Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F78 I0 R1 626 241.3 10389380 77.7% 8072548 149.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP009273 647,509 T→C 69.8% intergenic (‑197/‑182) citC ← / → citA [citrate [pro‑3S]‑lyase] ligase/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CitB

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP009273647,5090TC69.8% 289.7 / 170.7 202intergenic (‑197/‑182)citC/citA[citrate [pro‑3S]‑lyase] ligase/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CitB
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (34/27);  new base C (76/65);  total (110/92)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.78e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.73e-01

Only 100 of 216 total aligned reads displayed.

TTGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACATCC  >  CP009273/647362‑647655
                                                                                                                                                   |                                                                                                                                                  
ttgttCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTttta                                                                                                                                                  <  2:3116037/150‑1 (MQ=255)
  gttCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctatt                                                                                                                                                >  2:3435201/1‑150 (MQ=255)
    tCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtttattta                                                                                                                                              <  1:134068/150‑1 (MQ=255)
    tCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctattta                                                                                                                                              <  1:3162350/150‑1 (MQ=255)
    tCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtttattta                                                                                                                                              >  2:2801264/1‑150 (MQ=255)
      aaTGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctatttatt                                                                                                                                            >  2:4758907/1‑150 (MQ=255)
            gCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGa                                                                                                                                      >  2:1717485/1‑150 (MQ=255)
              aaaCTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGAtt                                                                                                                                    <  2:2110695/150‑1 (MQ=255)
              aaaCTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGAtt                                                                                                                                    <  2:2110918/150‑1 (MQ=255)
               aaCTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGAttt                                                                                                                                   >  1:2133722/1‑150 (MQ=255)
                 cTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTa                                                                                                                                 >  1:370684/1‑150 (MQ=255)
                 cTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTa                                                                                                                                 >  1:2981574/1‑150 (MQ=255)
                  tGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTaa                                                                                                                                <  1:377827/150‑1 (MQ=255)
                  tGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTaa                                                                                                                                >  2:3786523/1‑150 (MQ=255)
                     tAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtt                                                                                                                             <  1:1999356/150‑1 (MQ=255)
                     tAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtt                                                                                                                             <  2:3302920/150‑1 (MQ=255)
                       aCCATTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGAGATCGAGTTATATCTTTTTCTCCTATCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATATATTTCACATATAGTTAGTTGTTTTTTATTTATTTAATGAATTTAAGtttt                                                                                                                           >  2:5164751/1‑150 (MQ=255)
                        ccTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGttttt                                                                                                                          <  1:1166986/150‑1 (MQ=255)
                        ccTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGttttt                                                                                                                          <  1:1167298/150‑1 (MQ=255)
                         cTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGtttttt                                                                                                                         >  1:2207825/1‑150 (MQ=255)
                         cTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtttttt                                                                                                                         <  2:2133722/150‑1 (MQ=255)
                         cTTTGAATTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTAGACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAAAGTGAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtttttt                                                                                                                         <  2:4953480/150‑1 (MQ=255)
                                tttCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTtaattaat                                                                                                                  <  2:815890/150‑1 (MQ=255)
                                 ttCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATg                                                                                                                 >  2:5090367/1‑150 (MQ=255)
                                 ttCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTtaattaatt                                                                                                                 >  2:4986819/1‑149 (MQ=255)
                                  tCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGt                                                                                                                <  2:4746641/150‑1 (MQ=255)
                                   cACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTa                                                                                                               >  2:1637732/1‑150 (MQ=255)
                                   cACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTa                                                                                                               <  1:4697960/150‑1 (MQ=255)
                                    aCTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTaa                                                                                                              >  1:244587/1‑150 (MQ=255)
                                      ttGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAAtt                                                                                                            >  1:411269/1‑150 (MQ=255)
                                      ttGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTATTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGAAAtt                                                                                                            >  2:3699614/1‑150 (MQ=255)
                                          gagaAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGa                                                                                                        <  1:2826370/150‑1 (MQ=255)
                                          gagaAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGa                                                                                                        >  2:2011059/1‑150 (MQ=255)
                                            gaAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGaaa                                                                                                      <  2:2701265/150‑1 (MQ=255)
                                              aaGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATg                                                                                                    <  2:5044075/150‑1 (MQ=255)
                                               aGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGa                                                                                                   <  1:1506183/150‑1 (MQ=255)
                                                 ggggTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACt                                                                                                 >  1:5129778/1‑150 (MQ=255)
                                                   ggTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCg                                                                                               <  1:495552/150‑1 (MQ=255)
                                                    gTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGc                                                                                              >  2:1861246/1‑150 (MQ=255)
                                                      gATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAg                                                                                            >  1:1653689/1‑150 (MQ=255)
                                                      gATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAg                                                                                            >  1:2394791/1‑150 (MQ=255)
                                                      gATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTAAGAAATGACTCGCAg                                                                                            >  2:2309997/1‑150 (MQ=255)
                                                      gATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAg                                                                                            >  1:593688/1‑150 (MQ=255)
                                                             gTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTGTAAg                                                                                     >  2:2740490/1‑150 (MQ=255)
                                                              tataTCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGt                                                                                    <  2:3643839/150‑1 (MQ=255)
                                                               atatCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtg                                                                                   >  2:3012045/1‑150 (MQ=255)
                                                               atatCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtg                                                                                   >  2:4401961/1‑150 (MQ=255)
                                                                tatCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtga                                                                                  >  2:4380751/1‑150 (MQ=255)
                                                                   cTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgattt                                                                               >  2:2522224/1‑150 (MQ=255)
                                                                    ttgttCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgattta                                                                              <  2:4514036/147‑1 (MQ=255)
                                                                       ttCTACTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCTTGAAATTTTGATTTATTTAACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAATtgatttaatt                                                                           <  2:895313/150‑1 (MQ=255)
                                                                         ctcCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTATGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattga                                                                         >  1:2358072/1‑150 (MQ=255)
                                                                         ctcCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattga                                                                         <  1:2318909/150‑1 (MQ=255)
                                                                            cTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATTTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgattt                                                                      >  2:4123708/1‑150 (MQ=255)
                                                                             tttCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgattta                                                                     <  1:796583/150‑1 (MQ=255)
                                                                              ttCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgatttaa                                                                    >  2:2089598/1‑150 (MQ=255)
                                                                               tCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgatttaat                                                                   >  1:2680781/1‑150 (MQ=255)
                                                                                cGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATg                                                                  <  2:4906749/150‑1 (MQ=255)
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TTGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACATCC  >  CP009273/647362‑647655

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 

GATK/CNVnator alignment

BRESEQ :: bam2aln output
TTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACATCCG  >  CP009273/647365‑647656
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               TGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAA                                                                                                                                 <  SRR19973083.379664/150‑1 (MQ=60)
                GATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAG                                                                                                                                >  SRR19973083.3477424/1‑150 (MQ=60)
                  TAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTT                                                                                                                              <  SRR19973083.2009566/150‑1 (MQ=60)
                   AACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTT                                                                                                                             <  SRR19973083.238240/150‑1 (MQ=60)
                     CCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTT                                                                                                                           <  SRR19973083.1173093/150‑1 (MQ=60)
                     CCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTT                                                                                                                           <  SRR19973083.1173100/150‑1 (MQ=60)
                     CCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTT                                                                                                                           <  SRR19973083.1172786/150‑1 (MQ=60)
                      CTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTT                                                                                                                          >  SRR19973083.2099664/1‑150 (MQ=60)
                      CTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTT                                                                                                                          >  SRR19973083.2218943/1‑150 (MQ=60)
                      CTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTT                                                                                                                          <  SRR19973083.1598959/150‑1 (MQ=60)
                        TTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAA                                                                                                                        >  SRR19973083.602600/1‑150 (MQ=60)
                                CACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTA                                                                                                                <  SRR19973083.4718096/150‑1 (MQ=60)
                                 ACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAA                                                                                                               >  SRR19973083.1183832/1‑150 (MQ=60)
                                 ACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAA                                                                                                               >  SRR19973083.2655648/1‑150 (MQ=60)
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                                 ACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAA                                                                                                               >  SRR19973083.245929/1‑150 (MQ=60)
                                   TTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATT                                                                                                             >  SRR19973083.413121/1‑150 (MQ=60)
                                      GGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACG                                                                                                          >  SRR19973083.5146735/1‑150 (MQ=60)
                                       GAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGA                                                                                                         <  SRR19973083.903917/150‑1 (MQ=60)
                                       GAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGA                                                                                                         <  SRR19973083.2840361/150‑1 (MQ=60)
                                            AGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGA                                                                                                    <  SRR19973083.1513767/150‑1 (MQ=60)
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                                                GGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCG                                                                                                <  SRR19973083.497938/150‑1 (MQ=60)
                                                  TGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGAATCGCA                                                                                              >  SRR19973083.2273037/1‑150 (MQ=60)
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                                                   GATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAG                                                                                             >  SRR19973083.1661901/1‑150 (MQ=60)
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                                                                                            GGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCAC                                                    >  SRR19973083.1812257/1‑150 (MQ=60)
                                                                                            GGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCAC                                                    <  SRR19973083.2805318/150‑1 (MQ=60)
                                                                                            GGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCAC                                                    >  SRR19973083.1812531/1‑150 (MQ=60)
                                                                                             GAGTATTTCTGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACG                                                   <  SRR19973083.4040432/150‑1 (MQ=60)
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                                                                                               GTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGAT                                                 <  SRR19973083.3223059/150‑1 (MQ=60)
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                                                                                                    TCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAA                                            <  SRR19973083.3803601/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                     CGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGATTTCTATTTATATAATTATTTTAAGTTTTTTAATTAATTTAATTACGAAATTAAACGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAAT                                           >  SRR19973083.2690246/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                        CGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAA                                        <  SRR19973083.505835/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                         GTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAAT                                       <  SRR19973083.2613419/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                         GTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAAT                                       >  SRR19973083.437774/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                         GTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAAT                                       <  SRR19973083.3390493/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                           GAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATAT                                     <  SRR19973083.1561893/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                TTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATATATG                                >  SRR19973083.1886938/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                 TTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGT                               <  SRR19973083.742490/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                 TTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGT                               <  SRR19973083.742452/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                        ATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGA                        >  SRR19973083.3454985/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                        ATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGA                        >  SRR19973083.3454877/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                        ATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGA                        >  SRR19973083.2475521/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                        ATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGA                        >  SRR19973083.839137/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                             ACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAA                   >  SRR19973083.1754991/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                               ATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACA                 >  SRR19973083.1876272/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                TAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACAT                <  SRR19973083.2975521/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                TAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACAT                <  SRR19973083.4091856/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                TAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACAT                <  SRR19973083.2975604/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                   AGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTT             <  SRR19973083.4698278/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                      TAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAAT          >  SRR19973083.909385/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                       AGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATT         <  SRR19973083.4276175/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                         TGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTATAATTAC       >  SRR19973083.3044424/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                          GGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACA      >  SRR19973083.3937976/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                          GGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACA      >  SRR19973083.3937881/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                          GGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACA      >  SRR19973083.15910/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                          GGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTAAACATTTTAATTACA      >  SRR19973083.3939700/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                           GTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACAT     >  SRR19973083.2342463/1‑150 (MQ=60)
                                                                                                                                              TTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACATCCG  <  SRR19973083.137371/150‑1 (MQ=60)
                                                                                                                                                |                                                                                                                                                   
TTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACATCCG  >  CP009273/647365‑647656

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: