned reads displayed.

GTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACATCC  >  CP009273/647364‑647655
                                                                                                                                                 |                                                                                                                                                  
gttCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctatt                                                                                                                                                <  1:4488726/150‑1 (MQ=255)
gttCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctatt                                                                                                                                                <  1:1945743/150‑1 (MQ=255)
gttCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctatt                                                                                                                                                <  2:1661334/150‑1 (MQ=255)
  tCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctattta                                                                                                                                              >  2:4097410/1‑150 (MQ=255)
  tCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctattta                                                                                                                                              >  2:4096748/1‑150 (MQ=255)
  tCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctattta                                                                                                                                              >  2:278799/1‑150 (MQ=255)
    aaTGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctatttatt                                                                                                                                            >  1:1392849/1‑150 (MQ=255)
    aaTGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctatttatt                                                                                                                                            <  1:4471480/150‑1 (MQ=255)
    aaTGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctatttatt                                                                                                                                            >  1:4472394/1‑150 (MQ=255)
     aTGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctatttattt                                                                                                                                           <  1:2355208/150‑1 (MQ=255)
      tGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtttatttattta                                                                                                                                          <  2:4422989/150‑1 (MQ=255)
         tGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTGTATTTATTTTATg                                                                                                                                       >  2:3812648/1‑150 (MQ=255)
              aCTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGAtttt                                                                                                                                  <  1:2991303/150‑1 (MQ=255)
                tGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATGTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTATTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTaa                                                                                                                                >  1:962623/1‑150 (MQ=255)
                 gATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAg                                                                                                                               >  2:1665903/1‑150 (MQ=255)
                 gATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAg                                                                                                                               >  1:2509405/1‑150 (MQ=255)
                 gATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAg                                                                                                                               >  1:2509441/1‑150 (MQ=255)
                 gATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGAGTTTAAg                                                                                                                               >  2:1665841/1‑150 (MQ=255)
                  aTAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGt                                                                                                                              >  1:3511996/1‑150 (MQ=255)
                  aTAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGt                                                                                                                              >  1:314090/1‑150 (MQ=255)
                   tAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATTTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtt                                                                                                                             >  1:2825277/1‑150 (MQ=255)
                   tAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATTTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtt                                                                                                                             >  1:431503/1‑150 (MQ=255)
                   tAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATTTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtt                                                                                                                             >  1:431487/1‑150 (MQ=255)
                     aCCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtttt                                                                                                                           <  1:4013901/150‑1 (MQ=255)
                      ccTTTTATTGTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGttttt                                                                                                                          <  1:4552860/150‑1 (MQ=255)
                         tttATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTttaa                                                                                                                       <  1:2459703/150‑1 (MQ=255)
                         tttATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTttaa                                                                                                                       <  2:463449/150‑1 (MQ=255)
                         tttATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTttaa                                                                                                                       <  2:464754/150‑1 (MQ=255)
                          ttATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTttaat                                                                                                                      >  1:2424857/1‑150 (MQ=255)
                          ttATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTttaat                                                                                                                      >  1:938745/1‑150 (MQ=255)
                          ttATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTttaat                                                                                                                      >  1:940059/1‑150 (MQ=255)
                            aTTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTttaatta                                                                                                                    >  2:902726/1‑150 (MQ=255)
                              tttCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTtaattaat                                                                                                                  <  1:294246/150‑1 (MQ=255)
                               ttCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATg                                                                                                                 <  1:4365317/150‑1 (MQ=255)
                               ttCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATg                                                                                                                 <  1:4202212/150‑1 (MQ=255)
                               ttCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATg                                                                                                                 <  1:4364482/150‑1 (MQ=255)
                               ttCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATg                                                                                                                 <  1:1976192/150‑1 (MQ=255)
                                tCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATTTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTtaattaattt                                                                                                                >  1:4131210/1‑148 (MQ=255)
                                tCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGt                                                                                                                >  2:410663/1‑150 (MQ=255)
                                tCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGt                                                                                                                <  2:1836245/150‑1 (MQ=255)
                                tCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGt                                                                                                                <  1:4444273/150‑1 (MQ=255)
                                 cACTTGGGATAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTa                                                                                                               <  2:3809740/150‑1 (MQ=255)
                                 cACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTa                                                                                                               <  1:723117/150‑1 (MQ=255)
                                 cACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTa                                                                                                               >  1:2886820/1‑150 (MQ=255)
                                 cACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTa                                                                                                               <  1:3052049/150‑1 (MQ=255)
                                   cTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATTTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAAt                                                                                                             <  2:431503/150‑1 (MQ=255)
                                   cTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATTTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAAt                                                                                                             <  2:2825277/150‑1 (MQ=255)
                                   cTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAAt                                                                                                             >  1:3775175/1‑150 (MQ=255)
                                   cTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAAt                                                                                                             >  1:1406580/1‑150 (MQ=255)
                                   cTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAAt                                                                                                             >  1:4770873/1‑150 (MQ=255)
                                       ggAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACg                                                                                                         <  1:3915310/150‑1 (MQ=255)
                                               ggggTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACt                                                                                                 <  1:1114500/150‑1 (MQ=255)
                                                   tGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGt                                                                                                                >  1:3826634/1‑131 (MQ=255)
                                                   tGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGt                                                                                                                <  2:3826634/131‑1 (MQ=255)
                                                   tGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCa                                                                                             <  1:3408508/150‑1 (MQ=255)
                                                          tgTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTaa                                                                                      <  1:1665669/149‑1 (MQ=255)
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Alignment Legend
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Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

BRESEQ :: bam2aln output
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                                                                                                                                                 |                                                                                                                                                  
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                                                                                                                      TTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTT                          >  SRR19973078.3491193/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                       TTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTT                         <  SRR19973078.908328/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                ATAGATTTAGTGGTTTTATATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTTATTTAATTAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACA                <  SRR19973078.1805504/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                ATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACA                <  SRR19973078.1805236/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                ATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACA                <  SRR19973078.4213012/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                       TAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAAT         >  SRR19973078.3892827/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                       TAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAAT         >  SRR19973078.3893078/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                              TTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATAACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACATCC  >  SRR19973078.4478532/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                                 |                                                                                                                                                  
GTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACATCC  >  CP009273/647364‑647655

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑