Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
234,990 |
G→T |
10.3% |
F78L (TTC→TTA) |
ykfM ← |
lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 234,990 | 0 | G | T | 10.3%
| 684.9
/ 3.2
| 312 | F78L (TTC→TTA) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (128/127); new base T (18/32); total (147/165) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.79e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
ACCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAA > CP009273/234843‑235137
|
ccGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGa < 2:3090563/148‑1 (MQ=255)
cGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGaa < 1:2670760/148‑1 (MQ=255)
ggggTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGAt < 2:1619798/148‑1 (MQ=255)
ggggTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGAt < 1:509848/148‑1 (MQ=255)
gggTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGAtt > 2:1430813/1‑148 (MQ=255)
gTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGAtttt < 1:552619/148‑1 (MQ=255)
tGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTtta < 2:1477550/148‑1 (MQ=255)
gATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttat < 2:2552546/148‑1 (MQ=255)
tAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttatta < 1:158289/148‑1 (MQ=255)
ttAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCg > 2:1500266/1‑148 (MQ=255)
tAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCgt > 2:3401046/1‑148 (MQ=255)
tAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAgt > 1:3657808/1‑148 (MQ=255)
ttGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCgtaag‑ta < 2:2910617/148‑1 (MQ=255)
tGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATAgtaag‑taa > 1:742987/1‑148 (MQ=255)
gACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑Taaa < 1:1099534/148‑1 (MQ=255)
gACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑Taaa < 2:251825/148‑1 (MQ=255)
aCATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑Taaaa < 1:426147/148‑1 (MQ=255)
aCATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑Taaaa < 1:3311728/148‑1 (MQ=255)
aCATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑Taaaa < 1:1408908/148‑1 (MQ=255)
atCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTAc < 1:2813599/148‑1 (MQ=255)
tCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACa < 2:2252760/148‑1 (MQ=255)
tgtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTTAGAATTATTTTTTTATATTAAT‑TAAAAtaaaatta > 1:1002281/1‑141 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAAAGATTTTATTATAGTAAG‑TAAAATTAAATGAat > 1:2689192/1‑148 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAat < 2:668956/148‑1 (MQ=255)
gACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAata < 2:1935442/148‑1 (MQ=255)
cAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATTATTTTATTATAGTAAG‑TAAAAATAAAAGAATAtt > 1:13213/1‑148 (MQ=255)
cAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATAtt < 2:1144792/148‑1 (MQ=255)
cAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATAtt > 2:60677/1‑148 (MQ=255)
aaaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTTAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTa < 2:537465/148‑1 (MQ=255)
aaaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAT‑TAAAATTAAATGAATATTTa > 1:3406018/1‑148 (MQ=255)
aaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTaa < 1:1205862/148‑1 (MQ=255)
aaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTaa > 2:1942697/1‑148 (MQ=255)
aGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTaaa < 1:2617488/148‑1 (MQ=255)
aGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTaaa < 1:1923059/148‑1 (MQ=255)
gCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAgg < 2:1580652/148‑1 (MQ=255)
aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaaa < 1:182225/148‑1 (MQ=255)
cggttatATTACTATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGATTGATTTTTTTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGAc < 2:3265066/142‑1 (MQ=255)
gttgatATTACGATAGATTTTATTAAAAATATATGATTTAGCTGTATTTTTTTGTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTTTTTTTTTATCGTAAG‑TAAATTTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACa < 2:436751/143‑1 (MQ=255)
ggTGCTATTACTATAGCATTTTGTAAAAATATAAGATTTAGCTTTTTTGTTATGTGTGTGGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCGTATT‑TAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACa < 2:2329367/148‑1 (MQ=255)
ggTGCTATTACGATAGATATTATTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTTTTTTGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCTTAAT‑TAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACa < 2:3047676/148‑1 (MQ=255)
aTTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAATAATTATTTTTTTATAGTAAGTTAAAATAAAATAAAAATTTAAAAA‑GAAAACGACaataaaa > 1:2566341/1‑142 (MQ=255)
taTAGCTATTATTAAATATATAATTGTTAGGTGTATTTTTTTGTTTGTGGCGAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAg < 2:2856005/147‑1 (MQ=255)
aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGc > 2:84874/1‑148 (MQ=255)
aTAGATATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTTTTTTTTTGTCTGTGGCGAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATATTGATTTTATTATCGTAAT‑TAAATTTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGc < 1:3178224/148‑1 (MQ=255)
aGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAT‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGcac > 2:1048701/1‑148 (MQ=255)
aGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAG‑TAAAATTAAATGAATATTTAAAAATGAAAAAGAAAAGAAAAAGAAGaac > 1:2021187/1‑148 (MQ=255)
attattAAAAATATAAGTTTTAGCTTTATTTTTTTGTCTGTGGCGAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAT‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa < 2:932571/148‑1 (MQ=255)
attattAAAAATATAAGATTTAGGTGTTTTTTTTTTTCTGTGGATAATTTGACTACCTCGTTTTTTTTGATTAATAATTATTTTTTTATCTTAAT‑TAAAATTAATTGAATATTTAAAACGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa < 1:2453244/148‑1 (MQ=255)
aTTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTTTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCTTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa < 2:931557/148‑1 (MQ=255)
aTTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGATTGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa < 2:1533249/148‑1 (MQ=255)
ttAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAAt > 1:2488174/1‑148 (MQ=255)
ttAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAT‑TAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACAAGAAACACAAGCACAGaaa > 2:2600754/1‑147 (MQ=255)
tAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAATAATTATTTTATTATAGTTAG‑TAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGTAAAAAGACAATAAAAAGAAGCACACAAta > 1:1716685/1‑147 (MQ=255)
aGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGaaaaa > 1:889770/1‑145 (MQ=255)
ttaaatttataAGTGTTTGCTTTTTTGTTAGGTCTGTGGCTAAATTGAATACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAT‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCaa < 2:1233504/141‑1 (MQ=255)
gTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAAAGACATGAAACCCAAGCACAGAATCaa > 2:2689743/1‑148 (MQ=255)
tAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAG‑TAAAATTAAATGAATATTTTAAAATGAAAACGACATGAAAACCAATCACacaaacaaa > 1:3008556/1‑147 (MQ=255)
aaaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTTAGAAATATTTTTTTATAGTAAG‑TAAAAATACAAGAATATTTAAAAATGAAAAAAACAAGAAACCCAAGCACACaaaaaaaa > 1:681671/1‑142 (MQ=255)
aaaTATAAGTGTTTGCTGTTTTGTTTTGTCTGTGGCGAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGATTTTTTTTATTATCGTAAT‑TAAATTTACTTTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAtt < 2:1766084/148‑1 (MQ=255)
aaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTTAAAATGAAAAAGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACAtt > 1:840893/1‑148 (MQ=255)
atatAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGCACACAATCAACATtct > 1:2827502/1‑148 (MQ=255)
taAGAGTTAGCGGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCa < 2:137235/148‑1 (MQ=255)
aaGAGTTAGCTGTTTTGTTATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCGTAAT‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCaa < 2:613346/148‑1 (MQ=255)
aaGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCaa > 2:3337040/1‑148 (MQ=255)
attgTTAGTTGTTTTGTTATGTGTGTGGCTAATTTGACTACCTTGTTTTTTTTGATTAAGTATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAt < 2:208696/145‑1 (MQ=255)
gagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATc > 2:352680/1‑148 (MQ=255)
agTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAG‑TAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATTAAACCGAAGCACAGAATAAACATTCTCCAATCa > 2:3062596/1‑148 (MQ=255)
tAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATTATTTTATTATAGTAAG‑TAAAATTAAATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACATTATCCAAtaataa > 1:219620/1‑148 (MQ=255)
tAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATaa > 2:513840/1‑148 (MQ=255)
gCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATaaaa > 2:2759054/1‑148 (MQ=255)
gCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATAATaaaa > 2:2395625/1‑148 (MQ=255)
ttttttttGTCTGGGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCGAAAT‑TAAATTTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGAACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt < 1:3074175/141‑1 (MQ=255)
aTTTTTATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTGTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt < 2:2813788/148‑1 (MQ=255)
aTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt > 2:1279490/1‑148 (MQ=255)
ttttGTCTGTGGCTAATTTGACTACATTCGTTTTTTTGATTAATATTGATTTTTTTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGt < 2:806967/145‑1 (MQ=255)
ttATGTTGGTGTCCAATTTGACTACCTTATTTTTTTTGATTAACAATTATTTTATTATCTTAAT‑TAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGt < 2:3217191/148‑1 (MQ=255)
ttATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCTTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGt < 2:265595/148‑1 (MQ=255)
ttgtgtgtgGCTAAATTGACTACCTTGTTTTTTTTGATTAATATTTATTTTATTATCTTAAT‑AAAATTTACATTAATATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTgg < 1:2733051/147‑1 (MQ=255)
cTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAG‑TAAAAATACATGAATATTTTAAAATGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACAATCTACAATCATAAAATATTTGCGTGGTGCa > 1:618009/1‑148 (MQ=255)
gtgGCGAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATCGTAAT‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtt < 1:1285772/148‑1 (MQ=255)
gtgGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAATAAATATTTTATTTTAGTTAG‑TAAAAATAAAAGAATATTTAAAAAAGAAAACGACAAGAAAACGAAGCACAAAAAAAACATTCTACAAAAAAAAAAAAATTAAGGGGAGCAtt > 1:3519365/1‑148 (MQ=255)
gtctaaaTTGACTACCTTTTTTTTTTTTATTAATATTGATTTTATTATATTAAT‑TAAATTAAAATTAATATTAAAAAAGAAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtttt < 1:15145/144‑1 (MQ=255)
aTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAG‑TAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGAAATGAAAAAGAAGCACAGAAAAAAAATTATACAATAATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTattatt > 2:3641340/1‑148 (MQ=255)
ttGACTACCTTGTTTTTTTTTATTAATATTGATTTTATTATCGTAAG‑AAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTg < 1:1837576/148‑1 (MQ=255)
aatcccTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAT‑TAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAat < 2:3061335/144‑1 (MQ=255)
aCCTTCGTTTTTTTGATTAATAATTAATTTAATATCGTAAG‑TAAAATTACAAGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACATAAAAAACATTATCCAAACATAAAATATTTAAGTGGAGCATTTTATTATTTAAaata > 2:2529288/1‑148 (MQ=255)
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ACCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAA > CP009273/234843‑235137
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
