Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,358,641 |
G→T |
100% |
I153I (ATC→ATA) |
ais ← |
putative LPS core heptose(II)‑phosphate phosphatase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,358,641 | 0 | G | T | 97.0%
| 735.8
/ 10.2
| 236 | I153I (ATC→ATA) | ais | putative LPS core heptose(II)‑phosphate phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/2); new base T (106/123); total (111/125) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.58e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
ATTTAGTGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACGATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGAATGGTCCGGACGGTATTACTG > CP009273/2358495‑2358785
|
aTTTAGTGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACGa < 1:2774047/148‑1 (MQ=255)
tttAGTGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCTATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTat > 2:2222922/1‑148 (MQ=255)
tttAGTGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTat > 1:116593/1‑148 (MQ=255)
tttAGTGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTat > 1:117857/1‑148 (MQ=255)
gTGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATAttt < 1:3492907/148‑1 (MQ=255)
ggTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATAttttt < 2:724028/148‑1 (MQ=255)
gTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTa < 2:1382024/148‑1 (MQ=255)
gTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTa < 2:1451833/148‑1 (MQ=255)
ttAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTAt > 2:3658627/1‑148 (MQ=255)
ttAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTAt < 2:1555809/148‑1 (MQ=255)
ttAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTAt < 2:172081/148‑1 (MQ=255)
tAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATACTCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATc > 2:2711589/1‑148 (MQ=255)
tAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATc > 1:3245107/1‑148 (MQ=255)
tAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATc < 1:3616388/148‑1 (MQ=255)
tAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATc < 1:1361868/148‑1 (MQ=255)
tAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATc > 2:3403239/1‑148 (MQ=255)
aCGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAg > 2:3585131/1‑148 (MQ=255)
aTTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGgcgc < 2:1259364/148‑1 (MQ=255)
ttCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCgct < 2:63501/148‑1 (MQ=255)
ttCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCgct < 2:1995162/148‑1 (MQ=255)
ttCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTGTAGCAATATCTGTCAGGCACTGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCgct > 2:1946437/1‑148 (MQ=255)
tCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCgctt < 2:3731625/148‑1 (MQ=255)
ccATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCgctttgc > 1:671263/1‑148 (MQ=255)
cATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCgctttgct < 1:2527485/148‑1 (MQ=255)
tCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCgctttgcttt < 1:910360/148‑1 (MQ=255)
tCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCgctttgcttt < 2:871499/148‑1 (MQ=255)
aGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTa > 2:338818/1‑148 (MQ=255)
gATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTaa < 1:3560169/148‑1 (MQ=255)
aTAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAg > 1:1807912/1‑148 (MQ=255)
tAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGt < 1:2562096/148‑1 (MQ=255)
aaaCTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTc > 1:1000258/1‑148 (MQ=255)
tttGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTa < 2:1467563/148‑1 (MQ=255)
ttGCCTTTTTCCACATGCATGACTCAACCATCCAGATACTGAGGTTTACATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTaa < 2:2767797/148‑1 (MQ=255)
ttGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTaa < 1:3339401/148‑1 (MQ=255)
cTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGc < 1:3004337/148‑1 (MQ=255)
ccACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACtata > 1:2006499/1‑148 (MQ=255)
acaTGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATaaa > 1:1419711/1‑148 (MQ=255)
catgcatgACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAAt < 1:3346898/148‑1 (MQ=255)
tgcatgACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAAtct > 1:2690627/1‑148 (MQ=255)
gcatgACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAAtctc < 2:147013/148‑1 (MQ=255)
gcatgACTAAACCATACAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAAtctc < 2:2275507/148‑1 (MQ=255)
catgACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCa < 2:2071710/148‑1 (MQ=255)
catgACTAAACCATACATATAATCATTTTTAAATGTCGCGTCACGATTATCTTTATCAATTTATGTCAGTCAATGATTATTGTTTAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCa < 2:2437074/148‑1 (MQ=255)
atgACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCAt < 2:2115343/148‑1 (MQ=255)
gACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTa > 1:1729985/1‑148 (MQ=255)
gACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTa > 2:800626/1‑148 (MQ=255)
gACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTa > 1:1209128/1‑148 (MQ=255)
tAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCg < 1:1070259/148‑1 (MQ=255)
ccATCCAGATAATCAGGTTTAATTGTCGCGTCACGATTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACt < 1:2340342/148‑1 (MQ=255)
ccATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACGATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACt > 2:1895789/1‑148 (MQ=255)
aTCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTga < 2:2690627/148‑1 (MQ=255)
ccAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTgaag < 1:2782642/148‑1 (MQ=255)
ccAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTgaag > 1:2181791/1‑148 (MQ=255)
gATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGaagaag > 2:474510/1‑148 (MQ=255)
gATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGaagaag < 2:579234/148‑1 (MQ=255)
gATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGaagaag > 1:591022/1‑148 (MQ=255)
aTCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGt < 2:1620314/148‑1 (MQ=255)
cAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGttt > 2:2879066/1‑148 (MQ=255)
aGGTTTAAATGTCGCGTCAAGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGTGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTa < 1:2700261/148‑1 (MQ=255)
ttAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTa > 1:2500677/1‑148 (MQ=255)
ttAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTa < 1:2403721/148‑1 (MQ=255)
tAACTGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTAc < 2:3808971/148‑1 (MQ=255)
aaTGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCg > 2:323260/1‑148 (MQ=255)
gTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCa < 1:3231867/148‑1 (MQ=255)
tCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCaa < 2:914477/148‑1 (MQ=255)
tCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCaa < 1:1132933/148‑1 (MQ=255)
cACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAAtttttt > 1:1548190/1‑148 (MQ=255)
cACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTATGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAAtttttt > 1:3448021/1‑148 (MQ=255)
gCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTAcc < 1:2650166/148‑1 (MQ=255)
cTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTAccc > 1:1920242/1‑148 (MQ=255)
cTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACAGAAGAAGTCGTGTATCTACCCTCAATTTTTTaaac > 1:2913545/1‑145 (MQ=255)
ttATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCg > 1:3246008/1‑148 (MQ=255)
tATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTAACCGc > 1:3605484/1‑148 (MQ=255)
tCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTg > 2:1819479/1‑148 (MQ=255)
ttAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGaaa < 2:1853156/148‑1 (MQ=255)
ttAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTAACCGCTGaaa > 1:3682527/1‑148 (MQ=255)
cAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCa < 2:1336440/148‑1 (MQ=255)
cAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCa < 2:2907993/148‑1 (MQ=255)
tatatGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGt > 1:2852082/1‑148 (MQ=255)
tatatGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTAACCGCTGAAAACCAGGt > 1:754200/1‑148 (MQ=255)
atGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGc > 1:534788/1‑148 (MQ=255)
tCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGa < 2:784267/148‑1 (MQ=255)
aGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGATTTGCTTTGTAAGTCATTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACAAGGTAGCCGACt > 2:2951086/1‑148 (MQ=255)
ggCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTg > 2:2389483/1‑148 (MQ=255)
gCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATATACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGa > 1:3523173/1‑148 (MQ=255)
cAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGaa > 2:124460/1‑148 (MQ=255)
cAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTGTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGaa > 1:2585157/1‑148 (MQ=255)
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ATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTT > SRR19973069.496326/1‑150 (MQ=60)
AGGTTTAAATGTCGCGTCAAGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGTGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATC < SRR19973069.2718355/150‑1 (MQ=60)
GTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTA < SRR19973069.1121494/150‑1 (MQ=60)
GTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTA < SRR19973069.3494812/150‑1 (MQ=60)
GTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTA > SRR19973069.2517378/1‑150 (MQ=60)
GTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTA > SRR19973069.2517881/1‑150 (MQ=60)
TTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACC < SRR19973069.2419985/150‑1 (MQ=60)
GTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAAT < SRR19973069.3253009/150‑1 (MQ=60)
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TCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATT < SRR19973069.2555125/150‑1 (MQ=60)
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TATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGAATGGTCCGGACGGTATTACTGGAATA < SRR19973069.3732381/150‑1 (MQ=60)
|
AAAATTTAGTGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACGATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGAATGGTCCGGACGGTATTACTGGAATA > CP009273/2358492‑2358790
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
