Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F247 I0 R1 1496 299.8 9582018 97.8% 9371213 149.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP009273 647,509 T→C 100% intergenic (‑197/‑182) citC ← / → citA [citrate [pro‑3S]‑lyase] ligase/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CitB

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP009273647,5090TC97.6% 785.5 / 3.9 207intergenic (‑197/‑182)citC/citA[citrate [pro‑3S]‑lyase] ligase/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CitB
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/5);  new base C (101/101);  total (101/106)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.46e-01
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

Only 100 of 223 total aligned reads displayed.

TGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACAT  >  CP009273/647363‑647653
                                                                                                                                                   |                                                                                                                                                
tgttCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtcta                                                                                                                                                <  1:1138087/149‑1 (MQ=255)
 gttCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATATAGTTAGTGGTTTtctat                                                                                                                                               >  1:4365441/1‑149 (MQ=255)
 gttCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATACTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTAAAATAGAGTTAGTGGTTTtctat                                                                                                                                               >  1:3789415/1‑149 (MQ=255)
      aTGTTGCAGACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctatttatt                                                                                                                                          <  2:1621765/149‑1 (MQ=255)
      aTGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctatttatt                                                                                                                                          >  2:922076/1‑149 (MQ=255)
      aTGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctatttatt                                                                                                                                          <  1:4612862/149‑1 (MQ=255)
         ttGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTaa                                                                                                                                       >  2:2410802/1‑149 (MQ=255)
         ttGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTAGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTaa                                                                                                                                       >  2:1773002/1‑149 (MQ=255)
         ttGCAAACAGATAACCTTTTATTTACACTTAGGAGAAAGGGGGTGATCGAAGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTCTTTCGGCG‑TGAAAGTTTGATTTATGTCACATAGAGTTAGAGGTTTTCTATTTATTTaa                                                                                                                                       >  2:3930853/1‑149 (MQ=255)
               aCTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGAttt                                                                                                                                 >  1:1641588/1‑149 (MQ=255)
               aCTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGAttt                                                                                                                                 >  2:3361002/1‑149 (MQ=255)
                cTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGAtttt                                                                                                                                >  2:3517221/1‑149 (MQ=255)
                 tGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTa                                                                                                                               >  1:411857/1‑149 (MQ=255)
                   aTAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAg                                                                                                                             <  2:4515381/149‑1 (MQ=255)
                      aacTTTTATTTTCAATTGGGAGAAAGTGTGTTATCGATTTATATCTTTTTCTCCTTTAGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCTGCG‑TTAAATTTTGATTTATTTAACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGttt                                                                                                                          <  2:1536023/147‑1 (MQ=255)
                      aCCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGttt                                                                                                                          <  1:3385143/149‑1 (MQ=255)
                      aCCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGttt                                                                                                                          <  1:2509321/149‑1 (MQ=255)
                       ccTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtttt                                                                                                                         <  1:1728293/149‑1 (MQ=255)
                       ccTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtttt                                                                                                                         <  2:324696/149‑1 (MQ=255)
                       ccTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCCTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtttt                                                                                                                         >  2:83045/1‑149 (MQ=255)
                        cTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGttttt                                                                                                                        >  1:3455642/1‑149 (MQ=255)
                        cTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGGATATCTTTTTCTCCTTTAGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTACACATAGAGATAGTGGTTTTCTATATATTTAATGATTTTAAGtttat                                                                                                                        >  1:3455421/1‑147 (MQ=255)
                         ttttATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtttttt                                                                                                                       >  1:2799247/1‑149 (MQ=255)
                         ttttATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtttttt                                                                                                                       >  2:1223794/1‑149 (MQ=255)
                          tttATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTtta                                                                                                                      >  2:4188252/1‑149 (MQ=255)
                          tttATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTtta                                                                                                                      <  1:1547722/149‑1 (MQ=255)
                             aTTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTttaatt                                                                                                                   <  1:1769179/149‑1 (MQ=255)
                                 tCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATg                                                                                                               <  2:357847/149‑1 (MQ=255)
                                 tCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATg                                                                                                               <  1:2100499/149‑1 (MQ=255)
                                 tCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATg                                                                                                               <  1:1727253/149‑1 (MQ=255)
                                     ttGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAAt                                                                                                           >  1:1463266/1‑149 (MQ=255)
                                     ttGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAAt                                                                                                           >  1:1463112/1‑149 (MQ=255)
                                      tGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAAtt                                                                                                          >  2:2246076/1‑149 (MQ=255)
                                       gggAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTa                                                                                                         >  2:3712907/1‑149 (MQ=255)
                                       gggAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTa                                                                                                         <  1:877079/149‑1 (MQ=255)
                                        ggAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTAc                                                                                                        >  1:1352272/1‑149 (MQ=255)
                                        ggAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTAc                                                                                                        >  1:4724811/1‑149 (MQ=255)
                                           gaAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTAAGaa                                                                                                     >  1:3404669/1‑149 (MQ=255)
                                            aaaGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGaaa                                                                                                    >  2:3441739/1‑149 (MQ=255)
                                             aaGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAAt                                                                                                   >  1:4193126/1‑149 (MQ=255)
                                               gggggTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGa                                                                                                 >  2:2855565/1‑149 (MQ=255)
                                                    tGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAACTTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGc                                                                                            >  2:387535/1‑149 (MQ=255)
                                                     gATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCa                                                                                           >  2:1459321/1‑149 (MQ=255)
                                                       tCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAgg                                                                                         >  2:3083386/1‑149 (MQ=255)
                                                         gatgTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGtt                                                                                       <  2:1310019/146‑1 (MQ=255)
                                                           tgTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTa                                                                                     >  1:282445/2‑149 (MQ=255)
                                                           tgTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTa                                                                                     >  2:2247317/2‑149 (MQ=255)
                                                             tataTCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAg                                                                                   >  2:2474284/1‑149 (MQ=255)
                                                             tataTCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAg                                                                                   <  1:4414385/149‑1 (MQ=255)
                                                             tataTCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAg                                                                                   <  1:3945601/149‑1 (MQ=255)
                                                              atatCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGt                                                                                  >  2:773812/1‑149 (MQ=255)
                                                                 tCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgat                                                                               <  1:3259954/149‑1 (MQ=255)
                                                                 tCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgat                                                                               >  2:888606/1‑149 (MQ=255)
                                                                 tCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCACAGGTTTAAGtgat                                                                               >  1:1970031/1‑149 (MQ=255)
                                                                   tttttCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgattt                                                                             <  2:3945810/149‑1 (MQ=255)
                                                                   tttttCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgattt                                                                             >  2:4354981/1‑149 (MQ=255)
                                                                    ttttCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgattta                                                                            >  1:1431825/1‑149 (MQ=255)
                                                                         tcCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattga                                                                       >  1:3787268/1‑149 (MQ=255)
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                                                                                                                                                   |                                                                                                                                                
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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

BRESEQ :: bam2aln output
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                                                                                                                                                    |                                                                                                                                                     
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                AACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTT                                                                                                                                      >  SRR19973071.1647556/1‑150 (MQ=60)
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                                                                                           CCTAAGGAGTAGTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTT                                                           <  SRR19973071.3268393/150‑1 (MQ=60)
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                                                                                             TAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGC                                                         >  SRR19973071.2143390/1‑150 (MQ=60)
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                                                                                               AGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCA                                                       <  SRR19973071.1143501/150‑1 (MQ=60)
                                                                                               AGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCA                                                       <  SRR19973071.4525226/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                    TATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATC                                                  <  SRR19973071.662151/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                     ATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCA                                                 <  SRR19973071.670192/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                     ATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCA                                                 <  SRR19973071.3068309/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                     ATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCA                                                 >  SRR19973071.4716427/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                              TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATA                                        <  SRR19973071.3227198/150‑1 (MQ=60)
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                                                                                                                                                  TTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACATCCG    <  SRR19973071.880451/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                                   TCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACATCCGT   >  SRR19973071.1185277/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                                   TCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACATCCGT   >  SRR19973071.3580872/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                                    CTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACATCCGTC  <  SRR19973071.3094290/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                                    |                                                                                                                                                     
GTTGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACATCCGTC  >  CP009273/647361‑647658

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑