Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F52 I0 R1
|
779 |
320.1 |
10410758 |
96.6% |
10056792 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
198,022 |
C→A |
21.5% |
R189S (CGT→AGT) |
lpxD → |
UDP‑3‑O‑(3‑hydroxymyristoyl)‑glucosamine N‑acyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 198,022 | 0 | C | A | 21.5%
| 785.4
/ 175.7
| 287 | R189S (CGT→AGT) | lpxD | UDP‑3‑O‑(3‑hydroxymyristoyl)‑glucosamine N‑acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (106/119); new base A (31/31); total (137/150) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.74e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
TTGCTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCAGATTGC > CP009273/197874‑198170
|
ttGCTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATc < 1:4769903/149‑1 (MQ=255)
ttGCTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATc > 2:10251/1‑149 (MQ=255)
gCTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGt < 1:5019569/149‑1 (MQ=255)
gCTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGt > 2:2626098/1‑149 (MQ=255)
aGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACt > 1:3599587/1‑149 (MQ=255)
aGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACt < 1:1302711/149‑1 (MQ=255)
aGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACt > 2:4935232/1‑149 (MQ=255)
aCAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAg > 1:675362/1‑149 (MQ=255)
cAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGa < 1:4709356/149‑1 (MQ=255)
aGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGAt > 2:3789823/1‑149 (MQ=255)
gCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTCACTGGGTGAAGATc > 2:3993497/1‑149 (MQ=255)
cAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATcc > 1:2282590/1‑149 (MQ=255)
tCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAg < 1:1458820/149‑1 (MQ=255)
tCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAg < 1:3944168/149‑1 (MQ=255)
tCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCAAGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAg < 1:1347698/149‑1 (MQ=255)
gTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGAtt < 2:3502693/149‑1 (MQ=255)
gTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGAtt < 2:5064627/149‑1 (MQ=255)
tGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTg < 2:2228537/149‑1 (MQ=255)
ggTTCGCGTCTCTGGGAGAAAGTAACCATTTACCTTGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTTGGTGAAGATCCCACAGATTGGTcg < 2:2647651/149‑1 (MQ=255)
ttCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTcgcg > 1:3049773/1‑149 (MQ=255)
tCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGt > 1:2957669/1‑149 (MQ=255)
cgcgTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTa < 2:4879990/149‑1 (MQ=255)
tctcTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAatta > 1:3369861/1‑149 (MQ=255)
ctctGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAattat < 2:2259444/149‑1 (MQ=255)
tGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTgt < 2:1495726/149‑2 (MQ=255)
gggCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGc > 2:4722597/1‑149 (MQ=255)
cGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGAt < 2:3684982/149‑1 (MQ=255)
aaCGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATcg > 2:3374610/1‑149 (MQ=255)
gTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGt > 2:2805808/1‑149 (MQ=255)
gTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGt > 2:50006/1‑149 (MQ=255)
tAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTg < 2:1371835/149‑1 (MQ=255)
tAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTg < 2:1778968/149‑1 (MQ=255)
aaCCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTgg > 1:114031/1‑149 (MQ=255)
ccATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTACTTATTGGCGATCGCGTGgag > 2:3694962/1‑149 (MQ=255)
cATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCGAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGgaga < 2:4525067/149‑1 (MQ=255)
cATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGgaga < 1:581615/149‑1 (MQ=255)
cATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGgaga < 2:8040/149‑1 (MQ=255)
tACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCgg > 1:2037138/1‑149 (MQ=255)
tACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCgg < 1:1946560/149‑1 (MQ=255)
aTGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGcc < 2:3074533/149‑1 (MQ=255)
aTGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGcc < 1:230884/149‑1 (MQ=255)
tGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCt > 2:973801/1‑149 (MQ=255)
agaTCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGc < 2:4646002/149‑1 (MQ=255)
cAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAAc < 1:797126/149‑1 (MQ=255)
gATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCa > 2:4337962/1‑149 (MQ=255)
gATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCa < 2:1190368/149‑1 (MQ=255)
gATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCa > 1:386055/1‑149 (MQ=255)
gATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCa > 2:2253794/1‑149 (MQ=255)
aTCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCat < 1:1603605/149‑1 (MQ=255)
aTCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCat < 1:4169857/149‑1 (MQ=255)
tCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCatc > 1:2830002/1‑149 (MQ=255)
ggTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCatcga > 2:523979/1‑149 (MQ=255)
ggTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCatcga < 2:4137435/149‑1 (MQ=255)
ggTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCatcga < 2:2142153/149‑1 (MQ=255)
gTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCatcgat < 1:1020307/149‑1 (MQ=255)
gTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCatcgat < 1:4442943/149‑1 (MQ=255)
gTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCatcgat > 1:5115454/1‑149 (MQ=255)
gAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATcgcg > 2:1920790/1‑149 (MQ=255)
aTTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCgcggc > 1:4428695/1‑149 (MQ=255)
tGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGACGCGAAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGgcgc > 2:302068/1‑149 (MQ=255)
ccTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGgcgcgc > 1:3299081/1‑149 (MQ=255)
ccTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGgcgcgc < 1:2825107/149‑1 (MQ=255)
tGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTg < 1:5180218/149‑1 (MQ=255)
tGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTg > 2:3723209/1‑149 (MQ=255)
tGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTg > 2:4594026/1‑149 (MQ=255)
gATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTgg > 2:2554153/1‑149 (MQ=255)
aTCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGa < 1:1961179/149‑1 (MQ=255)
tCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGAt > 1:1112100/1‑149 (MQ=255)
tCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGAt < 2:2581988/149‑1 (MQ=255)
gTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGaca > 2:4866398/1‑149 (MQ=255)
ccGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACt < 1:1873228/149‑1 (MQ=255)
ggATCAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGGGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACtat < 1:4594941/149‑1 (MQ=255)
ggAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACtat < 2:710047/149‑1 (MQ=255)
ggAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACtat < 2:5037058/149‑1 (MQ=255)
ggAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACtat > 1:4867672/1‑149 (MQ=255)
aaCAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACtatta < 1:2567655/149‑1 (MQ=255)
aCAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACtattat < 1:4358986/149‑1 (MQ=255)
aCAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACtattat < 1:2996911/149‑1 (MQ=255)
cAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTattatt < 2:2957669/149‑1 (MQ=255)
gTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTgg < 1:1278930/149‑1 (MQ=255)
gcgcAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGc > 2:3151597/1‑149 (MQ=255)
aGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGa > 1:3495476/1‑149 (MQ=255)
gACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGAt < 1:4047260/149‑1 (MQ=255)
gACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGAt > 1:3232553/1‑149 (MQ=255)
gACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGAt > 2:568540/1‑149 (MQ=255)
aCGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATc < 1:1043099/149‑1 (MQ=255)
cGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCa > 1:4158754/1‑149 (MQ=255)
gCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCAtt < 2:3316096/149‑1 (MQ=255)
tttGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGa > 2:4250583/1‑149 (MQ=255)
tttGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGa < 1:2718773/149‑1 (MQ=255)
tGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATa < 2:24677/149‑1 (MQ=255)
ttATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAAcc < 2:1112983/149‑1 (MQ=255)
gCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTg < 1:933462/149‑1 (MQ=255)
cAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGcc > 2:1649507/1‑149 (MQ=255)
cAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGcc > 2:750751/1‑149 (MQ=255)
aaCGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCa < 1:4985397/149‑1 (MQ=255)
aaCGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCa > 2:3884648/1‑149 (MQ=255)
cGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCAGa > 2:4291138/1‑149 (MQ=255)
aTCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCAGAtt < 2:732890/149‑1 (MQ=255)
cGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCAGATTGc < 2:4792171/149‑1 (MQ=255)
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TTGCTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCAGATTGC > CP009273/197874‑198170
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
