Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F55 I0 R1
|
519 |
344.2 |
11360120 |
95.0% |
10792114 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
198,022 |
C→A |
41.3% |
R189S (CGT→AGT) |
lpxD → |
UDP‑3‑O‑(3‑hydroxymyristoyl)‑glucosamine N‑acyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 198,022 | 0 | C | A | 41.3%
| 277.2
/ inf
| 290 | R189S (CGT→AGT) | lpxD | UDP‑3‑O‑(3‑hydroxymyristoyl)‑glucosamine N‑acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (77/93); new base A (66/54); total (143/147) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
GTTGCTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCAGATTGCA > CP009273/197873‑198171
|
tGCTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGt < 2:104054/150‑1 (MQ=255)
tGCTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGt < 2:3501965/150‑1 (MQ=255)
gCTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTg < 2:641476/150‑1 (MQ=255)
cTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTgg < 2:3028924/150‑1 (MQ=255)
cTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGGCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCACCGATAGTgg > 2:4177579/1‑150 (MQ=255)
ttCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGGTCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGt < 1:2498632/150‑1 (MQ=255)
gTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCGTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAAc > 2:4618692/1‑150 (MQ=255)
tAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACt > 1:1768364/1‑150 (MQ=255)
tAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACt > 2:5141710/1‑150 (MQ=255)
tAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACt > 1:4339445/1‑150 (MQ=255)
aGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTg > 1:2024461/1‑150 (MQ=255)
gTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTggg > 1:3631414/1‑150 (MQ=255)
tAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGt < 1:1515844/150‑1 (MQ=255)
tAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGAAGACGGCTTTGGTTATGCCTACGATCGTGGTAACTGGGt > 1:5178865/1‑150 (MQ=255)
aaaaaCAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTg < 2:5050180/150‑1 (MQ=255)
aaCAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAAGTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAg < 2:1682375/150‑1 (MQ=255)
aCAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGa < 1:5649317/150‑1 (MQ=255)
aCAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGa < 1:2842938/150‑1 (MQ=255)
aaaaTCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCca > 2:2596478/1‑150 (MQ=255)
aTCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAg < 1:1080601/150‑1 (MQ=255)
aTCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATATACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGCACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCcaccg > 2:2311975/1‑148 (MQ=255)
cGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCCGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGAt > 1:325818/1‑150 (MQ=255)
ggTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGAtt < 1:2104793/150‑1 (MQ=255)
ggTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGAtt > 2:4094645/1‑150 (MQ=255)
gTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTg < 1:3966793/150‑1 (MQ=255)
catgTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTc < 2:5228945/147‑1 (MQ=255)
cAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTc < 1:3245463/150‑1 (MQ=255)
aGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTcg > 2:781878/1‑150 (MQ=255)
aGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTcg > 2:288473/1‑150 (MQ=255)
ggTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTcgc < 2:3430291/150‑1 (MQ=255)
gTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTcgcg > 1:4053144/1‑150 (MQ=255)
tCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTa < 2:4715957/150‑1 (MQ=255)
cgcgTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTaa < 2:3304263/150‑1 (MQ=255)
ctctGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAattatt > 2:48428/1‑150 (MQ=255)
tctGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTg < 1:1462929/150‑1 (MQ=255)
ctGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTgg < 2:3796073/150‑1 (MQ=255)
ctGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTgg < 1:3711453/150‑1 (MQ=255)
tGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGc > 1:4195503/1‑150 (MQ=255)
tGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGc < 2:2135254/150‑1 (MQ=255)
gCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGAt > 2:274139/1‑150 (MQ=255)
cGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATc < 1:2897968/150‑1 (MQ=255)
taaCGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATcg < 1:5416281/149‑1 (MQ=255)
aCGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATcgcg < 1:4830649/150‑1 (MQ=255)
aCGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATcgcg < 2:5207914/150‑1 (MQ=255)
gTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTg > 1:2748287/1‑150 (MQ=255)
aaCCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGTTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGga < 1:5347034/150‑1 (MQ=255)
aCCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGgag < 2:2522305/150‑1 (MQ=255)
aTTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATc < 1:1307559/150‑1 (MQ=255)
tttACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCg < 2:919864/150‑1 (MQ=255)
tACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGt > 1:3442210/1‑150 (MQ=255)
aCCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTg < 1:937435/150‑1 (MQ=255)
agaTCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGca > 2:625693/1‑150 (MQ=255)
agaTCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGca > 1:3124547/1‑150 (MQ=255)
ccAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAAc > 2:240019/1‑150 (MQ=255)
cAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAAcc < 2:3702277/150‑1 (MQ=255)
aGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCa > 1:897570/1‑150 (MQ=255)
aTCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCatc < 1:243477/150‑1 (MQ=255)
gTCAGTATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTTGTAGGCGCAGACGGCTTGGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCatcgatc < 2:4691389/150‑1 (MQ=255)
gTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCatcgatc < 1:3554444/150‑1 (MQ=255)
gTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCatcgatc > 2:1800232/1‑150 (MQ=255)
gTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCatcgatc < 2:1022821/150‑1 (MQ=255)
aaTTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCgcggc > 2:569847/1‑150 (MQ=255)
aaTTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCgcggc > 1:5304197/1‑150 (MQ=255)
ccTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCt > 2:2942707/1‑150 (MQ=255)
cTGATCCAGTCCGGACCAGTGGTATGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCTCGTGGAGATCGGTGACTGCACAACCATCGATCGCGGAGCGCTg > 2:367858/1‑150 (MQ=255)
cTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAATGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTg > 2:2114606/1‑150 (MQ=255)
cTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTg < 2:5544013/150‑1 (MQ=255)
gATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGa > 1:1802563/1‑150 (MQ=255)
aTCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGAt > 2:4040565/1‑150 (MQ=255)
cAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGac < 2:3341345/150‑1 (MQ=255)
aGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGaca > 1:4411101/1‑150 (MQ=255)
gTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGacac > 2:3171469/1‑150 (MQ=255)
tCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACt > 2:3269585/1‑150 (MQ=255)
tCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACt < 1:4628425/150‑1 (MQ=255)
ccGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACta < 2:5501257/150‑1 (MQ=255)
ccGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACta < 1:1637122/150‑1 (MQ=255)
ccGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACta < 1:2263306/150‑1 (MQ=255)
ggAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACtatt < 2:4525557/150‑1 (MQ=255)
aaCAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACtattat < 1:1035042/150‑1 (MQ=255)
aaCAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACtattat < 1:3878270/150‑1 (MQ=255)
aCAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTattatt < 2:4360076/150‑1 (MQ=255)
gcgcAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCg < 1:2662610/150‑1 (MQ=255)
gcAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGTTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTAGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCATGAACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTg > 2:4994247/1‑150 (MQ=255)
aGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGAt < 1:973331/150‑1 (MQ=255)
aGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGAt > 2:2369480/1‑150 (MQ=255)
aGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGAt > 2:449412/1‑150 (MQ=255)
gACGGCTTTGGTTATGCATACGATCGGGGTAACTGGGTGATGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGGGGAGATCGGTGCCTGAACAAACATCGAACGCGGCGCGCTGGTTGTCACTATTATTGGCAATGGCGTGTTc < 2:1467002/150‑1 (MQ=255)
aCGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCa < 1:2942707/150‑1 (MQ=255)
gCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGTTCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTg < 1:663740/150‑1 (MQ=255)
gCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTg < 1:1923569/150‑1 (MQ=255)
gCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTg > 2:1130098/1‑150 (MQ=255)
tGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATaa > 2:2184281/1‑150 (MQ=255)
ggTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAAc < 1:4618692/150‑1 (MQ=255)
gCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGc < 2:3643201/150‑1 (MQ=255)
ccAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGcc < 1:589239/150‑1 (MQ=255)
ccAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGcc < 2:205466/150‑1 (MQ=255)
cAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCa < 1:3337499/150‑1 (MQ=255)
aTCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATCACCAGTGCCAGATTg > 2:5346306/1‑150 (MQ=255)
cGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCAGATTGca > 2:4950418/1‑150 (MQ=255)
cGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCAGATTGca > 2:3749761/1‑150 (MQ=255)
|
GTTGCTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCAGATTGCA > CP009273/197873‑198171
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
